Augustus指南(Trainning部分)

最新推荐文章于 2023-11-06 14:50:39 发布
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Augustus指南

官方 Tutorial Index

Augustus是一个真核生物基因预测软件，目前有网页服务端和本地版，它基于Hidden-Markov Model（隐马尔科夫链模型HMM）（一个不错的HMM介绍博客）的预测方法，因此需要一个已经研究清楚的物种进行training(学习)之后再对新物种进行prediction（预测），用于trainning的物种应该和需要预测的物种具有较近的亲缘关系

特点：官方介绍

Input:

Trainning:

已知物种序列

核酸序列：fasta格式 ( genome.fa )
蛋白序列：fasta格式 ( proteins.aa )

Prediction

未知基因组序列

核酸序列：fasta格式 ( NewGenome.fa )

Output：

可能用到的其他软件

  1. Scipio
    下载地址中下载Scipio Version 1.4，压缩包中包括perl文件和说明文件

    Scipio是利用蛋白序列标记出基因组结构的软件，提供 核酸序列和 蛋白序列后，它可以为你解析出基因的结构。它基于BLAT的序列比对功能。scipio可以很好地跨con
最低0.47元/天 解锁文章
aoyuren8925
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Augustus:基因组注释与AUGUSTUS
05-14
AUGUSTUS的基因预测 介绍 AUGUSTUS是一种在一个或多个基因组中查找基因及其结构的程序。 安装 视窗 Windows用户可以完全按照下面针对Linux的说明，使用Linux的Windows子系统（WSL）安装AUGUSTUS。 介绍了如何为AUGUSTUS设置WSL。 Ubuntu 18.04或更高版本 目前，这仅安装了不具有比较基因预测功能的单基因组版本： sudo apt install augustus augustus-data augustus-doc 来自GitHUB的克隆 要获取最新的完整版本，首先，克隆存储库 git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git 或者，通过以下方式 下载并解压缩AUGUSTUS源程序包： tar -xzf augustus.current.tar.gz 码头
AUGUSTUS安装 基因训练、预测软件
alnx37271的博客
01-07 2526
Augustus的安装和使用参数 AUGUSTUSis a program that predicts genes in eukaryotic genomic sequences. 1. Augustus的安装 Augustus下载：http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/ $ wget http://bio...
Augustus训练与预测
weixin_58269397的博客
05-24 690
JJH方法。
Augustus操作指南
qq_36608036的博客
09-23 6995
Augustus指南(Trainning部分) 目录 Augustus指南 官方 Tutorial Index Input: Trainning: Prediction Output： 可能用到的其他软件 Trainning Augustus 对于没有直接基因结构的情况，可以使用Scipio制作基因结构文件 将用于Trainning的基因结构信息分为Trainning set和test set ...
基因预测软件-Augustus安装过程
weixin_56827666的博客
05-02 1380
AUGUSTUS is a program that predicts genes in eukaryotic genomic sequences，一款真核生物基因组基因结构预测软件，因为公司用到了这个软件，第一次做这个工作，先重复人家工作，首先就是安装了。发现这个软件依赖还算不少，网上有朋友列了一下有cmake、bamtools、hitslib、samtools、bcftools、tabx, 如果不是依赖的大部分软件还算熟悉，就等着有网后靠conda安装了，自己手动安吧，也算深入学习一下这个软件
Augustus注释过程
Sunday1016的博客
11-06 298
Augustus数据准备，训练和注释过程。
augustus 3.3.3
02-08
augustus 3.3.3
augustus:用于在Mac OS X上安装的AUGUSTUS v3.2.1
05-18
用于在Mac OS X上安装的AUGUSTUS v3.2.1 AUGUSTUS v3.2.1从下载。 随后对Makefile进行了修改，使其可以在Mac OSX上编译并正常运行。 问题似乎出在ProteinProfile函数中，如果使用Mac clang++编译，则每次您尝试使用...
使用MAKER进行基因注释(高级篇之AUGUSTUS模型训练）
xuzhougeng blog
11-02 3417
准备训练集和测试集 根据Augutus的官方教程，可靠的基因结构序列的要求如下： 提供基因的编码部分，包含上游几KB。通常而言，基因越多，效果越好，至少准备200个基因以上。还得保证这些基因中要有足够多的外显子，这样子才能训练内含子。 这些基因的基因结构一定要足够的准确。不过，也不需要百分百的正确，甚至注释都不需要特别的完整，只要保证起始密码子和终止密码子的准确是准确的即可。 需...
如何对基因组序列进行注释
weixin_33770878的博客
09-06 7713
基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(homology-based prediction...
Bug 记录
xrdshx的博客
09-15 524
Bug记录 CocosCreator打包出现 Error：Program type already present: android.support.v4.os.ResultReceiver$MyResultReceiver 解决方法： 在\build\jsb-link\frameworks\runtime-src\proj.android-studio\gradle.properties中加入下面两行 android.useAndroidX=true android.enableJetifier=true
Augustus部署
Maiya19724的博客
12-31 2358
Augustus是一个基因预测工具，基于HMM和Bayes，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测。Augustus: gene predictionhttp://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/Augustus部署较为繁琐，以下为部署经验： 1、下载源码包并解压 #下载源码包 wget bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus-3.4
augustus 软件安装与Docker使用记录
qq_43206685的博客
08-10 1144
augustus 软件安装与Docker使用记录 augustus：一基因预测软件； Docker：应用容器引擎，可实现虚拟机。 一. 问题：Github下载的augustus难以正常安装及使用 本机系统：CentOS7 git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git cd Augustus make augustus ## 报错如下： mkdir -p bin cd src && make make[1]: Enterin
Augustus:真核生物基因结构预测软件-安装篇
庐州月光的博客
08-06 2691
欢迎关注"生信修炼手册"组装得到基因组序列之后，进一步的工作就是探究基因结构。Augusust是一款预测真核生物基因结构的软件,官网如下：http://bioinf.un...
训练记录的开篇博客
Augustus_WY的博客
10-24 210
2019.10.24 继git之后又一次第一次开博 欢迎使用Markdown编辑器 你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown编辑器, 可以仔细阅读这篇文章，了解一下Markdown的基本语法知识。 新的改变 我们对Markdown编辑器进行了一些功能拓展与语法支持，除了标准的Markdown编辑器功能，我们增加了如下几点新功能，帮助你用...
地县级城市建设道路清扫保洁面积 道路清扫保洁面积道路机械化清扫保洁面积 省份 城市.xlsx
06-22
数据含省份、行政区划级别（细分省级、地级市、县级市）两个变量，便于多个角度的筛选与应用 数据年度：2002-2022 数据范围：全693个地级市、县级市、直辖市城市，含各省级的汇总tongji数据 数据文件包原始数据（由于多年度指标不同存在缺失值）、线性插值、回归填补三个版本，提供您参考使用。 其中，回归填补无缺失值。 填补说明： 线性插值。利用数据的线性趋势，对各年份中间的缺失部分进行填充，得到线性插值版数据,这也是学者最常用的插值方式。 回归填补。基于ARIMA模型，利用同一地区的时间序列数据，对缺失值进行预测填补。 包含的主要城市： 通州 石家庄 藁城 鹿泉 辛集 晋州 新乐 唐山 开平 遵化 迁安 秦皇岛 邯郸 武安 邢台 南宫 沙河 保定 涿州 定州 安国 高碑店 张家口 承德 沧州 泊头 任丘 黄骅 河间 廊坊 霸州 三河 衡水 冀州 深州 太原 古交 大同 阳泉 长治 潞城 晋城 高平 朔州 晋中 介休 运城 永济 .... 等693个地级市、县级市，含省级汇总 主要指标：
从网站上学习到了路由的一系列代码
最新发布
06-22
今天的学习圆满了
AUGUSTUS安装
09-06
要安装AUGUSTUS，可以按照以下步骤进行操作: 1. 首先，下载AUGUSTUS的安装包并解压缩。可以使用以下命令获取安装包并解压缩: ``` wget http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/augustus-3.3.1.tar.gz tar xzvf augustus-3.3.1.tar.gz ``` 2. 进入解压缩后的目录: ``` cd augustus-3.3.1/ ``` 3. 使用make命令编译AUGUSTUS: ``` make ``` 4. 安装AUGUSTUS: ``` make install ``` 需要注意的是，AUGUSTUS的安装过程比较繁琐，还依赖于其他一些库文件和软件。可以参考相关引用和引用中提供的步骤来安装这些依赖项。请确保在安装AUGUSTUS之前已经安装好了这些依赖项。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* *3* [Augustus:真核生物基因结构预测软件-安装篇](https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079188)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 100%"] [ .reference_list ]

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