上周带大家解锁了Scifinder专利检索后(👉戳主页复习),立马有科研er催更:"其他功能怎么不讲透呀?"不是小编不想一次性说完,大家应该都知道scifinder功能很强大,能说的内容有很多,一次性肝完很困难,文章太长了小编也担心大家说太长太枯燥了,分不清重点。贴心提示物质检索这一功能之前有详讲过哦,大家可以自行去看看。今天讲的是: Scifinder反应检索!!
美国化学文摘社(CAS)精心打造的 CAS SciFinder-n,是一款极具创新性的化学及相关学科智能研究平台。它提供了全球最全面、最可靠的化学及相关学科研究信息合集。根据统计,全球95%以上的科学家们对SciFinder-n赞誉有加,认为它加快了他们的研究进程,并在使用过程中得到了很多启示和创意。与一般数据库不同的是,SciFinder-n除了文献数据库外,它同时还具有物质信息数据库及化学反应数据库等七大数据库。这种多维度的数据库架构,为科研人员提供了更为丰富、多元的信息检索与分析途径,极大地满足了不同研究场景下的多样化需求。
反应检索方法:
结构式、关键词、物质名称、登记号、文献标识符:专利号、收录号、DOI号等
常用获取方法:
已知物质:由物质获取反应
已知文献:从文献中获取反应
精确结构反应检索
亚结构反应检索
一、通过物质标识符、文献标识符进行检索
选择“Reactions”,在输入框内输入你想要查询的物质标识符或文献标识符,点击放大镜图标后开始检索。
其实这种文本类(物质名称等)的检索方式,很多平台都支持的哦。比如Reaxys、摩熵化学MolAid、chemicalbook、智慧芽等等,因为小编也有考虑到有小伙伴没有scifinder账号,或者scifinder被禁这些情况,文中会插入些其他平台的使用方式哦,希望能帮助更多的伙伴!这里就拿摩熵化学MolAid给大家示例一下:
大家有时候应该会遇到这种难题吧,已经确定某个物质或两个及以上物质,它们担当着产物或反应物或试剂溶剂催化剂等其它角色,需要寻找特定的反应。摩熵化学MolAid反应检索功能,通过定义多个物质的多个角色,可以更快地根据已知信息获取目标反应方法,加速研究进程。
图:反应检索使用方式
例如,我在首页输入框内输入“水杨酸”点击确认。随后,将光标放置于“反应检索”字段上,或直接点击该功能,出现定义角色的下拉菜单。这里我把水杨酸作为产物。也可点击该物质名称或者右侧的物质信息此模块直接进入物质详情页,在右上侧点击“反应检索”。大家可以根据自己的需求定义物质角色,这个摩熵化学数据库官方说的是目前最多可支持定义五个物质的角色。这里我们再搜索“L-缬氨酸”和“2-溴苯甲醚”作为反应物。
在这页面中部靠右的位置会出现一个反应检索的图标,我们进行查看,选择添加的物质及各物质定义的角色是否无误。没有问题的话就点击“立即检索”,得到目标反应信息。在该页面的上方,有修改功能可进行二次更改。其他操作和直接查看物质反应信息其实是一样的,我就不过多介绍了。
二、通过结构式进行检索
选择“Reactions”,在页面右侧点击“Draw”图标,打开结构式编辑器开始绘制,绘制完后检索。
①结果集筛选
反应检索类别:精确反应检索、亚结构反应检索、相似反应检索
反应筛选类别: 产率、反应步数、不参与反应的官能团、反应类型、立体化学、实验步骤、试剂、催化剂、溶剂等
折叠菜单显示:相同反应类型的反应放在一个菜单里,方便大家阅读和筛选
结果集筛选:MethodsNow Synthesis
MethodsNow Synthesis:查看完整的合成步骤和表征信息,分类显示详尽信息。
点击“View ReactionsDetail”即可查看反应详情。
点击"Experimental Protocols"可查看经过标引和编辑的完整的反应操作信息。
人工标引的反应信息详情: 反应涉及的所有物质信息; 详细的反应操作步骤; 反应规模; 谱图表征数据等。
②结果集排序
反应排序包括按类型排序和按文献排序。
按文献分类:来自同一篇文献的反应收在一条记录里。
三、联合检索——反应式+关键词
在文献检索框里输入关键词,在结构辑器中绘制反应。联合检索提高了检索速度。
四、逆合成路线——Retrosynthesis
Retrosynthesis:
• 基于文献报道的逆合成路线
– 跨文献检索/设计逆合成路线
– 轻松浏览不同的合成选项
• 预测逆合成路线
– 已知化合物的未经文献报道的新合成路线
– 未公开的化合物或者未被文献报道合成反应的化合物的合成路线
– 提供参考文献信息
– 支持自设相关参数
使用Retrosynthesis的方法:
方法一:在呈现结构式的页面(文献、物质或反应),点击结构式,在弹出框中点击Create Retrosynthesis Plan
①在SciFindern中找到所需合成物质后,点击物质结构
②在弹出窗口中点击:Create Retrosynthesis Plan
方法二:选择Reactions,在结构编辑器中绘制结构式, 上传后在弹出框中点击Create Retrosynthesis Plan
①在结构编辑器中绘制所需合成结构
②点击: Create Retrosynthesis Plan
①如果出现这种提示,点击OK
②稍后点击Recent Search History中的Open Plan
点击Overview显示完整逆合成路线,预估产率和成本。
①精确匹配反应物和产物结构的反应,点击即获得反应信息详情
②可替代步骤
③当鼠标移到某一步骤时
④右侧路线图中该反应的反应物和产物标识转为高亮
①点击Evidence
②查看反应信息详情
①点击Alternative Steps,查看其他可能的路线
②点击Select,结果将更换成新路线
③自动生成新路线
①将路线结果导出为pdf格式文件,查看反应路线及反应信息
②点击: View Retrosynthesis Plan in SciFindern 在线查看路线详情
之前提到的摩熵化学这个网站也是可以进行物质逆合成检索的哦。物质逆合成检索,它一种从产物(目标分子)出发,逆向推导出可能的合成路径和原料的方法。这种方法通过逆向思维,将复杂的合成问题分解为一系列相对简单的步骤,从而找到最优的合成路线。
图:物质逆合成检索使用方式
我们首先明确需要合成的目标分子,包括其结构式、化学性质等,查询该物质后进入检索列表,例如我们查询“白藜芦醇”,点击右侧“逆合成”模块进入逆合成页面。基于历史文献,专利等信息,摩熵化学提供了多条反应信息逆向推导,直到最终得到易得或商业化的原料为止。进入该页面后,左上角可通过“+”“-”符号进行页面的放大与缩小,也可以滑动鼠标进行。
在绘制区域,可点击“⊕”号进行下一步分析,也可通过更换条件来确认原料,只需点击绘制框内的“更换反应”进行更换。在此页面,我们可以进行筛选,包括反应条件、反应物、产物、产率等内容。
下方有众多路线说明信息。包括其反应描述以及参考文献,点击参考文献即可参看相应内容,如:文献名称、摘要、DOI 、发布年份、期刊等内容。逆合成功能支持导出结果,在下方路线说明那里,自行勾选相应的反应描述后,点击右上角的“导出图片”,即可下载。无论是用于学术报告、项目提案还是实验室记录,都能实现无缝对接与高效利用。
这里就小小“联动”一下,其他就不过多讲啦,现在回到我们今天的主题Scifinder的反应检索功能的介绍。
五、使用技巧:
1、逆合成路线中增加立体选择性反应
①此符号表示该步反应为立体选择性反应。
②在左侧对应的 Steps 也会以 Stereoselective 标记立体选择性反应。
③点击 Alternative Steps 查看替代路线。
④在替代路线结果集页面,可通过 Stereochemistry 选择立体选择性反应。
2、逆合成路线增加自定义权重(Scoring)功能
①在预测的逆合成路线结果中,点击左侧Scoring进行自定义评分
②一共有5项,每项有4个设置(off, low, medium, high)。
Complexity Reduction降低每步前体的复杂度;Convergence可调整逆合成路线中前体的数量;Evidence每步反应的支持文献数量;Yield即每一步反应的产率,对目标分子的产率有影响;Atom Efficiency反应物中原子转化经济性。
以上选项,Retrosynthesis默认设置为Medium,如果需要更改,则用鼠标拖动滚动条进行自定义设置。
③点击Apply,完成设置
3、合成实验详情的获取
①在反应结果集中选择Experimental Protocols中的MethodsNow: Synthesis
②点击Experimental Protocols获取增值标引的实验详情
③实验中涉及的所有物质及其在反应中的角色
④实验中涉及的所有实验步骤
⑤产物的谱图表征信息及属性特征
⑥产物的形态
⑦下载、分享或保存实验详情
4、特定反应类型的获取及指定反应信息来源
①在反应结果集页面,通过左侧Reaction Type,查看反应性质为完整反应或仅有产物的反应
②在反应结果集页面,通过左侧Reaction Notes,浏览或选择感兴趣的反应类型
①在反应结果集页面,通过左侧的Publication Name,可以选择自己感兴趣的反应来源
六、相似反应检索
①选择Reactions,进行反应检索
②点击结构编辑器,绘制反应原料和产物
③点击开始反应检索
①根据Structure Match,选择Similarity的反应结果
②通过Similarity相似度,拉动显示条,自由选择查看相似度Broad, Medium或Narrow的结果
七、相关问题:
问:检索反应后,反应物出现很多衍生物,如何只检索指定的结构?
答:如果需要获取指定明确结构的物质进行反应检索,而不需要出现衍生物的反应,推荐先进行精准的物质检索,然后通过指定的物质获取反应信息即可。
如果通过反应式进行Reaction检索,为了检索的全面性,As Drawn结果中除了会出现指定结构的物质,也会出现它的盐、同位素标记物、异构体等物质;Substructure会出现结构中开放位点的衍生物等情况。
问:如何根据反应规模对反应结果进行筛选?
答:在CAS SciFindern反应结果页面,可根据反应规模(Reaction Scale)对结果进行筛选。
在CAS SciFindern反应结果集页面,可通过左侧筛选项Reaction Scale,筛选获得不同反应规模(Milligram, Gram等)的反应结果。