生信linux入门(三)从零开始的linux环境配置及软件管理
软件下载及管理一般有以下两种方法:
// 1、需要root权限,一般服务器难以支持给普通用户
sudo apt-get install xxx
// 2、不需要root权限
conda install xxx
// 前提:需要安装miniconda或者anaconda,由于我习惯了anaconda,下面以anaconda的安装为例
Anaconda安装
搜索Anaconda官网,在下载页面选择合适版本的安装包
如Linux系统选择对应版本右键复制下载链接
// 用wget下载anaconda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh
// bash 解压Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh
bash Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh
// 重新登录就会出现(bash)样式
(base) [sthjyzyxy@login nt]$
在对应环境envs_name下的conda install 都默认安装在/public/home/users/anaconda3/envs/envs_name/
// 创建环境
conda create -n envs_name
// 激活环境
conda activate envs_name
// 退出环境
conda deactivate
// 查看现有环境,及路径
conda info --envs
// conda常规安装
conda install fastp
// 常规安装常常报错,需要制定bioconda路径
conda install -c bioconda fastp
// 如果bioconda也失败,wget下载到任意文件夹下,添加环境变量到bashrc文件
// 以sratoolkit为例
// wget下载,我是直接下载到anaconda3/envs/envs_name/下方便管理
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.10/sratoolkit.3.0.10-ubuntu64.tar.gz
// 解压
tar -vxzf sratoolkit.3.0.10-ubuntu64.tar.gz
// 添加环境路径到bashrc文件,我的路径在/public/home/users/bashrc
echo "export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.3.0.10-mac64/bin/prefetch" >> /public/home/users/bashrc
// 更新bashrc文件,使生效
source /public/home/users/bashrc
// 之后就可以直接用prefetch调用,而不是必须进入/sratoolkit.3.0.10-mac64/bin/ 才能调用
[users@login envs_name]$ prefetch --version
prefetch : 3.0.10
// blast也是根据一样的方法安装
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.15.0/ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz
tar -vxzf ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz
echo "export PATH=$PATH:$PWD/blast/bin" >> /public/home/users/bashrc
source /public/home/users/bashrc
[users@login envs_name]$ blastn -version
blastn: 2.15.0+
Package: blast 2.15.0, build Oct 19 2023 13:35:57