安装omicverse

这个是在Python中使用的生信整合分析包

https://omicverse.readthedocs.io/en/stable/Installation_guild/

但按官网安装总是不成功，不是在solve enviornment时不停打转，要么就是各种warning，还有直接不成功的(注：我的python版本是3.9)

之后发现了别人的经验然后接着我之前安装的成功了。

首先还是在服务器的conda上要建虚拟环境，然后还要安装pytorch，这个问题都不大。

然后就是下面这个代码

pip install omicverse -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/

然后就安装成功了

然后保险起见按照下面参考的经验也安装了torch-geometric

pip install torch-geometric

https://zhuanlan.zhihu.com/p/669796254

在用服务器节点运行的import结果如下

print(f'omicverse version: {ov.__version__}')

在使用时比如

adata1.obsm['X_made'] = ov.utils.mde(adata1.obsm['X_pca_harmony'])
ov.utils.embedding(adata1,
                   basis = 'X_made',
                   color = ['leiden_res1'],
                   title = ['Clusters'],
                   palette = ov.palette()[:],
                   show = False, frameon = 'small')

会要求pip install pymde，安装即可