生信linux入门（一）linux常用命令及操作

生信linux入门（一）linux常用命令及操作

学习内容：

• linux常用命令
• linux文本处理
• linux环境变量

1、常用命令：

// 远程登录服务器
ssh -p22 sin@192.111.120.64

// 创建用户
sudo adduser sin
// 修改密码
passwd sin

// 查看电脑配置
df -h
df -h /home/user

// 查看内存
free -g

// 查看用户登录历史
w

// 实时动态查看系统整体运行情况
top

// 进程查看
ps -ef |grep pref

// 显示文件夹下文件
ls

// 显示长列表，包含每个文件更多相关信息
ls -l

// 查看目录
ls -lh /home/

// 弹出每个目录下子目录，* 通配符
ls -lh /home/*

// 创建文件夹
mkdir data
// 创建新的空文件
touch data.txt
// -p ： 存在就不创建了，不存在再创建; 或者创建深路径文件
mkdir -p existfile
mkdir -p folder1/folder2

// 内容打印到屏幕
echo $PATH
/home/user/Software/blast/bin
// { .. }批量处理
echo {1..10} #
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

// 返回来的目录
cd -
// 返回home目录（绝对）
cd ～
// 返回上一级目录（相对）
cd ..
// linux根目录
ls /
// 查看命令历史
history
// >存定向 

// 拷贝到当前文件夹
cp ～/home/data.txt ./

2、文本处理：

// 创建文件并写入内容
cat >srr.list
hello
control+c结束
// 查看文件
cat srr.list
head srr.list
tail srr.list

// 查看帮助文档
man wget
// 从指定URL下载文件
wget url
// 查看文件的byte数、字数或列数
wc test.txt
// 默认查看文件前10行
head test.txt
// 查看文件前1行
head -1 test.txt
// 查看文件最后1行
tail -1 test.txt
// 慢慢查看文件内容,按空格下翻，按q退出
more test.txt
// 查看文件table形式
less -S test.txt
// 查看文件table形式,会标记出第几行
less -SN test.txt
// -f的作用是 按列取文本（升序）
cut -f 1 test.txt
cut -f 1-3 test.txt
// 按列读取文本（降序）,按照第二列排序，把第二列看成num，r反过来排
sort -k2,2nr test.txt |cut -f 1-3
// 进一步用awk扩展形式
cut -f 1-3 test.txt |awk '{print "$1:"$2","$3}'

3、环境变量：

在安装文件夹下./相对路径调用软件

// 以prefetch为例调用
./prefetch 
// 赋值变量以至于全局调用，调用时加$prefetch
prefetch=/home/users/SRAToolkit/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin/prefetch
// alias 不需要加$,直接调用prefetch
alias prefetch=‘/home/users/SRAToolkit/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin/prefetch‘
// 看自己的path
echo $PATH
// 添加环境变量,which prefetch
export PATH='$PATH:/home/users/SRAToolkit/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin/prefetch'
// 环境变量-永久生效-在bashrc后追加环境变量
cat >> ~/.bashrc export PATH='$PATH:/home/users/SRAToolkit/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin/prefetch'
cat ~/.bashrc |wc
cat ~/.bashrc |tail -1
// 使用vim改写，先打i变成插入模式，在对应位置粘贴语句，esc：wq退出
vim ～/.bashrc

// 使生效
source ～/.bashrc