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Augustus指南
官方 Tutorial Index
Augustus是一个真核生物基因预测软件,目前有网页服务端和本地版,它基于Hidden-Markov Model(隐马尔科夫链模型HMM)(一个不错的HMM介绍博客)的预测方法,因此需要一个已经研究清楚的物种进行training(学习)之后再对新物种进行prediction(预测),用于trainning的物种应该和需要预测的物种具有较近的亲缘关系
特点:官方介绍
Input:
Trainning:
已知物种序列
核酸序列:fasta格式 ( genome.fa )
蛋白序列:fasta格式 ( proteins.aa )
Prediction
未知基因组序列
核酸序列:fasta格式 ( NewGenome.fa )
Output:
可能用到的其他软件
Scipio
下载地址中下载Scipio Version 1.4,压缩包中包括perl文件和说明文件Scipio是利用蛋白序列标记出基因组结构的软件,提供 核酸序列和 蛋白序列后,它可以为你解析出基因的结构。它基于BLAT的序列比对功能。scipio可以很好地跨con