得分矩阵PAM与BLOSUM的比较与区别

最新推荐文章于 2023-04-05 19:04:29 发布

aeh6496

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原文链接：http://www.cnblogs.com/qianjinhui/p/3496628.html

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本文介绍了蛋白质序列比对中常用的两种得分矩阵——PAM和BLOSUM。PAM矩阵基于进化点突变模型，适合相似度较高的序列比对，而BLOSUM矩阵则使用更多蛋白质家族数据，适用于不同保守性水平的序列比较。PAM矩阵随着n值增大，对应序列差异增加；而BLOSUM矩阵中，n值增大则意味着氨基酸相似度降低。

摘要由CSDN通过智能技术生成

对于蛋白质序列，计分矩阵主要用于记录在做序列比对时两个相对应的残基的相似度，一旦这个矩阵定义好了以后，比对程式就可以利用这个矩阵，尽量将相似的残基排在一起，以达到最好的比对。
得分矩阵主要有两种，第一种就是PAM（Point Accepted Multation)，另一种就是BLOSUM。
1、PAM矩阵（Point Accepted Mutation）
   基于进化的点突变模型，如果两种氨基酸替换频繁，说明自然界接受这种替换，那么这对氨基酸替换得分就高。一个PAM就是一个进化的变异单位, 即1%的氨基酸改变，但这并不意味100次PAM后，每个氨基酸都发生变化，因为其中一些位置可能会经过多次突变，甚至可能会变回到原来的氨基酸。
PAM矩阵的制作步骤：
    构建序列相似（大于85％）的比对
    计算氨基酸 j 的相对突变率mj（j被其它氨基酸替换的次数）
    针对每个氨基酸对 i 和 j , 计算 j 被 i 替换次数
    替换次数除以相对突变率（mj）
利用每个氨基酸出现的频度对j 进行标准化
取常用对数，得到PAM-1(i, j)
将PAM-1自乘N次，可以得到PAM-N。

这种矩阵的缺点是一旦PAM1的矩阵有效地误差，那么自乘250后得到的PAM250矩阵的误差就会变得很大。

如，PAM120矩阵用于比较相距120个PAM单位的序列。
一个PAM-N矩阵元素（i，j࿰