Gromacs基于OPLS-AA力场的聚合物建模及模拟
本文内容包括:OPLS-AA力场简介/高分子模拟常用力场;聚合物建模方法;Gromacs添加非标准残基建模聚合物的方法;聚合物PDB文件生成;开始模拟。第一步:尽管Gromacs与Amber都包含适合蛋白质与核酸体系模拟的力场,但到目前为止罕有专为人工聚合物体系开发的力场。不同于蛋白质/核算具有有限种类的残基,聚合物原则上可以有无限种不同的单体,去为每一种单体都设定优化参数是不可能的。因此在实际作业中,往往使用普通的全原子力场对高分子体系进行模拟,包括COMPASS(
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2020-07-23 18:37:02 ·
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