保姆级教程 | Linux中grep命令使用 & 分子动力学轨迹文件输出特定原子电荷值

背景

由于课题需要，现根据lammps运行得到的轨迹需要提取出目标原子的电荷值

步骤

思路

首先确定目标原子在轨迹中的序号（lammps每个原子都有自己独立的【分子号+原子号】）
其次要十分清楚体系中的分子号排序方式，然后只要筛选出目标原子的编号即可知道电荷值

1. 进入目标文件夹（conp-04_2V-02）

2. 确定目标原子序号：

vi lm-conp-0V.inp

查看阴阳离子数和气体个数，进行求和，记为A：106*2+32

其中，type里最后一位代表金属原子（我们的目标原子），记为B：21

不放心的话，可以查看最后一帧输出的data文件，序号仍为21

vi res.002

3. 输出最后一帧里目标原子的电荷值：

（如果lammps输出的data文件轨迹部分的原子序号没有按从小到大的排列的情况：） 

grep "A+1 B" res.002

 grep是linux中的提取命令，使用格式参考：linux命令查询某个条件的前10行

"A+1 B" 的格式是熟知res.002中轨迹格式后的总结

第一次获得的第一列数值记为C：5095

再取A+3输出一次，第一列数值记为D：6102

（两次是因为有上下两个极板，A+3是熟知原子序号的叠加方式后的总结，A和A+3都是目标原子所在的分子号，B是目标原子的原子号）

4. 如果是课题需要，建议使用目标原子电荷值的均值（虽然目前体系也处于平衡态，但个别数据存在波动性而不具备代表性）

在运行过程中，mote.charge文件存放了每一帧内所有原子的电荷值

grep "C " mote.charge | tail -n 120

这里注意：C后面有个空格（否则重复的太多了）

tail指的是输出mote.charge尾部的数据，如果是头部的话用head

这段命令意义：输出mote.charge中满足条件（""）的尾部120行数据到屏幕上，如果需要放到文件put.txt里，可以用下面的命令：

grep "C " mote.charge | tail -n 120 > put.txt

 

 第一列为原子序号值，然后三列为原子的xyz值，最后一列是电荷值

将最后一列拷贝到Excel里，数据-分列-完成，删除杂乱的内容，数据-筛选（核查原子序号是否都是满足条件的），求和后取均值即可

（没删干净：）

（删干净了：）

5. 最后一帧和求均值的结果对比：（求均值更可靠）

6.把数据导入origin中：