生信linux入门(三)从零开始的环境配置及软件安装管理

生信linux入门(三)从零开始的linux环境配置及软件管理

软件下载及管理一般有以下两种方法:

// 1、需要root权限,一般服务器难以支持给普通用户
sudo apt-get install xxx
// 2、不需要root权限
conda install xxx
// 前提:需要安装miniconda或者anaconda,由于我习惯了anaconda,下面以anaconda的安装为例

Anaconda安装

搜索Anaconda官网,在下载页面选择合适版本的安装包
请添加图片描述
如Linux系统选择对应版本右键复制下载链接
请添加图片描述

// 用wget下载anaconda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh
// bash 解压Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh
// 重新登录就会出现(bash)样式
(base) [sthjyzyxy@login nt]$
在对应环境envs_name下的conda install 都默认安装在/public/home/users/anaconda3/envs/envs_name/
// 创建环境
conda create -n envs_name
// 激活环境
conda activate envs_name
// 退出环境
conda deactivate
// 查看现有环境,及路径
conda info --envs
// conda常规安装
conda install fastp

// 常规安装常常报错,需要制定bioconda路径
conda install -c bioconda fastp

// 如果bioconda也失败,wget下载到任意文件夹下,添加环境变量到bashrc文件
// 以sratoolkit为例
// wget下载,我是直接下载到anaconda3/envs/envs_name/下方便管理
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.10/sratoolkit.3.0.10-ubuntu64.tar.gz
// 解压
tar -vxzf sratoolkit.3.0.10-ubuntu64.tar.gz
// 添加环境路径到bashrc文件,我的路径在/public/home/users/bashrc
echo "export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.3.0.10-mac64/bin/prefetch" >> /public/home/users/bashrc
// 更新bashrc文件,使生效
source /public/home/users/bashrc
// 之后就可以直接用prefetch调用,而不是必须进入/sratoolkit.3.0.10-mac64/bin/ 才能调用
[users@login envs_name]$ prefetch --version
prefetch : 3.0.10
// blast也是根据一样的方法安装
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.15.0/ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz
tar -vxzf ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz
echo "export PATH=$PATH:$PWD/blast/bin" >> /public/home/users/bashrc
source /public/home/users/bashrc

[users@login envs_name]$ blastn -version
blastn: 2.15.0+
Package: blast 2.15.0, build Oct 19 2023 13:35:57
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要在生信领域使用Linux系统,可以按照以下步骤进行安装: 1. 首先,选择一个合适的Linux发行版。在生信领域中,常用的发行版有Ubuntu、CentOS和Fedora等。你可以根据个人喜好和需求选择其中之一。 2. 下载所选发行版的镜像文件。你可以在官方网站上找到适用于你的计算机的镜像文件,并下载到本地。 3. 制作启动盘。将下载的镜像文件写入USB闪存驱动器或光盘,并制作成可启动的安装介质。 4. 将启动盘插入计算机,并重新启动计算机。在启动过程中,按下对应的按键(通常是F2、F10、F12或DEL),进入计算机的BIOS设置。 5. 在BIOS设置中,将启动顺序调整为从USB或光盘启动。保存设置并重新启动计算机。 6. 进入安装界面后,按照提示进行安装。选择合适的语言、时区和键盘布局等设置,并选择安装类型(建议选择完全安装)。 7. 在分区设置中,可以选择自动分区或手动分区。如果你对分区不熟悉,建议选择自动分区。 8. 设置用户名和密码,并等待安装完成。 9. 完成安装后,重新启动计算机,并使用你设置的用户名和密码登录系统。 10. 根据需要,安装生物信息学相关的软件和工具。你可以使用包管理器(如apt或yum)来安装所需的软件包。 安装完成后,你就可以开始在Linux系统上进行生信分析和开发工作了。记得定期更新系统和软件,以保持系统的安全性和稳定性。
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