GROMACS 初学者入门理解-讲故事

想要了解GROMACS的可以看过来，自己摸索了一个月才搞明白一点点，网上很多信息根本看不下去，都是专有名词，直接劝退，老是讲不到重点，看完下面这个故事你应该能听懂了，具体gromacs怎么用还是要学，这里能让你快速认识gromacs

GROMACS运行起来需要那些文件：体系结构文件gro（），top文件，itp文件，mdp文件

首先GROMCAS是如何运行的，如何控制

用过Material studio吧，各种选项都弄的很明白了，鼠标点就可以，有一个属于自己的界面

那么GROMACS就是一个没穿衣服的软件，需要什么功能，需要手动输入指令，这些指令官方都给了，不用担心不会用

例如：用MS转换文件格式是不是通常另存为，选择合适的格式

        那再GROMACS中，就输入指令

        gmx editconf -f xxx.pdb -o xxx.gro

                    gmx：代表GROMACS这个软件

                    editconf：是一个命令大类，类似于MS中的另存为但不是，

                    -f ：输入

                   -o：输出

这样是不是就能够理解了GROMACS的使用了，对于后续的很多操作，找到对应的指令输入即可

GROMACS是怎么进行动力学模拟的呢？

高中物理都学过吧，带电粒子的万有引力公式知道吧，牛顿力学知道吧，就是这样，力有了，根据牛顿力学是不是速度有了，速度有了，分子是不是就动起来了，分子动力学模拟不就模拟起来了嘛。

对于大的分子，每个原子都有电荷，各个原子之间也有相互作用，在一个大的体系里GROMACS就帮助我们计算，那些计算公式都是科研大牛弄出来的，我们用就好，不同体系可能用不同方法，输入指令即可。

mdp文件是什么？

MS用过吧，进行nvt模拟，温度多少，电极选项就可以

mdp就是没穿衣服的版本，需要把所有的命令写出来，有模板，直接填写温度啥的就可以，和MS一样。

那分子数据从哪里来，我们需要什么分子数据？

力场听说过吧，什么amber03力场，amber99力场的，这里面就是数据，你的分子丢进去，GROMACS就会识别，然后分子数据，或者叫给立场，那就可以计算了。

什么top文件，一大堆文件后缀看蒙了，到底是什么，干嘛用的？

top文件就是一个总结性的文件，一个项目就一个top，但在这个项目中会很多itp

gromacs把识别到的分子信息的链接放在这里面，相当于，你们班有几个男生，几个女生写在里边。然后具体多高年龄，生日，成绩就根据给的名字去查，这些信息都存在itp文件中，也就是说分子的电荷，键长键角都在itp中，top就是告诉你有什么。

这个文件可以自己编写，按照格式写就可以

itp文件是什么？

上面解释了

top文件怎么产生？

有人找校长要一个叫张三的，张三家是长沙的，那校长就在花名册上查，招来好几个班花名册（不同力场），查到符合条件的，有一个叫张三的是长沙的，那校长就会告诉那个人张三是哪个班的，这就生成一个top文件。如果学校没这个人，就不能生成top文件。

校长是怎么找的？

校长首先找叫张三的，然后再找家是长沙的

在gromacs中就是先对比残基名称，残基名称对上了，再去对比原子名称，都对上了，那就有top文件。

什么是残基？

这有个人（分子），这个人叫张三（残基），残基在立场数据中可能是简称，张三可能是ZS。力场中说张三有个姐姐叫美丽，但是库里边没有，张三的家人数量没对象，不能生成top。如果人口数量对上了，但是名字没对上，也不能生成top。如果你发现只是填表的时候弄错字了，改了申请表中名字于库中一致就可以。

张三家生了一个李四，李四在学校查不到信息怎么办？

那肯定查不到，都没学籍怎么查得到，没学籍就建学籍，家庭住址，生日，升高体重自己弄一个就可以了。

对于未知分子也是类似的，那分子怎么生成呢，找sob老师，sobtop这个软件可以快速生成top和itp文件，结构中的电荷等等信心我们通过高斯软件可以得到，sobtop有很详细的介绍，根据自己分子的类型选择合适的方法生成top和itp文件即可。

老师找几个人上报参加比赛，需要提交什么文件？

老师先查一下这几个人的信息，依次添加到top中，每添加一个人就会更新一次top文件，这几个学生的具体信息老师把链接放在top里面了

gromacs运行就是这样的，丢一个分子更新一次top，引用对应的itp文件

还需要将这几个人送到比赛现场，就是gro文件

有的同学的信息不在学校的库里怎么办？

信息不在库里，生成top的时候就只会有这个学生的名字，具体信息就没有，怎么办，怎么办，怎么办！自己写进去啊，怎么办，自己把链接放进去就行，

gromcas同理，对于大部分体系而言都是这样，需要自己改写top文件

改写top会很难吗？

申请书写过嘛，模板，按着写就可以。

使用gromacs过程就像填一个比赛表，姓名，学号，生日，填报信息和官方信息都对上了，就可以比赛了，所以在实际过程中会有报错，所以要认真写，检查问题，读完我这个我觉得应该是有基础的理解的，我写的每一句都不是玩笑，都是gromacs运行的铁令，对于初学者而言认真读完理解。