想要了解GROMACS的可以看过来,自己摸索了一个月才搞明白一点点,网上很多信息根本看不下去,都是专有名词,直接劝退,老是讲不到重点,看完下面这个故事你应该能听懂了,具体gromacs怎么用还是要学,这里能让你快速认识gromacs
GROMACS运行起来需要那些文件:体系结构文件gro(),top文件,itp文件,mdp文件
首先GROMCAS是如何运行的,如何控制
用过Material studio吧,各种选项都弄的很明白了,鼠标点就可以,有一个属于自己的界面
那么GROMACS就是一个没穿衣服的软件,需要什么功能,需要手动输入指令,这些指令官方都给了,不用担心不会用
例如:用MS转换文件格式是不是通常另存为,选择合适的格式
那再GROMACS中,就输入指令
gmx editconf -f xxx.pdb -o xxx.gro
gmx:代表GROMACS这个软件
editconf:是一个命令大类,类似于MS中的另存为但不是,
-f :输入
-o:输出
这样是不是就能够理解了GROMACS的使用了,对于后续的很多操作,找到对应的指令输入即可
GROMACS是怎么进行动力学模拟的呢?
高中物理都学过吧,带电粒子的万有引力公式知道吧,牛顿力学知道吧,就是这样,力有了,根据牛顿力学是不是速度有了,速度有了,分子是不是就动起来了,分子动力学模拟不就模拟起来了嘛。
对于大的分子,每个原子都有电荷,各个原子之间也有相互作用,在一个大的体系里GROMACS就帮助我们计算,那些计算公式都是科研大牛弄出来的,我们用就好,不同体系可能用不同方法,输入指令即可。
mdp文件是什么?
MS用过吧,进行nvt模拟,温度多少,电极选项就可以
mdp就是没穿衣服的版本,需要把所有的命令写出来,有模板,直接填写温度啥的就可以,和MS一样。
那分子数据从哪里来,我们需要什么分子数据?
力场听说过吧,什么amber03力场,amber99力场的,这里面就是数据,你的分子丢进去,GROMACS就会识别,然后分子数据,或者叫给立场,那就可以计算了。
什么top文件,一大堆文件后缀看蒙了,到底是什么,干嘛用的?
top文件就是一个总结性的文件,一个项目就一个top,但在这个项目中会很多itp
gromacs把识别到的分子信息的链接放在这里面,相当于,你们班有几个男生,几个女生写在里边。然后具体多高年龄,生日,成绩就根据给的名字去查,这些信息都存在itp文件中,也就是说分子的电荷,键长键角都在itp中,top就是告诉你有什么。
这个文件可以自己编写,按照格式写就可以
itp文件是什么?
上面解释了
top文件怎么产生?
有人找校长要一个叫张三的,张三家是长沙的,那校长就在花名册上查,招来好几个班花名册(不同力场),查到符合条件的,有一个叫张三的是长沙的,那校长就会告诉那个人张三是哪个班的,这就生成一个top文件。如果学校没这个人,就不能生成top文件。
校长是怎么找的?
校长首先找叫张三的,然后再找家是长沙的
在gromacs中就是先对比残基名称,残基名称对上了,再去对比原子名称,都对上了,那就有top文件。
什么是残基?
这有个人(分子),这个人叫张三(残基),残基在立场数据中可能是简称,张三可能是ZS。力场中说张三有个姐姐叫美丽,但是库里边没有,张三的家人数量没对象,不能生成top。如果人口数量对上了,但是名字没对上,也不能生成top。如果你发现只是填表的时候弄错字了,改了申请表中名字于库中一致就可以。
张三家生了一个李四,李四在学校查不到信息怎么办?
那肯定查不到,都没学籍怎么查得到,没学籍就建学籍,家庭住址,生日,升高体重自己弄一个就可以了。
对于未知分子也是类似的,那分子怎么生成呢,找sob老师,sobtop这个软件可以快速生成top和itp文件,结构中的电荷等等信心我们通过高斯软件可以得到,sobtop有很详细的介绍,根据自己分子的类型选择合适的方法生成top和itp文件即可。
老师找几个人上报参加比赛,需要提交什么文件?
老师先查一下这几个人的信息,依次添加到top中,每添加一个人就会更新一次top文件,这几个学生的具体信息老师把链接放在top里面了
gromacs运行就是这样的,丢一个分子更新一次top,引用对应的itp文件
还需要将这几个人送到比赛现场,就是gro文件
有的同学的信息不在学校的库里怎么办?
信息不在库里,生成top的时候就只会有这个学生的名字,具体信息就没有,怎么办,怎么办,怎么办!自己写进去啊,怎么办,自己把链接放进去就行,
gromcas同理,对于大部分体系而言都是这样,需要自己改写top文件
改写top会很难吗?
申请书写过嘛,模板,按着写就可以。
使用gromacs过程就像填一个比赛表,姓名,学号,生日,填报信息和官方信息都对上了,就可以比赛了,所以在实际过程中会有报错,所以要认真写,检查问题,读完我这个我觉得应该是有基础的理解的,我写的每一句都不是玩笑,都是gromacs运行的铁令,对于初学者而言认真读完理解。