GlimmerHMM指南

#GlimmerHMM指南

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GlimmerHMM是一种De novo的新基因预测软件。
新基因发现基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM)。
GlimmerHMM把一个基因看做几种特征序列（状态）的有序切换，这些特征序列包括内含子，基因间隔区，四种外显子（第一个外显子，中间的外显子，最后一个外显子，唯一的外显子），切换的过程形成马尔科夫链。
特征序列内部序列基于Nth-order interpolated Markov models (IMM) (N=8)处理。
描述基因中个特征序列转化关系的马尔科夫状态变化图如下：

特征：

GlimmerHMM使用的模型基于以下几个假设，这些假设导致了GlimmerHMM的一些优点的不足：
- 假设每个基因都开始于起始密码子ATG
- 假设每个基因阅读框内除最后一个密码子外没有终止密码子（no in-frame stop codons）。
- 每个外显子与前一个外显子在同一个阅读框中。（翻译阅读时外显子间没有移框）

优点：GlimmerHMM的搜索范围下降，从而计算效率得以提高。
缺点：真正的移框外显子（genuine frame shifts）无法被检测到。

软件精度

参看官网数据
总体看比Genscan略好

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安装

前往官网ftp下载最新版本，解压后即可使用。

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