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#GlimmerHMM指南官方用户手册GlimmerHMM是一种Denovo的新基因预测软件。新基因发现基于GeneralizedHiddenMarkovModel(GHMM)。GlimmerHMM把一个基因看做几种特征序列(状态)的有序切换,这些特征序列包括内含子,基因间隔区,四种外显子(第一个外显子,中间的外显子,最后一个外显子,唯一的外显子),切换的过程形成马尔...

2015-05-22 21:13:00 1118

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目录 Augustus指南 官方 Tutorial Index Input: Trainning: Prediction Output: 可能用到的其他软件 Trainning Augustus ...

2015-05-12 15:35:00 1412

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Genscan指南GenScan是一个gene识别软件,主要是通过已知生物的基因结构特征来识别新的基因(parse)。所利用的基因特征请参看readme文件。特点:只考虑编码蛋白的基因。模型考虑每个sequence可能有0个,1个,多个,甚至双链都有基因。假设transcription units没有overlapping。Input:基因组序列Output:...

2015-04-27 13:37:00 3484

转载 Generic recipe for data analysis with general linear model

Generic recipe for data analysis with general linear modelCourtesy of David SchneiderState population, and conditions for taking sample.Construct the model:(a) state the response variable;(...

2015-04-08 20:53:00 112

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