linux定时执行R脚本及注意事项

需要运行的R脚本

/home/muscle/test.R

cat(Sys.time())

编辑sh脚本

/home/muscle/runtest.sh

#!/bin/bash
Rscript /home/muscle/test.R 

ATT：采用绝对路径

设置为可执行文件：

chmod u+x runtest.sh

用crontab添加定时任务

首先编辑.cron文件

vim printTime.cron

添加：

*/1 * * * * /home/muscle/runtest.sh >> /home/muscle/log.txt

每分钟运行一次

运行.cron文件使之生效

crontab printTime.cron

查看生效的定时任务：

crontab -l

定时任务未正确运行

更改test.R内容如下

library(ggplot2)
library(dplyr)
print(sample_n(diamonds,1))

则需要更改runtest.sh文件，显式加载环境变量，否则由于环境变量问题会导致R包无法加载。

#!/bin/bash
source /etc/profile
source /home/muscle/.bashrc
Rscript /home/muscle/test.R