NVT和minimize问题

NVT和minimize

1、NVT弛豫之前需不需要minimize

当然需要!! minimization的主要作用是消除原子间的 overlap, 不做其他的事情.

2、用NVT弛豫是不是就是fix NVT然后run一段时间，直到势能和总能在某一个值上下波动，即平衡？

对的.

只需要看总能量就可以了, 因为N和T是定值, 那么kinetic energy是定值, 所以势能和总能是一个概念了.

3、给定初始速度应该在哪里给定，minimize之前，还是minimize与fix NVT之间，还是别的?还有关于velocity命令的迷惑，velocity create XX seed（自己随便写还是用别的方法产生）temp temp_compute（这个计算的温度和前面的XX问题有什么区别，它对于velocity这个命令到底有什么作用）

参见 1. 回答. minimization 不需要你初速度的信息, 所以放哪里都无所谓, 你可以尝试的. 便于理解的话, 你就这样放在minize后面好了.

velocity的问题, 手册讲得很清楚了, 再去读一下吧.

4、为什么我fix NVT之后，跑了很长时间还是无法达到我指定的温度，比如

fix NVT 293.0 293.0 5 drag 0.2

显然你需要找到一个优化值, 而不是就用0.2, 参见这个帖子:

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2435901&fpage=1

虽然fix NVT 用的是Nose-Hoover 和 berendsen thermostat 实现方法上有些不同, 但是基本的道理还是一样的.