gromacs ngmx_gromacs初学入门

原创

]

从零开始学

GMX

学习

gromacs

快一个月了，感觉成长了很多，一个月前还是茫然不知所措，现在已经基本掌握了些通用步骤。感谢分子模拟论坛在这个过程中给予我的巨大帮

助！可以说，没有你们就没有我的今天！(虽然我今天才刚刚能算入门)。所以，我要履行我心中的承诺，也要将我的心得详细地写下来，帮助更多的人征服

入门时的恐惧和烦恼！下面我推荐从

0

开始的朋友们三把有力武器：

tutor

，

flowchart

，别人的心得和总结。

1.tutor

(或叫实例，教程，随便吧

~

)就是

Gromacs

目录的

\share\html\online

中的

Getting Started

：没有安装也可以使用，在安装文件的压缩包里，也有

同样的文件。就跟着它学，依样画葫芦，马上就能找到一些感觉了。但我学这个的时候就出现了问题，一是输入

demo

却不能打开那个

demo

。后来懂点

linux

的师兄弄好了。好像是和编译有关吧。不过没关系，我看了以后觉得和直接用文本打开

demo

的效果差不多，只是一个在终端

(

terminal

)上显示

，你不用输任

何命令，只要按“Enter”就能让计算机进行模拟。而要在终端上显示的内容其实就是文本上的(中间那些代码不用管的)。在“water”这部分的实例中，它

只用“

-

v”的命令，看了命令说明就知道这个命令只是让程序运行过程的说明更加详细，而并没有让计算机进行任何的模拟。此外，

ngmx

也是个问题。很多人

都不能使用这个命令。两个解决办法：(

1

)

.

安装

libX11-dev

。(

2

)用

VMD

替代

.rasol

用“sudo

apt

-

get

install

rasmol”安装，

xmgrace

用“sudo

apt

-get

install grace”安装。(我本来是连这个都不知道的„„悲哀啊)直到做到

Ribonuclease S-peptide

才是真正的完整的一次模拟。把这个过程当作范本，同

时结合我后面说两篇心得总结和流程图，反复对比他们的异同，你就能发现哪些是不可或缺的骨架哪些是有用的小技巧(有些命令的省略常令我们初学者摸不

着头脑)。最后一个

Protein unfolding

的例子似乎没有对应的文件，

tutor

文件夹中

的

nmr1

与

nmr2

两个文件夹也不知道是用在哪里的。(我现在还是很菜

的„„)

2.

流程图在

\share\html\online

中也可以看到，

但那是比较简单的，

还有个更详细的：

http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=357&highlight=flowchart

要金币下载，不过看了我推荐的资料后你自己也能总结出来，还收获更大呢！

3.

别

人

的

心

得

和

总

结

论

坛

里

就

有

很

多

，

但

是

多

未

必

是

好

事

，

为

了

花

最

少

时

间

长

学

到

最

多

东

西

，

我

再

推

荐

两

篇

，

一

是

happyboy

的

http://yuandxli.blogcn.com/diary,18895341.shtml

。(

happyboy

看了应该很高兴吧)二是

http://www.mdbbs.org/thread-3004-1-1.html

。

入门时，

有这三件武器就够了！

将他们结合起来是最有针对性也是最速成的。

当然你不能只会这些基础的东西

，

因为你做的东西总有自己的特定需要，

这

就需要到其他地方查资料：搜索，论坛，官网(

www.gromacs.org

)，手册等

(这才是真正的考验啊！)。下面说说我做自己的课题时碰到的问题

。虽然都是论

坛里都有解答，但是零零散散不易搜索，因此我就整理出来，供有类似模拟目的的朋友们相互借鉴。我做的是模拟酶和底物复合物的结合自由能。第一个问题

是

有

了

复

合

物

的

pdb

，

怎

么

不

能

用

pdb2gmx

直

接

转

。

一

般

是

用

http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/

和

http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta

。前者用的是

gromacs

力场来生成

itp

文件，后者则是用

gromos

力场。说到力场的选用，真是门

学问。

我到现在也不能确定具体的力场，

好像很多都可以。

暂时就是先用

gromos

的

，

因为

4.0

自带的立场列表中写着不推荐

gromacs

的力场。

而其他力场则需

要安装

(如

amber

)

。

之后的处理有两种：

一是

GROMACS:Tutorial

for

Drug

–

Enzyme

Complex(google

下就有了，

不用在论坛里花金币下，

大家都是穷人啊„„)

中用的改

pdb

的办法，

但是那样后面都要用

pbd

来处理了，

而不是默认的

gro

文件了。

另外一个是

http://www.mdbbs.org/thread-49-1-1.html

里说的，

改

gro

。

(

itp

都是一样的处理方法，放到当前文件夹就行了，前面那篇文章里写得很详细)。我现在是用

gro

做的，没问题。还需要说明的是，在运行第一次

grompp

时发现

gro

和

top

文件中包含的原子数不同。我比较了两个文件才发现，

gro

中的底物少了几个氢，这是在用

prodrg

生成

gro

时选择所要包含氢原子类型(所

有氢，

only

极性氢加芳香氢，

only

极性氢)

时引起的

，

我应该选第二种。

后来我又在位置限制性模拟中碰到了错误

：

18

atom

are

not

part

of

any

of

the

T-coupling

group

。我的底物正好

18

个原子。其实这是因为我很偷懒的用了

tuto

r

中的

full.mdp

。里面

的

temperature-coupling

没有定义我的底物。所以大家要做自己

的东西时就要开始研究参数文件的内容和作用了。

入

门

后

，

就

可

以

看

看

sensenbob

o

的

博

客

：

http://www.nkstars.org/blog/archives/sen/000669.html

。

还

有

论

坛

的

http://www.mdbbs.org/thread-2883-1-1.html

和置顶的

GROMACS

命令分析讨论集锦。遇到问题要善用论坛的搜索。再进阶的，就啃啃

manual

吧(我是很不愿

看的，但是要做点东西出来的话

mdp

文件参数设置和命令使用肯定要好好研究的)很多问题都是

mdp

设置的问题。如我碰到的

PME

怎么使用和设置。建议大家

下个模板钻研下

http://www.mdbbs.org/thread-2901-1-1.html

。