分子模拟
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这个作者很懒,什么都没留下…
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lammps建模
大家都清楚,在用lammps进行模拟计算前,建模这个步骤是必不少的。总的来讲,我们可以通过两种方法来完成建模操作。一是通过lammps的命令建模;二是通过外部的程序建模,然后用lammps的read_data 命令将模型读入。lammps命令建模的主要步骤可以描述为:用units 命令定义单位lattice 命令定义单胞region以及create_box命令定义区域和创建盒子create_atoms 命令创建原子今天我主要详细讲解lattice命令的语法:lattice style sca转载 2020-05-12 09:08:40 · 3750 阅读 · 3 评论 -
第一性原理分子动力学(AIMD)结果分析教程
与经典分子动力学不同,第一性原理分子动力学不需要提供力场参数,只需要提供原子初始结构,就能根据电子波函数正交化产生的虚拟力,求解牛顿运动方程。在运行优化任务时,VASP生成的XDATCAR记录的是优化步骤的离子构型;在运行AIMD任务时,记录的就是运动轨迹。而现阶段读取XDATCAR轨迹分析性质的后处理软件并不多,能读取的兼容性也并不好。VASPKIT0.72版本之后支持了将XDATCAR转换成通用的多帧PDB文件的功能(504)以便可视化并进行后处理分析。但是并没有提供后处理分析接口,因此我们开发了一个P转载 2020-05-09 15:39:01 · 53907 阅读 · 3 评论 -
【材料计算】第一性原理、密度泛函理论、从头算之间的关系
首先,第一原理是firstprinciple,不是从头算(ab initio),不是DFT。分子模拟有两个层面的东西要讨论,就是当使用了BO近似后,怎么分别处理电子和离子实。处理电子:当用量子力学处理电子的时候就是第一原理方法,密度泛函是一种、半经验也是、HF也是,等等。当我们不想管电子的细节的时候,就直接用势函数描述电子的效果,就是分子力学的方法。而第一原理中的HF系列是不用任何实验拟和结...转载 2020-05-08 16:21:11 · 8308 阅读 · 0 评论 -
计算材料学与第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛计算方法
【引言】计算材料学:“定做”材料的高级理论阶段计算材料学(Computational Materials Science)是近年来飞速发展的一门新兴交叉学科。它综合了凝聚物理、材料物理学、理论化学、材料力学和工程力学、计算机算法等多个相关学科。学科旨在利用现代高速计算机,模拟材料的各种物理化学性质,深入理解材料从微观到宏观多个尺度的各类现象与特征,并对于材料的结构和物性进行理论预言,从而达到设计...转载 2020-05-07 09:19:04 · 10656 阅读 · 0 评论