andao1995-CSDN博客

转载 Vowel 元音发音

元音的分类和音标元音 vowel vs 辅音 consonant每个单词都有一个元音。按字母分AIUEO 五个字母按发音分20个音标。音与音标不是一一对应的，比如/ʊ/可以是o也可以是单元音长：/a:/ /כ:/ /ɜː/ /i:/ /u:/短：/æ/ /ʌ/ /ɒ/ /ə/ /ɪ/ /ʊ/ /e/双元音/eɪ/ /aɪ/ /כɪ/ /əu/ /au/...

2019-09-15 10:36:00 565

转载 KEGG step by step

核心概念KEGG：Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，生物高水平功能是数据库。如果不是使用服务器来查询数据库，需要付费。KO：KEGG ortholog,已知功能（function)的同源基因数据库。所有数据库里的功能都有这个编号，但是每个功能又还有别的编号，因为每个对象都同时扮演多个角色，存在于多个子数据中。Pathway：多个功能...

2018-12-12 18:32:00 307

转载自动批量裁剪+合成+整理正反向序列

说明自动识别，批量拼接文件夹中的16S rRNA 正反向序列。优化了前文中的方法，简化运行方式点击查看。具体来说，拖动文件夹和文件取代输入路径。在前面安装的包基础上，增加了 filesstrings。准备根据前文安装所需软件和包点击查看。额外安装 filesstrings。install.packages("filesstrings")R 代码文件点击...

2018-12-06 13:33:00 612

转载如何安装R完成环境变量设置

0 说明以 RScript 的形式运行 R 文件。确定需要的包安装在环境变量对应的 R应用软件上，否则会显示找不到。推荐直接打开 R.exe 安装，而不是通过 Rstudio 安装。1 安装R3.5.1if (已经安装)确定版本是否>3.5.1找到安装路径例如：G:\R-3.5.1else去官网下载 windows mac安装并记录安装路径...

2018-11-20 16:30:00 169

转载拼接两条有重叠区域的核酸序列

目的27F 和 1492R 是细菌 16S 核糖体基因的一对通用引物。利用这对引物扩增DNA提取物，然后进行Sanger法测序，能获得两条长度约为 800+ 的 DNA 序列。根据正链（+）和负链（-）序列之间的重叠部分拼接，就能拼接出一条 16S rRNA 基因序列。F = forward，R = Reverse，数字 = 结合的位置。27F： TACGGYTACCTTGTT...

2018-11-20 16:05:00 1907

转载生物信息电脑运行环境搭建-Python R Linux

TOP0 题记从2018-7-16日开始，我讲了四天课（实际3天半，共21个小时），内容包括Linux入门、Python入门和R入门。目的是让大家能在自己的PC和服务器上进行生物信息学分析相关的实践。去年我用了差不多21小时只讲了R入门。今年为什么添加了Linux和Python？因为去年我自己这两个都还没有入门，也没有任何实践操作经验，去年有基因所的老师来教这个部分。今年，我更希望大...

2018-07-21 18:34:00 132

转载 NCBI批量下载基因组

说明使用Python 中的 ftplib从NCBI下载基因组。关于基因组的一些知识请参考之前的文章。待改进目前只能处理文件夹里面不包含文件夹的情况，如果还有文件夹，只会提醒。目前如果有多个版本的注释，默认下载的是第一个版本。目前目的文件夹已经写在里面了E://，应该下载到当前路径。以上不足不影响下到最核心的序列文件。前题安装了 Python3。文件夹：*...

2018-05-02 21:26:00 1339

转载如何到NCBI提交基因组

1 步骤和说明NCBI官方说明点此处打开提交基因组页面以下例子：纯菌的基因组草图用于新菌鉴定。1.1 提交基因组数据到 NCBI 需要什么？.fsa 格式的基因组数据；fsa 就是用公司返回的 .sqn 的数据改为 .fsa 后缀，里面是 fasta格式的逐条 scarfold 或者 contig。每条序列有唯一的编号，例如contig1，长度不超过50，其他说明不是...

2018-03-29 14:38:00 2497

转载【PhraseExpress应用】快速截屏，将图片粘贴到Anki制作卡片界面

本文讲解如何在Windows系统中，利用PhraseExpress简化思维导图导入Anki如果你对如何使用 PhraseExpress 完全没有概念，请点这个链接。准备安装 PhraseExpress安装 Anki说明从Xmind将思维导图截屏，然后制成Anki卡片分为以下步骤：打开截屏软件；在 Xmind 中截屏；在 Anki 中打开新建卡片页面；在正面粘贴图...

2018-03-22 21:57:00 229

转载北京移动 NFC nano USIM【异地】换卡流程

就是刚刚做了这件事，觉得还挺麻烦的，记录流程。北京现在推出用带有NFC功能的电话卡坐公交和付费，现在在推广阶段，能免费申请换卡。前提你的号码是北京移动的。你有一个能收货的北京地址。步骤登陆自己的移动账户，可以通过搜索换卡找到网上申请页面。这里是免费换卡链接 link。按要求填写，其中手机号部分需要填写你自己的号码。也就是说快递会打电话给你，注意及时联系你的收货人。...

2018-03-10 19:36:00 400

转载 Python 条件表达式

问题：获得目录中的 .fna 后缀的文件路径通过 makeblastdb 能获得用于 BLAST 的数据库文件，这些文件包括原始数据 .fna，和几个在原名基础上增加后缀为名字的文件，例如 .fna.nsq。Blast 的时候需要指定的是 .fna文件，而不是其他的那些。因此需要自动读取数据库文件夹中的不带后缀的文件。如果做的是蛋白质的数据库，需要的是 .faa 的文件。解决...

2017-12-11 17:43:00 58

转载 TurtleWorld Python3 安装

图书馆借了本书，一本好书《像计算机科学家一样思考Python》（Think Python）TurtleWorld是作者 Allen B. Downey 写的一个包 swampy 里的一个模块，用来学习编程的。这个包没有支持 Python3 直接下载安装，只提供了源文件。需要下载了之后调用。其实官方网站有解释怎么安装，可是一下子就是看不懂。Swampy for Python 3 ...

2017-12-05 16:27:00 138

转载如何从NCBI下载基因组数据

本文关于如何在 NCBI 的 FTP 里下载需要的基因组数据。已知信息例如：我从文献里看到作者测了 Escherichia coli ATCC 25922 的基因组，想从NCBI下载。原文提供的信息是：This Whole Genome Shotgun project has been deposited at DDBJ/EMBL/ GenBank under the ...

2017-11-24 09:59:00 8264

转载 Github

终于开始学习怎么用这个可爱的章鱼喵喵了（octocat）。嗨森！本文只关于最基础的操作。前题条件（prerequisite）Windows 10 系统，安装 Github 和 Git bash。注册 github 账户，创建 SHH key。说明同一个操作可以在Github，Git Bash或者网页上完成。目前不会所有的地方都完成，仅够完成我的工作流程：Github用...

2017-11-21 15:09:00 56

转载 Windows安装rpy2

说明最近苦于把自己的 R 化思维努力向 python化扭转，今天非常高兴的发现，其实用 python 就能调用 R。当然要装啊，可是又装了2个小时，现在回过头来，问题是 rpy2 没有官方提供的简易 Windows下安装方法...而能找到的关于安装的帮助都很老。好多都还是R 2.X和Python2时期的。实际上，安装之前你需要知道：rpy2最新版本是 2.9，需要 R 3.2...

2017-10-10 20:32:00 444

转载 R Markdown + Infinite Moon Reader + 编辑实时更新

R Markdown使用设置参考此处。虽然使用 knit 编译后能够看到效果，但是不能实时更新看到编辑的效果。之前装了 Xaringan，其中包括了一个叫 Infinite Moon Reader 无限月读的功能。本来是能实时看到幻灯片的编辑结果，但是在Windows里不可用。昨天对 R markdown 文件试了试，发现竟然可用。使用方法：安装 Xaringan。in...

2017-09-28 20:09:00 186

转载 png转ico+windows图标+GIMP

简介我有点阅读障碍，每次看着Windows里面一样一样的图标和名字就找不到东西...所以我喜欢把图标改成奇奇怪怪的样子。本文介绍Windows里面如何操作。准备GIMP 以前还用用D版的PS，后来遇到了GIMP之后就快乐的开源了。GIMP有中文支持，使用方法和PS很相似，提供各种扩展。最大的缺点就是啥都能干吧。去官网下载安装就好了。素材：任何图片保存为 png 格式，一般网上...

2017-09-13 11:44:00 440

转载微生物+计算细胞倍增时间

TOP1 简介虽然做生长曲线和求代际时间貌似是个很简单常规的东西，可是到我一直不大确定自己求的对不对...这次下定决心不再乱做...不看解释，跳到作图2 定义微生物细菌，真菌培养和测定细菌：液体培养，不同的时间测定OD600的吸光度。固体培养稀释涂布测定colony forming unit（CFU）数量。真菌：平皿固体培养，不同时间测定半径。对细菌来...

2017-09-06 14:40:00 5547

转载使用Mathjax网页插入公式

本文关于想在网页里面插入公式，找到了 Mathjax，这里说怎么设置，具体来说是怎么在博客园设置。以及一点点如何使用。设置方法需要开通js的权限。进入设置。在页脚Html代码输入：<script type="text/x-mathjax-config">MathJax.Hub.Config({ displayAlign: "left", disp...

2017-09-05 14:55:00 445

转载 Firefox+zoom+全局缩放比例

最近恢复了windows的全局缩放比例，因为觉得小点儿能塞下更多东西在屏幕...不过对于网页来说，每次都忍不住按下ctl然后滚一滚鼠标，不放大到120%不能看啊...因为用Firefox比较多就找了一个全局缩放的小插件。Link设置全局缩放1 选中黑色的放大镜2 地址处填 *。3 拖动 zoom 到你喜欢的比例。4 按 +。添加好了之后就是图里的样子。设置即时生效。...

2017-09-04 15:34:00 172

转载 Windows+字体+英文软件（Menedeley）

年初的时候在办公室配了一台新电脑，然后和字体纠缠了很久，因为从MAC转到Windows系统觉得字体的效果差的发指。什么放大啊，cleartype啊都调了，还用了Mactype。曾经因为Mactype把字体的设置搞废，导致只有使用系统恢复重新装了一次。本来一度对字体已经能忍了，可是出现了一个非常不能忍得事情，就是英文字符用中文（宋体）显示。这个情况出现在Mendeley上，这是一个免费...

2017-09-02 12:38:00 139

转载如何注释基因组中的tRNA + 安装tRNAscan-SE

简介tRNA：tRNA是mRNA翻译到蛋白的步骤中根据密码子搬运氨基酸的RNA。这个结构的最核心部位就是与密码子配对的三位碱基。tRNA长得像一个三叶草，大概76-90 bp，所以除了三位碱基，识别其二维结构，是为了知道如何折叠成三叶草。tRNAscan-SE用 Perl 整合了tRNAscan、EufindRNA 和Cove3个tRNA检测软件。首先调用 tRNAscan和Euf...

2017-07-26 21:05:00 775

转载如何建立.Rprofile文件，修改xaringan默认设置

通过配置一个.Rprofile文件，可以在打开R的时候自动运行需要重复载入的代码。最近使用Xaringan的时候里面提到可以这样取消进程锁住。貌似简单，然而不会。以下记录如何操作。Windows系统中...方法在project的根目录中建立一个.txt文档。打开文档输入需要自动运行的代码然后保存。例如我想取消xaringan运行时候的进程锁住：options(servr...

2017-07-17 08:31:00 452

转载如何使用R Markdown（xaringan）做幻灯片【1 安装和配置】

1 简介R Studio 里提供了 R Presentation。本质是 R Markdown 使用 ioslides 导出了 HTML。官方说明本来我都打算开始做PPT了，可是遇到了写轮眼（xaringan）——Presentation Ninja。看包的介绍觉得好嗨森，好想用，好适合。可是又有点小担心，这次不是我笑点坏了吧。其实我看谢益辉的博客的时候也常常觉得好想笑，英文中文...

2017-07-10 17:20:00 280

转载 R Markdown 设置和使用

1 简介R MarkdownR Markdown的基本语法与 Markdown 基本一致 [使用方法]，最核心的区别是：写入代码区域的代码能在编译的时候同时生成相应的图、表和运算结果，省去了保存和插入的过程。能保存为 HTML、 WORD和PDF等格式。 PDF需要LaTex的支持。本文关于在 Windows 10 系统下配置 R Studio 的 R Markown，...

2017-07-09 18:27:00 960

转载中文输入+英文标点+快速编辑Markdown文本+Sublime+Snippet

前提你的电脑安装了Sublime，你的Sublime安装了Markdown Edit和Markdown Preview两个插件（Package）。怎么安装还没写，先放一个我安装时参考的Blog。内容简介这几天使用Markdown发现：为了输入>".等符号，一直在中英文之间切换。研究了下，在Sublime里添加Snippet完成快速编辑Markdown，不再需要在中...

2017-07-08 21:55:00 188

转载 Markdown 使用方法

目录开园儿小试 Markdown基本使用方法备注修改颜色粉粉哒锚点也就是完成页内跳转。表对齐反斜杠同时加粗和斜体表示键盘按键段落 ...

2017-07-07 16:31:00 61