R语言 生信 TCGA准备，TCGAbiolinks包安装存在的问题

官方平台：gdc-client

方便平台：Xena，第三方处理的，可能存在更新不及时

三个R包：TCGAbiolinks，RTCGA，gdcRNAtools

gdc-client软件安装教程使用官方gdc-client软件下载TCGA数据 - 知乎 (zhihu.com)

TCGAbiolinks包使用教程TCGA数据下载—TCGAbiolinks包参数详解 - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)

Warning: package(s) not installed when version(s) same as or greater than
  current; use `force = TRUE` to re-install: 'TCGAbiolinks'

按照上面的说明

BiocManager::install('TCGAbiolinks',force = TRUE)

大概率成功，通过下面这句代码查看是否下载成功

packageVersion("TCGAbiolinks")

若显示版本，则下载成功，之后可能出现再Rstudio里不显示的问题

通过加载R包来获得提示

会提示说某些包什么S3之类的如下

Registered S3 methods overwritten by 'dbplyr':   method         from   print.tbl_lazy        print.tbl_sql       Registered S3 method overwritten by 'data.table':   method           from   print.data.table     

这里按照R提示的把相应的包删除，我要删除的是dbplyr,data.table这两个包

删除后再加载TCGAbiolinks就会再R包界面出现该包了

这是或许需要重启Rstudio就可以成功安装之前删除的dbplyr以及data.table这两个包了

不过我目前加载TCGAbiolinks时依然会有提示说

Registered S3 methods overwritten by 'dbplyr':
  method         from
  print.tbl_lazy     
  print.tbl_sql      
Registered S3 method overwritten by 'data.table':
  method           from
  print.data.table  

之后会试是否在使用中存在问题