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RSS订阅转载 lammps计算应力
lammps计算应力lammps计算的应力有两种：1.体系整体的应力状态通过在thermo_style custom里加上pxx pyy pzz pxy pxz pyz字段可将给定时间步（由thermo N命令所指定）的体系应力值输出，再求时间平均即可（实际上求出的是压强张量，即负的应力值）； 该应力的计算用的是统计力学里的Virial定理（参见<> by Allen & Tildesley），所算出来的应力与宏观应力是一致的（强调一下，用于平衡态）；compute 1 all
2021-12-23 16:05:04
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转载 球谐函数
球谐函数最近在看识别冰核的方法，球谐函数的概念搞不清楚，搜寻到这位知乎答主 @浦夜 写的很平易近人，特来分享。尽量不用各种术语来讲清楚SH（Spherical Harmonics）系数，以及SH在简单光照描述上的应用。 科普向。SH，球谐函数，归根到底只是一组基函数，至于这组基函数是怎么来的，不管他。其实学过泰勒展开和傅里叶变换的话，对基函数应该是非常了解的。比如多项式基函数：…比如三角函数基函数：…或者也可以随便乱写一个基函数：…有了基函数，就可以把任意一个函数，描述成几个基
2021-02-24 15:24:24
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原创 compute command 理解（持续更新）
compute chunk/atom commandcompute chunk/atom commandcompute ID group-ID chunk/atom style args keyword valueschunk/atom commond 将一个group划分成多个chunk（数据块），以供其他计算使用。这条命令做了两件事。设置chunk的数量（多少），数量可以是常数也可以是随时间变化的量。通过chunk ID 将每一个原子都分配到某个chunk中。Chunk ID 是从1到N
2021-01-07 10:57:13
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转载 NVT和minimize问题
NVT和minimize1、NVT弛豫之前需不需要minimize当然需要!! minimization的主要作用是消除原子间的 overlap, 不做其他的事情.2、用NVT弛豫是不是就是fix NVT然后run一段时间，直到势能和总能在某一个值上下波动，即平衡？对的.只需要看总能量就可以了, 因为N和T是定值, 那么kinetic energy是定值, 所以势能和总能是一个概念了.3、给定初始速度应该在哪里给定，minimize之前，还是minimize与fix NVT之间，还是别的?还有关
2020-06-26 19:16:26
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转载 关于minimize跟驰豫的问题
minimize跟驰豫不要把minimize跟驰豫同等概念而言.大家在用LAMMPS时minimize的命令都会用到的, 一般是用来最优化初始构型, 保证初始构型的势能最优化.LAMMPS中minimize是一个跟速度(温度)无关的命令,也就是说可以认为此命令只是通过调节分子间位置来获得一个局部势能最小态的构型. 如果此时体系的温度正好又是0K, 那么可以认为此时用minimize获得的局部势能最小态就是全局势能最小态. 所以你想在LAMMPS中获得一个体系全局势能最低的初始构型体系,那么先用ve
2020-06-24 09:18:38
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空空如也
空空如也
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