分子动力学
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这个作者很懒,什么都没留下…
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Gromacs基于OPLS-AA力场的聚合物建模及模拟
本文内容包括:OPLS-AA力场简介/高分子模拟常用力场;聚合物建模方法;Gromacs添加非标准残基建模聚合物的方法;聚合物PDB文件生成;开始模拟。第一步:尽管Gromacs与Amber都包含适合蛋白质与核酸体系模拟的力场,但到目前为止罕有专为人工聚合物体系开发的力场。不同于蛋白质/核算具有有限种类的残基,聚合物原则上可以有无限种不同的单体,去为每一种单体都设定优化参数是不可能的。因此在实际作业中,往往使用普通的全原子力场对高分子体系进行模拟,包括COMPASS(转载 2020-07-23 18:37:02 · 5259 阅读 · 1 评论 -
第一性原理分子动力学(AIMD)结果分析教程
与经典分子动力学不同,第一性原理分子动力学不需要提供力场参数,只需要提供原子初始结构,就能根据电子波函数正交化产生的虚拟力,求解牛顿运动方程。在运行优化任务时,VASP生成的XDATCAR记录的是优化步骤的离子构型;在运行AIMD任务时,记录的就是运动轨迹。而现阶段读取XDATCAR轨迹分析性质的后处理软件并不多,能读取的兼容性也并不好。VASPKIT0.72版本之后支持了将XDATCAR转换成通用的多帧PDB文件的功能(504)以便可视化并进行后处理分析。但是并没有提供后处理分析接口,因此我们开发了一个P转载 2020-05-09 15:39:01 · 53907 阅读 · 3 评论 -
计算材料学与第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛计算方法
【引言】计算材料学:“定做”材料的高级理论阶段计算材料学(Computational Materials Science)是近年来飞速发展的一门新兴交叉学科。它综合了凝聚物理、材料物理学、理论化学、材料力学和工程力学、计算机算法等多个相关学科。学科旨在利用现代高速计算机,模拟材料的各种物理化学性质,深入理解材料从微观到宏观多个尺度的各类现象与特征,并对于材料的结构和物性进行理论预言,从而达到设计...转载 2020-05-07 09:19:04 · 10656 阅读 · 0 评论