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RSS订阅原创 【openCV】polylines() 读取.json文件的点并画为线保存
json中一系列的点，利用openCV绘制成连续的曲线，使用polylines()函数。
2023-03-31 14:11:20
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原创 [MICCAI2022 Challenge: AMOS 2022] Abdominal multi-organ segmentation
MICCAI2022的比赛陆续出炉，挑一个我感兴趣的比赛介绍一下。AMOS2022 比赛官网：https://amos22.grand-challenge.org/AMOS 2022是个腹部多器官，多模态，多中心分割竞赛，跟去年的 FLARE2021 的比赛会有些相似。FLARE2021是单一模态的分割，有兴趣的还可以去关注一下FLARE2022的比赛，这个比赛更关注 “Fast and Low-resource semi-supervised”。言归正传，看一看AMOS2022的简单情况：Task
2022-04-26 22:06:27
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原创 【openCL】内建图像函数
openCL中提供了大量可以在内核中运行的图像处理函数，主要包括：（1）Read functiongs--图像读取函数；（2）write functiongs-- 图像写入函数；（3）Information functions-- 提供关于图像对象的信息；图像读取函数是从图像对象中读取向量，他们各自的参数基本一样。唯一的区别是函数返回的是浮点数向量还是整数向量，读取的是二维图像对象还是三维图像对象。读取图像数据的内核函数：1.float4 read_imagef(image2d_t img,
2022-04-23 17:51:28
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原创 【OpenGL】FBO(Framebuffer Object)贴图渲染
最近在做一些图像渲染的工作，需求是要将一个渲染好的三维图像渲染到另外一张图像上，FBO可以很好的实现这个功能。帧缓冲对象FBOOpenGL 管线渲染的最终目的地就是FrameBuffer（帧缓冲），前面写的很多渲染操作等都是在默认的帧缓冲进行操作的，这个默认的帧缓冲是在我们创建Surface的时候自动创建和配置好的，这个OpenGL默认的帧缓冲是由窗口系统提供的，是默认显示到屏幕上的，我们现在的需求是不显示到屏幕中，所以用Frame Buffer Object来实现。FBO是一组颜色、深度、模板附着点
2022-04-22 22:55:41
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原创 Ubuntu安装 Realtek R8125 驱动
之前因为网卡比较新，没有linux版本的驱动，就用的无线网卡。在官网上下载好对应的驱动,注意我用的是2.5G Ethernet LINUX driver r8125 for kernel up to 5.6的版本。下载好之后，当前版本是r8125-9.003.05.tar.bz2。里面有README文件，如果按照README安装，当时能够使用，但是重启或者升级内核版本之后，就失效了。所以还需要手动处理下。准备编译环境sudo apt-get install --reinstall linux-hea
2020-06-02 13:45:55
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原创 [Leetcode 343]. 整数拆分 [剑指offer] 面试题14- I. 剪绳子
给定一个正整数 n，将其拆分为至少两个正整数的和，并使这些整数的乘积最大化。 返回你可以获得的最大乘积。给你一根长度为 n 的绳子，请把绳子剪成整数长度的 m 段（m、n都是整数，n>1并且m>1），每段绳子的长度记为 k[0],k[1]…k[m-1] 。请问 k[0]k[1]…*k[m-1] 可能的最大乘积是多少？例如，当绳子的长度是8时，我们把它剪成长度分别为2、3、3的三段，此时得到的最大乘积是18。思路：动态规划主要思路：在已知长度为n的绳子最大乘积的基础上，长度n+1绳子的最大
2020-05-17 22:16:01
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原创 [Leetcode] 53. 最大子序和
给定一个整数数组 nums ，找到一个具有最大和的连续子数组（子数组最少包含一个元素），返回其最大和。示例:输入: [-2,1,-3,4,-1,2,1,-5,4],输出: 6解释: 连续子数组 [4,-1,2,1] 的和最大，为 6。主题思路就是用动态规划来做，定义一个概念，f(k)表示以当前元素结尾的子数组的最大值，则f(k)应该等于max(num[k],f(k-1)+num[k])，...
2020-02-17 16:13:48
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转载 [Leetcode Top100] 21.合并两个有序列表
将两个有序链表合并为一个新的有序链表并返回。新链表是通过拼接给定的两个链表的所有节点组成的。示例：输入：1->2->4, 1->3->4输出：1->1->2->3->4->4来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems/merge-two-sorted-lists著作权归领扣网...
2020-02-12 16:55:39
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原创 [Leetcode Top100] 20. 有效括号
给定一个只包括 ‘(’，’)’，’{’，’}’，’[’，’]’ 的字符串，判断字符串是否有效。有效字符串需满足：左括号必须用相同类型的右括号闭合。左括号必须以正确的顺序闭合。注意空字符串可被认为是有效字符串。示例 1:输入: “()”输出: true示例 2:输入: “()[]{}”输出: true示例 3:输入: “(]”输出: false示例 4:输入: “([)...
2020-02-12 11:57:07
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原创 [Leetcode Top100] 1.两数之和
给定一个整数数组 nums 和一个目标值 target，请你在该数组中找出和为目标值的那 两个 整数，并返回他们的数组下标。你可以假设每种输入只会对应一个答案。但是，你不能重复利用这个数组中同样的元素。示例:给定 nums = [2, 7, 11, 15], target = 9因为 nums[0] + nums[1] = 2 + 7 = 9所以返回 [0, 1]解法1：暴力法直接用...
2020-02-11 15:52:50
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原创 多个dicom文件转化为3D nii文件
这里使用python中的一个库 dicom2nifti首先安装 dicom2nifti, 在终端使用pip安装pip install dicom2nifti然后两行代码即可搞定：import dicom2niftidicom2nifti.dicom_series_to_nifti(original_dicom_directory, output_file, reorient_nif...
2019-12-30 21:04:17
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转载 [Machine Learning]-感知机perceptron
在机器学习中，感知机（perceptron）是二分类的线性分类模型，属于监督学习算法。输入为实例的特征向量，输出为实例的类别（取+1和-1）。感知机对应于输入空间中将实例划分为两类的分离超平面。感知机旨在求出该超平面，为求得超平面导入了基于误分类的损失函数，利用梯度下降法 对损失函数进行最优化（最优化）。感知机的学习算法具有简单而易于实现的优点，分为原始形式和对偶形式。感知机预测是用学习得到的感知...
2019-09-16 20:36:41
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原创 [Deep Learning] 计算机视觉中的注意力机制 Attention mechanism
最近想要往网络里面加一些注意力机制的模块，从网上整理了一些资料，了解一下attention mechanism.什么是Attention机制？没有找到attention的准确定义，但是我理解的注意力机制是这样的：当我们在看一个东西时，我们会把我们的注意力集中在某些部位，忽略其他部位，比如我们看见一个人的脸的时候，我们最关注的可能是他的眼睛，其次是他的鼻子。所以说，我们对于目标物体不同的部分分...
2019-09-16 16:53:46
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原创 Python map() 函数 zip()函数
map()函数：map() 会根据提供的函数对指定序列做映射。第一个参数 function 以参数序列中的每一个元素调用 function 函数，返回包含每次 function 函数返回值的新列表。map() 函数语法：map(function, iterable, ...)function – 函数iterable – 一个或多个序列实例：>>> map(la...
2019-08-22 19:24:42
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原创 [Leetcode] 7.整数反转
题目：给出一个 32 位的有符号整数，你需要将这个整数中每位上的数字进行反转。示例 1:输入: 123输出: 321示例 2:输入: -123输出: -321示例 3:输入: 120输出: 21注意:假设我们的环境只能存储得下 32 位的有符号整数，则其数值范围为 [−231, 231 − 1]。请根据这个假设，如果反转后整数溢出那么就返回 0。来源：力扣（LeetCo...
2019-08-21 10:02:17
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原创 python读取hdr格式的医学图片
最近参加iSeg2019的比赛，拿到的数据是hdr格式的，每组数据组包含2个文件，一个为数据文件，其扩展名为.img，包含二进制的图像资料；另外一个为头文件，扩展名为.hdr，包含图像的元数据。使用nibabel 读取，然后用simpleitk保存为nii文件import nibabel as nibimport SimpleITK as itkimg_path = ...save_pa...
2019-08-15 11:47:48
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原创 tensorflow: 模型恢复及使用模型进行测试
tensorflow模型选择采用ckpt文件格式进行保存的时候，会有四个文件：checkpoint3D_unet18001.ckpt.meta3D_unet18001.ckpt.index3D_unet18001.ckpt.data-00000-of-00001把这四个看做一个整体即可，不用单独处理。aim_shape = (128,128,96)def prediction(m...
2019-08-13 10:02:47
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原创 关于numpy一些函数的用法
np.newaxisnp.newaxis的作用就是选取部分的数据增加一个维度比如我原来的三维nii数据维数是（128,128,96）input_x = nib.load(os.path.join(img_path, img_name)).get_data() #读取nii文件x_batch = input_x[np.newaxis, :, :, :, np.newaxis]print...
2019-08-13 09:46:27
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原创 医学图像分割中常用的loss函数
loss函数的选择是个很大的命题，最近在做3D医学图像分割，我这里只是记录一下我用过的loss函数。Binary Cross Entropy Loss交叉熵损失比较常用，代码实现：from keras import backend as Kdef binary_crossentropy(y_true, y_pred): return K.mean(K.binary_cross...
2019-08-11 16:59:16
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原创 提取三维图像mask最大面
处理乳腺三维图像时，想要提取三维图像中肿瘤标记最大的那个slice, 就是opencv里的一个函数就解决了．import cv2cv2.countNonZero(mask)就是计算mask上的非０像素数量，之后找到最大值所在的slice就好了．...
2019-06-25 20:15:26
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原创 tenflow中的tf.where()用法
tf.where的函数调用为tf.where(condition, x = None, y = None, name = None)根据condition判定返回, condition是True，选择x；condition是False，选择y。换句话说condition中元素为True的元素替换为x中的元素，为False的元素替换为y中对应元素, x只负责对应替换True的元素，y只负责对...
2019-06-25 19:22:02
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原创 failed to run cuBLAS routine cublasSgemm_v2: CUBLAS_STATUS_EXECUTION_FAILED
最近在跑一个三维分割网络，开始的时候报错：tensorflow.python.framework.errors_impl.InternalError: Blas SGEMM launch failed就去搜索了一下，说是报错的原因是有其他的python进程在使用GPU，可以把其他进程关掉，或者在代码中加入：if 'session' in locals() and session is no...
2019-05-27 19:34:36
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原创 python中的__init__()和__call__()
在python中，int()函数的意义等同于类的构造器（同理，del()等同于类的析构函数）。因此，init()方法的作用是创建一个类的实例。class Flower(object): def __init__(self,color): self.color = color print('color is', color) rose = Flower(...
2019-03-04 10:10:46
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原创 在linux下映射网络驱动器
sudo mkdir /mnt/Datasudo mount -o username=xxx,password=xxx,vers=1.0,iocharset=utf8 //10.255.249.230/Data /mnt/Data/
2019-03-01 13:08:24
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原创 [Keras] 模型可视化 plot_model
Keras中提供了一个神经网络可视化的函数plot_model，并可以将可视化结果保存在本地:from keras.utils.vis_utils import plot_modelmodel = unet()plot_model(model, to_file='model-unet.png')我这里可视化了一个U-net模型...
2019-01-28 15:06:55
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原创 SimpleITK 和 Nibabel 读取 nii 数据
#使用nibabelimport nibabel as nibimport matplotlib.pyplot as pltdef read_data(path): image_data = nib.load(path).get_data() return image_datadef show_img(ori_img): plt.imshow(ori_img...
2019-01-27 16:42:52
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原创 .nii格式的图像转化numpy格式
主要使用nibabelimport nibabel as nibimport osimport numpy as npimg_path = '/home/lei/train/img/'seg_path = '/home/lei/train/seg/'saveimg_path = '/home/lei/train/npy_img/'saveseg_path = '/home/lei/...
2019-01-27 15:23:23
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原创 caffe之绘制网络模型
在Caffe中，目前有两种可视化prototxt格式网络结构的方法：使用Netscope在线可视化使用Caffe提供的draw_net.py使用Netscope在线可视化Netscope是个支持prototxt格式描述的神经网络结构的在线可视工具，即:http://ethereon.github.io/netscope/quickstart.html使用方法：首先打开这个...
2019-01-23 10:32:08
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原创 运行caffe自带的mnist实例教程
1、先进入caffe文件目录，(指令：cd ./caffe)，再用data/mnist下的get_mnist.sh下載MNIST数据集，代码如下：sudo sh ./data/mnist/get_mnist.sh2、转换格式，代码如下： ./examples/mnist/create_mnist.sh完成后在examples/mnist生成了两个目录：mnist_test_lmdb和m...
2019-01-22 20:40:36
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原创 【python学习笔记】Python中*args 和**kwargs的用法
多个实参，放到一个元组里面,以*开头，可以传多个参数；**是形参中按照关键字传值把多余的传值以字典的方式呈现*args：（表示的就是将实参中按照位置传值，多出来的值都给args，且以元祖的方式呈现）示例def foo(x,*args): print(x) print(args) foo(1,2,3,4,5)#其中的2,3,4,5都给了args结果1(2, 3, 4...
2019-01-21 14:49:26
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原创 AttributeError: module 'types' has no attribute 'FileType'
在使用parallel python的时候报错File “/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/pptransport.py”, line 120, in initif isinstance(r, types.FileType) and isinstance(w, types.FileType):AttributeError: module ‘type...
2019-01-20 16:41:39
3768
原创 _NDARRAY_ARRAY_FUNCTION = mu.ndarray.__array_function__ AttributeError: type object 'numpy.ndarray'
今天试了一下DeepMedic的代码，报错： _NDARRAY_ARRAY_FUNCTION = mu.ndarray.array_functionAttributeError: type object ‘numpy.ndarray’ has no attribute ‘array_function’搜了半天找不到问题， 我猜测大概是numpy的问题，然后把numpy卸载重新安装了几次就好了...
2019-01-19 19:45:24
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原创 tensorflow 实战（一） 猫狗大战
数据集链接：http://pan.baidu.com/s/1dFd8kmt 密码：psor运行环境：linux16.04，TensorFlow -GPU版本，GTX960显卡主要用到四个python文件：input_data.pymodel.pytraining.pytest.pyinput_data.pyimport tensorflow as tfimpo...
2019-01-17 16:20:08
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