Windows系统下RTK的配置

RTK（ReconstructionToolkit）是用于锥形束CT重建的、开源的工具箱，其安装配置需要一些其他的依赖库和计算机配置。这里根据自己的安装过程中参考的一些文档和遇到的错误进行总结。
安装顺序是：（以下下载根据自身需要，本人除cuda使用10.0版本外，其余都是最新版本）
Visual studio ，(公司内部软件中心有，随便搜官网也可)
CMake，下载地址
Cuda，下载地址
Git，下载地址
fftw（傅里叶变换计算包，需要的话就安装，不麻烦），下载地址
ITK（想用RTK必须安装，因为以此为依赖），下载地址
RTK，下载地址

1、首先安装Visual studio

我安装了最新的，因为公司内网的软件管理器无法选择版本；

2、安装CMake

(1)从官网下载适合自己计算机的版本，我用的是Windows x64；
(2)按默认方式一直 “Next” ，记得将CMake路径加入到计算机路径，仔细看英文就好，直到安装完成。
(3)验证安装成功
安装之后进行重启，重启之后可用“命令提示符”(文件夹路径框输入cmd，按enter)输入CMake查看是否安装成功，安装成功的页面如下。

3、安装CUDA

RTK在CT重建过程中会用到Cuda进行加速，这里安装很简单，但是涉及一些环境变量的配置，参考以下博客的第二条CUDA安装即可，过程很简单，基本不出错：
参考博客
PS：
安装这步的时候遇到一点小插曲，因为公司的电脑IT只给配置了基础环境，虽然有显卡，但是驱动没有安装，所以在查看显卡支持的驱动和CUDA版本时一直打不开NVIDIA面板，所以我先安装了显卡驱动，后边继续跟随教程安装CUDA就好了，这里CUDA建议安装不太新的版本10.0，版本低一点没关系，但是高了就不好办了。

4、安装Git

Git的作用是在编译RTK的时候进行一些库的克隆，不安装的话极有可能报错。下载后安装全部默认操作即可。

5、安装FFTW

（1）创建一个"FFTW"文件夹（文件地址自己选定，不一定C盘），将下载好的压缩包解压到此处，如图：

（2）打开第一步下载的VS下的命令提示符，根据所下载的fftw版本选择合适的选项，64位选x64，32位选x86：

（3）cd进入到解压的FFTW包D:\FFTW\fftw-3.3.5-dll64内，这里直接cd进入不行，需要先进入大盘D，再进入下边的小盘，如下图所示：

（4）逐条输入并执行以下命令：

lib /machine:x64 /def:libfftw3-3.def
lib /machine:x64 /def:libfftw3f-3.def
lib /machine:x64 /def:libfftw3l-3.def

6、ITK安装

ITK（ Insight Segmentation and RegistrationToolkit）是一款医学图像处理软件包，RTK的很多功能都要依赖ITK，可以将RTK看成是ITK的子模块。
（1）解压ITK压缩包。
（2）建立一个名为"ITK"的文件夹，把解压后的下载文件复制进去（图中的InsightToolkit-5.2.1文件即为解压后的文件），并在文件夹中再建立一下文件夹：
Bin：ITK在编译时生成编译的二进制文件放在此文件夹中，这些文件是应用程序或库的实际可执行代码；
Build：存放编译后的工程文件。

（3）打开Cmake进行编译，输入要编译的源文件地址和编译好后的输出地址（框中两个地址一个是源文件地址，一个是编译后文件存放的地址，即建立的Build文件夹），根据自己建立的文件夹路径进行选择：

选择好位置后点击Confgure，会跳出一下选择框，根据自己的具体情况选择，我的环境是VS+X64，其他选项默认，然后 “Finish” 下一步。

（4）等待编译过程结束，需要很久
第一次 Configure 后，CMake 界面会出现一片红色，这很正常，我们接下来进行一些必要的设置。

搜索 “CMAKE_INSTALL_PREFIX” 选项，设置路径为…\ITK\Bin （如图）；

然后勾选 “BUILD_SHARED_LIBS” 选项（如图），该变量用于指定是否生成动态库，如果想要生成动态库需要打勾 。这里建议生成动态链接库，默认情况下是静态链接库。

勾选 “FFTW” 相关选项（如图）；

然后继续点击“configure”进行编译。
PS：此处我们没选CUFFTW选项，所以Configure时会报错，且编译失败，（个人实验了下，选上此项，编译还是失败，不明白原因，所以还是保持不选吧，下面用其他办法修复），我们可以通过输入FFTW的相关文件地址，参考以下这张图片进行输入，仔细对比，文件名字很相似：

设置好后再点击Configure，编译后遇到红色的项目就再次编译，别慌。
（5）期间会提示编译完成，但是还有红色选项，此时只需要再次点击“configure”按钮，直到完全没有红色选项视为编译结束。
（6）点击 “Generate” 按钮进行生成，当出现 Generaing done 时，此时关闭 CMake 即可。

（7）使用 Visual Studio 生成 ITK 库文件
完成后点击 “Open Project” 按钮，VS将自动启动并打开生成的项目。

PS：VS打开后，如果界面是空的也看不到文件夹，可以在视图中打开解决方案资源管理器，我好傻，以为前面编译的有问题，原来是不会用VS…

在VS中，鼠标单击选中 “ALL_BUILD” ，然后点击生成菜单中的 “生成ALL_BUILD” 进行生成，任务结束后会显示生成结束（如图），正常情况下没有失败项目，有错误的话就是前面Configure有问题，查不到原因就删除之前编译过程中产生的文件，从头再来。


接下来，选择 “INSTALL” ，然后在生成下拉菜单中选择 “仅用于项目”→“仅生成INSTALL”。结果为成功则生成结束。


（8）复制生成的dll文件到系统中
将库文件…\ITK\Bin\bin 和 …\ITK\Build\bin\Debug 下的所有 .dll 文件复制粘贴到 C:\Windows\System32 和 C:\Windows\SysWOW64 目录下（相同的替换即可），Debug中需要搜索.dll项目，有一半是其扩展项目，不用复制过去。
（9）配置环境变量
在“高级系统设置”的“系统变量”的path中添加Build文件夹的地址，如图所示。

ITK安装结束

7、安装RTK

（1）与ITK安装方式相似，先对下载好的RTK压缩包解压，然后在合适的位置建立后续需要的文件夹。对于RTK只需要建立一个Build即可：

（2）打开CMake，选择自己的文件路径，然后点击“configure”进行编译。

（3）这里如果报错，编译失败，”则将下图白色框中的路径地址修改为Build所在的地址，如果没报错，则忽略此步，继续编译直到红色消失。


（4）编译完成后点击 “Generate” 生成。

（5）点击 “Open Project” 按钮，自动打开VS，依然像先前ITK那样生成 “ALL_BUILD” 。
显示全部成功则结束

（6）此时，可以选择一个项目进行测试；
例如测试 rtkfdktest ，选中项目名，右键选择 “设为启动项目” ，然后点击 “本地Windows调试器” 。正常情况下是这样子的：

但是实际第一次实验的时候，我遇到了报错，显示找不到文件libfftw3-3.dll，可通过以下方式修复：
可以看到这个文件是FFTW的，所以到FFTW文件夹下找到该文件，将其复制到windows下的syswow64文件夹中，在重新运行以上例子，就可以啦！！！
这里参考了两个博客内容，第一个是讲了这么做的原理，第二个是提供了复制文件的具体方式和思路：
参考网页1
参考网页2

至此，所有配置完成。