compute command 理解(持续更新)

compute chunk/atom command

compute chunk/atom command
compute ID group-ID chunk/atom style args keyword values

chunk/atom command 将一个group中的atom划分成多个chunk(数据块),以供其他计算使用。所以是chunk/atom。
这条命令做了两件事。

  1. 设置chunk的数量(多少),数量可以是常数也可以是随时间变化的量。
  2. 通过chunk ID 将每一个原子都分配到某个chunk中。Chunk ID 是从1到N。有些chunk可能未分配原子;而有些原子未分配到chunk中则被标记为0。不一定同时存在这种问题。

Ouput info:计算每个原子的矢量,可以被任何使用每个原子值作为计算输入的命令访问。
命令基本是搭配其他命令使用,比如计算密度时的fix ave/chunk等。

fix ave/chunk command

fix ave/chunk command
fix ID group-ID ave/chunk Nevery Nrepeat Nfreq chunkID value1 value2 ... keyword args …

ave/chunk comnand 是在较长的时间段内计算了每一个chunk的平均值。

  1. 每隔一定的时间步(Nevery),将此时间步的原子向量作为输入;
  2. 在此时间步上对每个chunk内原子的值求和;
  3. 在较长的时间尺度上进行平均(Nfreq)。

结果可以file文件形式输出。
fix ave/chunk计算的全局数组可以通过output command输出。

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