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RSS订阅原创 import旧版本的scanpy1.8是TypeError
为了能将scanpy的h5ad文件和seurat的sce文件互相转换，因为有些包只能在R里使用，所以得使用scdior,，这要控制scanpy的版本，我选择了scanpy1.8.1，官网还要控制seurat的版本。总之，scanpy=1.8.1需要pandas=1.5.3，numpy=1.23.5，matplotlib=3.6.2。先把matplotlib降到3.7版本以下，我选的是3.6，conda实际安装的是3.6.2。再按照上面的重新安装matplotlib以及scanpy。
2024-06-02 18:23:38
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原创 在Rstudio里quarto的渲染结果直接跳转到游览器，没有在viewer界面打开
首先确保Rstudio已经更新到最新版，我用的是2023年12月的版本。点开后，点击preview in viewer pane即可。那么直接点击qmd文件下的设置。
2024-03-10 10:56:59
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原创 R语言建立SVM分类模型，并画ROC曲线，标注AUC值
本文介绍了用R语言进行支持向量机的一些方法和心得，包括本人遇到的坑比如什么不是numeric所以出不来结果，目前来看应该是可以通过本文介绍的方法来解决，如果本文存在什么问题，也希望大家能评论指出，共同进步。另外这是本人第一次用编程来画图，ROC曲线的一些参数还不是很清楚，也请了解的人能多多指教，感谢！
2023-10-13 16:21:19
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原创 R语言 TCGA肿瘤临床TNM分期转化为l,ll,lll,lV的批量处理方法
在处理TCGA临床数据时，会碰到临床分期显示TNM的样式，很不方便进行分组处理，通过一些简单的函数组合可以实现将TNM分期转为l,ll,lll,lV分期，以下为我的近乎原创的以TCGA乳腺癌临床分期为例的代码，毕竟函数还是要用已有的。下面这段代码是我近乎原创的用于将TNM分期批量转为l,ll,lll,lV期。删除字符串中的括号及其内的字符，且删除后在括号位置没有空格。修饰临床阶段数据，便于替换TNM分期。先进行临床分期的预处理。
2023-09-27 16:06:29
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原创 R语言 生信 TCGA以三阴乳腺癌为例获得癌与癌旁一一匹配的临床样本
代码近乎我完全原创，大部分是我逐个试错得到的，但是后来发现与我的需求相反，所以放到网上，用以记录，便于有需求时查询。首先是获得基因表达矩阵和临床信息也就是表型。接下来的操作是获得癌与癌旁患者ID样本一一对应的临床信息，之后也可获得相应的表达矩阵进行后续分析。然后筛选三阴乳腺癌的临床表型。
2023-09-26 16:37:28
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原创 R语言 生信 TCGA准备，TCGAbiolinks包安装存在的问题
这是或许需要重启Rstudio就可以成功安装之前删除的dbplyr以及data.table这两个包了。这里按照R提示的把相应的包删除，我要删除的是dbplyr,data.table这两个包。三个R包：TCGAbiolinks，RTCGA，gdcRNAtools。若显示版本，则下载成功，之后可能出现再Rstudio里不显示的问题。删除后再加载TCGAbiolinks就会再R包界面出现该包了。不过我目前加载TCGAbiolinks时依然会有提示说。方便平台：Xena，第三方处理的，可能存在更新不及时。
2023-09-22 15:07:16
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原创 R语言使用git以及Rmarkdown
下一步打开Rstudio，点击Tools,再点Global Options，里面的Terminal，在New terminals open with里换位git bash，再点apply就可以了。然后关闭左下角的Terminal后再点，左上角View里的Move focus to terminal来重新打开Terminal，在这里出现$就说明成功了。接下来是git的安装以及Rmarkdown在Rstudio里的使用。然后就默认安装就可，只是记住在最后点允许第三方就行。在搜索网址。
2023-09-22 12:26:13
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原创 R语言复现一篇2012年生物网络标志物的文献（5）
该文献的题目是：Identifying disease genes and module biomarkers by differential interactions本文受益于R的开源，受限于本人的能力和水平，也没有在github等平台上找到作者的代码，故通过综合各种信息写了这些代码，至少我自己用R最新版是能跑出来的
2023-09-11 21:19:12
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原创 R语言复现一篇2012年生物网络标志物的文献（4）
该文献的题目是：Identifying disease genes and module biomarkers by differential interactions本文受益于R的开源，受限于本人的能力和水平，也没有在github等平台上找到作者的代码，故通过综合各种信息写了这些代码，至少我自己用R最新版是能跑出来的
2023-09-11 21:16:01
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原创 R语言复现一篇2012年生物网络标志物的文献（3）
该文献的题目是：Identifying disease genes and module biomarkers by differential interactions本文受益于R的开源，受限于本人的能力和水平，也没有在github等平台上找到作者的代码，故通过综合各种信息写了这些代码，至少我自己用R最新版是能跑出来的。
2023-09-11 21:06:21
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原创 R语言复现一篇2012年网络生物标志物的文献（2）
该文献的题目是：Identifying disease genes and module biomarkers by differential interactions本文受益于R的开源，受限于本人的能力和水平，也没有在github等平台上找到作者的代码，故通过综合各种信息写了这些代码，至少我自己用R最新版是能跑出来的。
2023-09-11 21:03:27
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原创 R语言复现一篇2012年网络生物标志物的文献（1）
本文受益于R的开源，受限于本人的能力和水平，也没有在github等平台上找到作者的代码，故通过综合各种信息写了这些代码，至少我自己用R最新版是能跑出来的。
2023-09-11 20:55:45
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空空如也
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