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原创 Hello Blog!
name = "xiaoxu"school = "Sichuan University"identity = "master student"research_field = "Bioinformation & Phylogenetics"print("Hello blog, let's gogogo!")
2019-09-23 16:35:44
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原创 【conda channels】
恢复： conda config --remove-key channelsconda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda
2020-08-11 19:43:29
649
原创 【Skmer—debug】
skmer 安装源： miniconda3skmer之前跑过，没有出现过问题，但是这两天跑的时候会出现报错：CalledProcessError:Command '['mash','dist','/home/work/xu_project/02.skmer/pdel_5x.msh','library/pte_5x/pte_5x.msh']' returned non-zero exit status 1.【Debug过程】1.上网搜索没有找到有效解决方案，应该是python内的问题。2
2020-08-11 16:00:17
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原创 【文献学习】《Reference-free detection of isolated SNPs》
本文介绍了一种用于在无参考基因组的情况下从测序获得的reads中快速 call isolated SNPs的工具：DiscoSNP。Isolated SNPs 是指在其周围没有其他多态源（snp、indels和结构变异）的SNP位点，一般可在后续研究中用作高质量的基因标记。本文作者通过模拟和实证数据将该软件与其他常见的call snp的工具进行了比较，验证了该软件具有以下优点：1）能稳定精确地对isolated snps进行检测和提取，并按质量进行排序；2）支持任意数量的read数据集；3）运行速度更快
2020-06-11 15:23:46
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原创 【PLWS】工作记录 & Bug记录 _ 0608
复工的第3天，按着文献上的软件链接完成了软件安装，输入到环境变量里了，然后重新安装了miniconda。安装完软件进行测试，果不其然还是出了bug，更一篇博客记录一下。step1安装软件列表：step2cd /w/user315/XI_project/02.PLWS/test/datash script1_Genome_assembly.sh pal_hic.5x1.fq.gz pal_hic.5x2.fq.gz第一次跑程序的参数设置：遇到的第一处BUG在script1_
2020-06-08 15:31:51
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原创 【文献学习】 Phylogenomics from low-coverage whole-genome sequencing
文献《Phylogenomics from low-coverage whole-genome sequencing》文章简介本文介绍了一种基于全基因组测序数据 (BUSCO (Benchmarking Unibersal Single-Copy Orthologs) 和 UCE (Ultraconserved element) 作为系统发育标记物进行系统发育推断，对 da...
2020-03-10 22:22:40
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原创 使用Seq-Gen模拟DNA序列
01 目的根据基因树文件（.tre），使用Seq-Gen v1.3.3的JC69模型，模拟长度为1000 bp的DNA序列。02 安装Seq-Gen在seq-gen的网站上下载1.33版本的压缩包（Seq-Gen-1.3.3.tar.gz） 解压后移动至source文件夹，输入make指令，则生成二进制文件seq-gen 将seq-gen的路径写入path中，在命令行输入seq...
2019-09-30 21:32:03
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原创 R语言学习日记——用phybase包模拟基因树
今天学习了在R里面用phybase模拟基因树，虽然操作不算难，但是安程序包和研究各种参数的意义还是弄了好半天，最后终于也算迈出了学习建树的第一步。小记一下，作为纪念。library(ape)library(phybase)sptree <- "物种树字符串"nodematrix <- read.tree.nodes(sptree)$nodes # read...
2019-09-27 21:31:20
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转载 linux服务器上运行R程序文件
R --no-save <mergefiles.rnohup R[options] [< infile] [> outfile]nohup 后台运行程序options：--version查看R版本；--slave只打印R脚本的输出，而不显示脚本具体执行情况；--vanilla是 --no-save,--no-restore,--no...
2019-09-25 22:13:11
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原创 R语言学习日记——rep( )函数
# rep()有三个参数：times,each,length# rep(x,times= ,each= ,length= )# x：向量(任何模式包括列表)或因子# times: 由x向量中各元素复制次数而组成的整数型向量，times向量应与x向量等长，times为整数时，以整个X向量为单位进行重复# each：表示x向量中每个元素重复几次（挨个进行重复）# length: 最...
2019-09-25 21:14:36
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转载 conda 安装R语言及其R包
本文转载自：www.jianshu.com/p/2e1986296e1500 缘起最新的R 3.5 版本特别难安装，而且很多新的包只能在R3.5版本上工作。之前用 make source 的方式总是出错，R3.5的更新依赖太多，需要安装很多依赖软件，废了很大的劲依旧没有成功。用conda很轻松安装上了R3.5.1版本。安装上了R3.5.1后，我用install.packages的 包，...
2019-09-24 17:27:16
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原创 分子系统发生学核心期刊及资源数据库整理
分子系统发生学核心学术期刊期刊名称(2018年影响因子) 网站链接Systematic Biology (10.266) academic.oup.com/sysbio#Molecular Phylogenetics and Evolution (3.992) ...
2019-09-23 22:31:45
560
空空如也
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