伍心的专栏

原创 005:VTK世界坐标系中的相机和物体

VTK中vtkCamera类对应右图中的相机，可以通过vtkCamera来设置相机在世界坐标系中的位置，焦点（对准三维坐标系中的那个位置），相机的正方向，相机的最近和最远裁减平面（在最近和最远平面内的物体才会被渲染）等；三维坐标系中的物体，对于目前我们的例子来说就是要渲染显示的DICOM图像，也就是存储在vtkImageData中的数据，通过vtkImageData origin参数可以设置其在三维坐标系中的位置，当然也可以通过旋转矩阵对vtkImageData的数据进行旋转或平移。

原创 004: VTK读入数据---vtkImageData详细说明

对于医学图像来说，vtkImageData是使用频率非常高的类，因为医学图像通常为较为规则的矩形或容积类型（三维），而vtkImageData类主要就是用于存储此类数据的，vtk中相关算法（比如阈值、缩放等）的输入和输出也是vtkImageData类，熟练掌握vtkImageData类非常重要。

原创 003: Visual Studio 配置 VTK 开发环境的方法与比较

介绍了两种再项目中配置VTK的方法，其实严格来说就是一种方法，不过相比较而言，第二种方法导出props文件后，后面所有要使用VTK的项目，直接通过属性框导入props文件即可，不用在去费劲添加路径和lib文件，想比较而言，更加的方便快捷。

原创 002：显示DICOM图像（替换掉 vtkImageViewer2 ）

在第000章节VTK的安装中，我们运行了第一个例子，来显示DICOM图像，从而让我们可以快速的看到输入、输出和交互，建立学习兴趣，在该例子中使用vtkImageViewer2来显示DICOM图像，在实际开发中我们基本不会用vtkImageViewer2，因为该类对很多内容进行了封装，使用起来不够灵活，同时也使得我们无法深入理解如何来显示一张DICOM 图像，从这一章开始，我们将完整的熟悉VTK的渲染管线。

原创 001：VTK的学习资料与方法

本节主要介绍学习VTK的一些资料和学习方法，仅供参考，可以根据自己的实际情况来调整。学习资料主要以VTK官网提供的资料为主，不管对于入门还是深入研究都足够了；

原创 000：VTK的安装（VTK 编译 + 运行第一个例子）

VTK-医学图像处理，主要基于VTK来显示医学图像，并进行必要的处理。在显示医学图像的过程中讲解背后的计算机图形学知识，理解VTK背后的行为基础。本节为该系列文章的第一节，主要是VTK的编译和配置。

原创 VTK: 转化DICOM ST 数据为vtkPolyData显示

放疗的靶区等勾画数据通常会存储为DICOM-RT文件，该文件通常存储勾画点坐标数据。新的需要中DICOM-RT中存储了一个固定模版，需要进行3D打印，因此需要对其格式进行转化，以便进行三维渲染、编辑、保存和打印功能。

原创 003：D2D 性能测试-绘制不同对象的帧率变化

D2D性能测试，目的是了解D2D特性，为后续系统设计确定技术路线。主要对D2D绘制不同对方的速度进行测试，测试的对象包括：图像、文本、椭圆和矩形，测试绘制不同对象对帧率的影响。测试结果表明：以帧率下降速度最快排列，绘制文本帧率下降最快，其次是椭圆、矩形，影响最小的是图像。

原创 002：CWnd类中采用D2D绘制，并测试帧率

在001中，D2D绘制的代码直接放在了对话框类中，实际使用过程中，通常是继承CWnd来实现显示窗口，因此本例子实现在CWnd子类中采用D2D进行绘制，并测试FPS，后续会与GDI和GDI+的绘制帧率进行对比。

原创 001：你好Direct 2D! 在对话框中初次使用D2D

​对于如何提高2D的绘制效率，一直在进行着尝试。基于OpenGL的纹理贴出做过一些二维图像处理的工作，但相对麻烦些，需要由GDI/GDI+绘制后，在贴出去，麻烦，且由于OpenGL停止了更新，不支持多线程等原因，慢慢的继续做下去的动力就不足。无意间看到MSDN中关于Direct 2D的结论（现有GDI代码将继续在 Windows 7 下正常工作。 但是，编写新的图形呈现代码时，应考虑Direct2D，因为它更好地利用新式 GPU。），故而打算写一序列的博客，记录下学习和测试Direct2D编程和性

原创 DCMTK findscu 查询信息

使用DCMTK提供的可执行文件中的findscu，查询服务端的患者的影像数据信息。

原创 微血管血流速度标注

舌下与结膜微血管血流速度检测是药物反应和疾病诊断的重要指证，但由于红细胞族之间的间隔随着血流的流动会发生聚合或分离，导致在序列时空图象上血流速度检测的困难，拟采用深度学习方法，在序列时空图象上准确检测微血管血流速度。由于现有的软件进行标注不方便、效率低，所以自己开发了个小的标注软件。采用C#编写。......

原创 从源码 编译 Conquest DICOM software 1.5.0b，并汉化

Conquest DICOM Server是开源的服务端程序，可用于DICOM通讯的验证和作为自用的图像归档系统，来收集和存储数据。其界面用delphi开发，调用C++开发的DICOM解析库和服务进程来实现其功能。

原创 VTK:自定义直线和椭圆工具

摘要： VTK没有提供椭圆工具，所以自己写了个绘制二维椭圆的类，随便也把直线工具也重新写了下。

原创 VTK:去除阈值分割中的小的连通区域-噪点去除

目的：阈值分割的结果中，通常包含有很多小的、孤立的区域，这些小的区域采用手动方式去除比较耗时，可通过三维连通区域，计算各个连通区域的大小，然后将小于一定阈值的区域去掉。基于vtkImageConnectivityFilter类实现。性能：512*512*400的数据，连通域计算无法达到实时； 512*512*400的数据中的肺动脉，经过三维裁剪，可以达到实时的效果。若果要提高到2S内，需要改进vtkImageConnectivityFilter中的算法。...

原创 VTK三维裁剪：体绘制任意裁剪 和面绘制任意裁剪(对vtkImageData和vtkPolyData进行裁剪)

在体绘制和面绘制中，经常需要对非感兴趣部位进行裁减，以减少遮挡等。目前实现了两种方法：第一种方法速度比较慢；第二种方法可以达到实时；详细见参考文献。详细内容后面整理，先记录下。一、体绘制裁减二、面绘制进行裁减参考：https://blog.csdn.net/a15005784320/article/details/119204925 https://blog.csdn.net/gorecording/article/details/83781923htt...

原创 VTK: 选取区域裁剪（vtkAreaPicker + vtkInteractorStyleRubberBandPick ）

简介：1、vtkAreaPicker：获取裁剪平面2、vtkClipClosedSurface：完成裁剪完成代码：#include <vtkActor.h>#include <vtkAreaPicker.h>#include <vtkDataSetMapper.h>#include <vtkDataSetSurfaceFilter.h>#include <vtkExtractPolyDataGeometry.h>.

原创 VTK: 选取区域（vtkAreaPicker + vtkInteractorStyleRubberBandPick ）

目的：显示对直接体绘制和网格数据的任意裁剪。根据VTK官网的例子，显示了下面的矩形区域选取。下一步实现任意区域的选取与裁剪。VTK官网例子：https://kitware.github.io/vtk-examples/site/Cxx/Picking/HighlightSelection/注意：按下键盘< r >进行模式切换，#include <vtkActor.h>#include <vtkAreaPicker.h>#include &l.

原创 VTK: vtkImageData 转 vtkPolyData

简介：勾画的数据通常带有多个标签（多个组织），以vtkImageData存储，用vtkDiscreteMarchingCubes 可以将其转化为网格数据vtkPolyData。下图为转化的效果。详见代码，内有注释 vtkImageData* pMaskData = m_pMaskImage->GetSrcMaskData(mLabel); double origin[3]; pMaskData->GetOrigin(origin); pMaskData..

原创 VTK小结：展示勾画-STL转Mask-Mask转STL-勾画

原创 VTK: vtkPolyData 裁剪（1）

熟悉vtkClipClosedSurface 对vtkPolyData 进行裁剪；重点在于如何构建裁剪平面，需要注意的是裁剪平面的法向量指向的会被保留，其它会被裁剪掉。难点就是如何构建重建平面组合；

原创 VTK: STL (vtkPolyData) 转 Mask（vtkImageData）

项目中需要将分割结果的STL转换成Mask，以方便用户对其进行必要的调整。vtkPolyData 转vtkImageData 的方法见VTK官网中有相关的例子。需要注意的几点：1、转换后结果的数据类型和参考数据相同，如下代码中的maskImage；2、 vtkPolyData 的数据原点（mask转polydata时）与maskImage必须相同；void Stl2Mask(){ double spacing[3] = {0.71875,0.71875,1.0}; do..

原创 VTK 灰度图像转RGB（非渲染）：vtkWindowLevelLookupTable/vtkLookupTable/vtkImageMapToWindowLevelColors

简介：系统中提取读取序列图像中的一张，用VTK将灰度图像转换为GRB，然后用GDI+绘图。懒得直接做颜色查找表，直接用VTK中的vtkWindowLevelLookupTable/vtkLookupTable/vtkImageMapToWindowLevelColors，可完成灰度到RGB的转换。保存为RGB的文件如上图，代码如下：void Gray2ColorImg(){ m_Origin[0] = -m_Dim[0] * m_Spacing[0] * 0.5; m_Origin[..

原创 VTK生成直方图：vtkImageHistogram

简介：统计三维数据的直方图，用于作为阈值分割或直接体绘制的背景，指示用户进行调节。对于灰度图像，使用vtkImageHistogram就够了。SetHistogramImageScaleToLog() 结果SetHistogramImageScaleToLinear(); 结果SetHistogramImageScaleToSqrt() 结果代码：void ImageHistogram(){ m_Origin[0] = -m_Dim[0] * m_S...

原创 VTK感兴趣勾画 方式二： vtkTexture实现

优点：可实现任意多个不同组织（不同颜色和不透明度）的勾画；缺点：感觉速度还需要再优化下

原创 VTK 项目一：MPR和STL+感兴趣勾画

简介：用MFC做的简单的MPR实现和STL三维显示，MPR用vtkImageActor实现，特点就是简单，后续增加STL转掩码体数据，并实现编辑。后面慢慢贴出代码。

原创 VTK感兴趣勾画 方式一： vtkImageMask实现

使用vtkImageMask 实现

原创 (二) ICP配准方法存在的问题

简介：加深对ICP配准方法存在问题的理解。通过改变初始位置，直观的感受ICP算法对点云初始位置的依懒性；另外观察存在较多冗余信息是ICP配准的精度。存在问题：1、容易陷入局部最优解，可通过改变点云初始位置进行改善。图1 初始位置差异较大时，ICP的配准结果图2 改变初始位置后，ICP的配准结果2、存在较多冗余信息时，IPC配准精度不高整个牙冠在高度上扔没对齐，切牙区最为明显...

转载 （二）三维点坐标求解最优平面

(50条消息) 三维点坐标求解最优平面（法向量）_LucasZhang‘s Blog-CSDN博客

原创 （一）PCL库 ICP配准

简介：通过ICP配准，对齐CBCT提取牙齿与口内扫描获取牙冠，结果失败。原因：可能是因为两者重叠点云数据少，而不重叠部分过多，待后续分析。1、CBCT提取牙齿 与口内扫描获取数据在同坐标系下显示2、PCL库调用ICP进行配准void registCTInteroral(){ char strST[256] = "E:\\CBCT\\lower.ply"; char strCT[256] = "E:\\CBCT\\lower-CT.ply"; pcl::Po.

原创 (一) 分割得到的掩码数据转换为点云数据

简介：对分割得到的牙齿掩码数据进行转换，转换采用VTK 实现，将掩码转换为PCL可以读取的PLY格式，以进行后续处理。1、掩码数据：采用深度学习方法对CBCT中的牙齿进行提取，结果保存为分析格式（hdr,img）；2、将下颌中的牙齿掩码数据，转换为点云的PLY格式，采用VTK读取数据，并根据下颌牙齿掩码值进行提取，然后用vtkMarchingCubes提取表面，并保存为PLY格式； vtkMarchingCubes* marchingCubes = vtkMarchingCubes::N.

原创 （一）VTK 转换 STL 为 PLY 格式，PCL读取PLY格式

简介：由于PLY1.12版本IO模块提供了PCD和PLY两种格式的读取接口，因此需要用VTK进行格式转换，完成STL到PLY格式的转换，或掩码图像到PLY格式的转换，然后用PCL进行读取并进行处理。1、VTK 将STL转换为 PLY格式void stl2ply(){ std::string filename = "P:\\CBCT\\tooth\\upper.stl"; vtkSmartPointer<vtkSTLReader> reader = vtkSmartPoint

转载 （一）PLY 文件格式

PLY FormatPLY or Stanford Polygon format defines a flexible and systematic scheme for storing graphical objects that are described as a collection of polygons. A ".PLY" file is composed of 3 main mandatory sections plus optional ones thereafter. The firs

原创 （一）PCL 1.12 + VS2019 环境配置

最近开始做口腔点云数据处理相关的工作，需要把CBCT数据中的结构转换为点云，因此选择了PCL，PCL在windows下环境的配置已经很简单了，直接安装配置即可使用，这里只对安装过程中遇到的问题和小技巧记录下来。 1、PCL1.12的安装过程可参考链接：(55条消息) PCL安装与配置（Windows10+VS2017 ）_syz201558503103的博客-CSDN博客_pcl启动器。 2、安装完成后，需要去安装目录的 <PCL 1.12.0\3rdPart...

原创 原始数据到CT值的转换

用从DICOM文件中读取的rescaleslope值和rescale intercept值可以将每个像素的灰度值转换成CT值。Hu=pixel_val*rescale_slope+rescale_intercept;pixel_val是第i个像素的灰度值Hu是第i个像素的CT值CT 图象的CT 值反映组织对X 射线吸收值（衰减系数u），其单位为H

原创 RTK-fast circular cone-beam CT reconstruction 在Windows 系统下的编译

FFTW3.3.5 在Windows 下的安装1.下载FFTW，官网地址：http://www.fftw.org/；在Download页面，选择：Go here for Windows.分别下载32和64版本。2.生成lib文件，

转载 DCMTK 时间段查询

StudyDate[16];                // （0008，0020）DA 检查日期        字串     格式：YYYYMMDD    示例：20140506Dates and times use Range Matching, so for all dates after and including 2000-01-01 the syntax is "2

原创 封装OpenGL渲染为DLL，C#做UI显示

C# 环境下OpenGL的渲染，有很多的开源库，如：The Tao Framework+.net、SharpGL、opengl4csharp、OpenGL.Net、CSharpGL等等，大体都是将OpenGL的API函数以DLL的方式引入，在进行封装，使得上手很快，对于普通的渲染来说，足够了，但对于像体渲染这样比较耗时的渲染来讲，我更喜欢直接将渲染部分封装到C/C++的DLL中，C#只负责显示；

原创 基于DCMTK和OpenCV的DR图像拼接

DR 图像拼接      基于DCMTK和OpenCV做的一个医学图像拼接模块，记录下：详细拼接流程后续补上。下肢：图像张数：4； 图像大小：1984*2492； 数据位数：16bit；平均拼接速度4秒左右（初略统计）拼接结果DICOM文件用三方软件（RadiAnt DICOM Viewer）打开躯干部位：

原创 The Reconstruction Toolkit (RTK) 编译

VS命令行到解压目录：