批量下载指定pdb的方法:
根据txt文件,从数据库中批量下载指定pdb:
首先创建一个保存pdb文件的文件夹
打开txt文件,获取要下载的pdb信息,生成下载pdb文件的网址
下载pdb保存到创建的文件夹中
import os
import requests
URL = r"https://www.rcsb.org/downloads/"
"""
注:
with open可以创建txt,csv,pdb
requests.get().content可以根据网址下载相关pdb文件
"""
def download(data_type:str):
os.makedirs(f'./{data_type}_pdb')
with open(f'.{data_type}_examples.txt', 'r') as f:
if line in f:
name = line.split('_')[0]
download_path = os.path.join(URL,f'{data_type}_pdb')
with open(f'./{data_type}_pdb/{name}.pdb', 'wb') as fi:
fi.write(requests.get(download_path).content)
download('test)