保姆级教程 | 输出原子轨迹

背景

由于老板要求的合作需要，现根据lammps运行得到的3792个粒子中33个粒子在2500帧的运行过程中的轨迹路径，效果图如下：

步骤

 1. 运行lammps，输出所有粒子的xyz坐标（eq2.xyz）

2. 写一个Fortran/Python程序，遍历2500帧中每一帧的3792个粒子的xyz坐标，并赋值给pos

说一下这个程序的思路：

origin中作图：第一列是帧数，第二三四列是第一个粒子在对应帧数下的xyz坐标，第五六七列是第二个粒子在对应帧数下的xyz坐标，以此类推，获得1+3*33=100列数据

程序需要将步骤1里的xyz坐标首先按目标粒子分类，继而将每一帧中目标粒子的坐标放置在一行即可（我这里需要的就是每一帧的pos02的xyz值）

关于如何不换行输出，可以参见这篇帖子：Fortran中write语句中不换行命令

3. 将步骤2中获得的坐标文件进行后处理（Cl.xyz）

① sz Cl.xyz   将目标文件从服务器上下载到本地

② 用notepad++打开目标文件，将第一行的空行删去

③ ctrl+a和ctrl+c   复制所有数据到origin中（第一列空下）

④ 第一列填入1，2，3，4，5，选中后点击右下角黑框即自动补充（这一列代表帧数，也可以不补~）

⑤ 将第二列往后根据xyz性质修改成对应的坐标轴名（这一步比较繁琐，千万别出错）

⑥ 选中从第二列往后的所有数据，绘图-3D-散点图。之后修改颜色、横纵坐标范围、字体字号等即可

⑦ 使用不同颜色的标记，就可以显示出某一个粒子在2500帧内的大致运动轨迹（方向）倾向了