将蛋白质pdb文件中的受体和配体的残基序号重新排序

以N作为每次更改氨基酸残基序号的标志，然后每次增加1.

设置count, res_num两个排序的参数

设置cur_res和nex_res两个对比的参数

注意受体和配体都要从1开始排序，所以设置start以及tar_start两个参数。

import os

URL = r"./pdb_modify/val_pdb_modify"

filenames = os.listdir(URL)  #遍历pdb文件名

save_path = r"./pdb_modify/val_pdb"

os.makedirs(save_path)

for file in filenames:

    file_path = os.path.join(URL,file)

    receptor_id = file.split('_')[1]  #获得receptor_id

    file_name = file.split('.')[0]

    target_id = file_name.split('_')[2]

    start_id = receptor_id

    with open(file_path, 'r') as f:

        row = f.readlines()

        output_ = []

        start = 0

        tar_start = 0

        for line in row:

            if 'ATOM' in line:

                chain_id = line[21]

                res_num = line[22:26]

               

                #if line_seq== '   1':

                if res_num == '   1':

                    output_.append(line)

                elif chain_id == start_id:            

                    count = start - 1

                    cur_res = ''

                    if line[13:16] =='N  ' and res_num != cur_res:

                        start += 1

                        cur_res = res_num

                        num = start

                        #num = str(count)

                        output_.append(line[:22]+'%4i'%num+line[26:])

                    elif line[13:16] !='N  ' and res_num != cur_res:

                        count += 1

                        cur_res = res_num

                        num = count

                        #num = str(count)

                        output_.append(line[:22]+'%4i'%num+line[26:])

                   

                elif chain_id == target_id:

                        tar_count = tar_start - 1

                        cur_tar_res = ''

                        if line[13:16] =='N  ' and res_num != cur_tar_res:

                            tar_start += 1

                            cur_tar_res = res_num

                            tar_num = tar_start

                            #num = str(count)

                            output_.append(line[:22]+'%4i'%tar_num+line[26:])

                        elif line[13:16] !='N  ' and res_num != cur_tar_res:

                            tar_count += 1

                            cur_tar_res = res_num

                            tar_num = tar_count

                            #num = str(count)

                            output_.append(line[:22]+'%4i'%tar_num+line[26:])

                       

        with open(f'{save_path}/{file_name}.pdb', 'w') as f:

            f.writelines(output_)