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RSS订阅原创 将 paired count 和unpaired count 相加
尝试 count-based 算表达量过后，因为在map这一步一直是把过滤过后的paired 和unpaired reads 一起做的，后面count的时候就要出问题。发现可以用 samtools 从 bam 里分出来，于是就分开count，最后把reads 数相加。在用DESeq什么的。首先，记下 samtools 命令samtools view -bf -1 all.bam > pa
2015-08-31 13:02:59
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原创 python 提取文件指定列
之前用featureCount 处理得到结果，要提出第一列gene_id 和 readcount 列，首先软件输出的第一行默认是你使用的命令行，没有用，用bash批量删掉。for i in `ls`;do sed -i '1d' $i;done删除当前文件夹下所有文件第一行。其实提出两列很简单，不过我受够了每次一个文件执行一次的烦。想搞成别的程序调用时命令行参数直接就行。第一次知道sy
2015-08-26 21:53:37
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原创 超算上安装python+HTSeq+numpy+easy_install
之前用tophat+cufflinks 算了RNA-seq差异表达，想用DESeq试下。查的protocol是要用HTSeq处理map的结果，也就是count reads。但是HTSeq是一个python的包，需要numpy，没有root权限，半天搞不好。记录下：1.下载HTSeq下载传到主机上，python setup.py build 出错。2.直接非root权限安装一个p
2015-08-25 13:47:34
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原创 统计个数
in 文件每行有三列，tab分隔，统计最后一列每个字符出现的字数，其实是数字，但是当作字符处理。没什么问题，主要是最后想要对dict 按key值排序出了问题，python3 的dict不能用sort 什么的，最后也只能搞成按字符排序，而不是按key的数值排序。摘抄一段python 文档>>> # regular unsorted dictionary>>> d = {'banana'
2015-08-20 15:34:21
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原创 Counting Point Mutations
ProblemFigure 2. The Hamming distance between these two strings is 7. Mismatched symbols are colored red.Given two strings and of equal length, the Hamming distance between and ,
2015-08-19 22:43:19
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转载 vi的复制粘贴命令
vi编辑器有3种模式：命令模式、输入模式、末行模式。掌握这三种模式十分重要： 命令模式：vi启动后默认进入的是命令模式，从这个模式使用命令可以切换到另外两种模式，同时无论在任何模式下只要按一下[Esc]键都可以返回命令模式。在命令模式中输入字幕“i”就可以进入vi的输入模式编辑文件。 输入模式：在这个模式中我们可以编辑、修改、输入等编辑工作，在编辑器最后一行显示一个“--INS
2015-08-09 13:29:06
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原创 Computing GC Content
ProblemThe GC-content of a DNA string is given by the percentage of symbols in the string that are 'C' or 'G'. For example, the GC-content of "AGCTATAG" is 37.5%. Note that the reverse complem
2015-08-08 00:32:47
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原创 Rabbits and Recurrence Relations
ProblemA sequence is an ordered collection of objects (usually numbers), which are allowed to repeat. Sequences can be finite or infinite. Two examples are the finite sequence (π,−2√,0,π) and
2015-07-29 09:27:59
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转载 树莓派 raspberry安全关机命令重启命令
树莓派可以通过下面几个命令来实现安全关机：sudo shutdown -h nowsudo haltsudo poweroffsudo init 0上面四行代码都可以，执行一行都可以安全关机, ^_^树莓派重启 定时重启方法：sudo rebootshutdown -r nowshutdown -r 04:00:00 #定时重启在凌晨四点关闭重启
2015-07-28 17:23:19
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原创 Raspberry vnc 连接
型号：B型红底的板子应该是国产的。芯片：BCM2835USB扩展：2储存卡：SD卡GPIO：26内存：512M之前在学校，通过交换器连上，ssh连接上装了系统。一直不知道怎么让树莓派连上互联网，然后安装软件因为学校的网需要认证。家里笔记本用无线了，需要：一根网线，笔记本，树莓派软件：putty，tightvnc第一步：笔记本连上无线，用网线将笔记
2015-07-28 16:47:25
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原创 Complementing a Strand of DNA
ProblemIn DNA strings, symbols 'A' and 'T' are complements of each other, as are 'C' and 'G'.The reverse complement of a DNA string is the string formed by reversing the symbols of ,
2015-07-27 17:06:56
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转载 17个新手常见Python运行时错误
当初学 Python 时，想要弄懂 Python 的错误信息的含义可能有点复杂。这里列出了常见的的一些让你程序 crash 的运行时错误。1）忘记在 if , elif , else , for , while , class ,def 声明末尾添加 ：（导致 “SyntaxError ：invalid syntax”）该错误将发生在类似如下代码中：?
2015-07-27 16:45:37
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原创 Transcribing DNA into RNA
Transcribing DNA into RNA第二题也很简单，不过python还是有很多细节要注意。比如string 是不可变数据类型，可见转载17个新手常见Python运行时错误file=open('rosalind_rna.txt','r');seq=file.read();leng=len(seq);for i in range(0,leng): if se
2015-07-21 21:16:02
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原创 Counting DNA Nucleotides
第一题很简单，但是没怎么用过python，一道题中还是学到很多。counting DNA nucleotidedna=open('rosalind_dna.txt','r');这只是一个句柄而已，需要read（）或者 readline() 读入文件内容。len(seq)定义dict 还好只有4个碱基，但是以后肯定会需要更方便的定义。d={'A':0,'C':0,'G':0,'T'
2015-07-10 10:50:21
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原创 codeforces #303 div2 A. Toy Cars
A. Toy Carstime limit per test1 secondmemory limit per test256 megabytesinputstandard inputoutputstandard outputLittle Susie, thanks to her older brother, likes
2015-05-23 00:09:20
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原创 php实现bwt 算法
<?php// super Jia's implementation of the BWT//2015年5月11日15:50:54$string=$_POST['string1'];$bwt_string=bwt($string);print"oringinal string:$string";echo"";echo"";print"after revert:$bwt_strin
2015-05-13 21:35:14
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原创 homework2
html+php+mysql使用网页对数据库的搜索和结果显示。html 里建立表单，action属性设为php文件，input 的name属性就是提交到php中的变量名。生物信息学homework1search student information by ID<form method="post" enctype="applicantion/x-www-fo
2015-04-01 22:14:40
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原创 生信作业php连接mysql，再比对两条序列（1）
生信的课后练习，发现助教留的代码很有问题，mysql插入表都有问题。 解决的第一部分是序列比对的东西，还是针对的序列本身，很简单，不过第一次用php写，贴上来。<?phpfunction gap_insert(&$str,$i,$length){ for($j=$length;$j>$i;$j--) { $str[$j]=$str[$j-1]; } $str[$i]='-';
2015-03-21 20:47:15
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原创 527A. Playing with Paper
A. Playing with Papertime limit per test2 secondsmemory limit per test256 megabytesinputstandard inputoutputstandard outputOne day Vasya was sitting on a not so interesting Maths lesson and making an
2015-03-20 12:21:26
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原创 practice1的一些问题
这次的数据处理，在开始之前就遇到不少问题。现在记录下来：首先是装几个软件，samtools需要make一下，但是都说是make一下，怎么是make一下呢。就是解压后，cd进入samtools文件夹，没有samtools这个可执行文件，然后输入make samtools 就这样。可能我比较脑残，弄了10多分钟才想出来。然后把samtools ,bowtie, bowtie-build, bo
2015-01-04 12:57:39
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原创 批量解压文件
.tar.gz 和 .tgz解压：tar zxvf FileName.tar.gz压缩：tar zcvf FileName.tar.gz DirName（如果是tar的就去掉z）得到好多个gz文件批量解压本来想在网上找的，但是自己yy的命令也可以用的find -maxdepth 1 -name "*.gz"|gunzip *.gz不过我觉得可能 gunzip *
2015-01-02 22:05:17
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原创 codeforces good bye 2014
A. New Year Transportationtime limit per test2 secondsmemory limit per test256 megabytesinputstandard inputoutputstandard outputNew Year is coming in Line World
2015-01-01 09:24:49
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原创 codeforces 498A crazy town
A. Crazy Towntime limit per test1 secondmemory limit per test256 megabytesinputstandard inputoutputstandard outputCrazy Town is a plane on which there are n inf
2014-12-26 17:37:01
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原创 codeforces 499B Lecture
真是有点懒了，做完这么久才想起记下来。B. Lecturetime limit per test1 secondmemory limit per test256 megabytesinputstandard inputoutputstandard outputYou have a new professor
2014-12-26 16:58:01
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原创 codeforces 499A watching a movie
A. Watching a movietime limit per test1 secondmemory limit per test256 megabytesinputstandard inputoutputstandard outputYou have decided to watch the best momen
2014-12-26 16:47:39
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原创 B - Vanya and Lanterns
简单的模拟，可是纠结的我一直出错#include#include#include#include#define MAXN 1000+5using namespace std;double a[MAXN];int main(){int n,l;cin>>n>>l;for(int i=1;i<=n;i++){ cin>>a[i];}sort(a+1,a+n+1);d
2014-12-08 00:37:35
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原创 遍历vector的两种方法
遍历vectordfor (vector::const_iterator i=Q.begin(); Q.end()!=i; ++i){cout }下标法for (vector::size_type i=0 ; Q.size()!=i; ++i){cout }
2014-09-20 23:25:05
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原创 467A. George and Accommodation
A. George and Accommodationtime limit per test1 secondmemory limit per test256 megabytesinputstandard inputoutputstandard outputGeorge has recently entered the
2014-09-20 23:17:56
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原创 看看有什么问题CF 462B. Appleman and Card Game
#include#include#include#define MAXN 100000+5#define LL long longusing namespace std;char a[MAXN];bool cmp(int a,int b){ return a>b;}int main(){ int alpha[26]; memset(alpha,0,sizeof(a
2014-09-06 22:22:41
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原创 codeforces 460A
第一次参加，菜成狗了#include#includeusing namespace std;int main(){ int m,n,day; cin>>n>>m; day=0; while(n--) { day++; if(day%m==0)n++; } cout<<day<<endl; return 0;}
2014-08-21 09:25:10
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原创 codeforces 458B
B. Pashmak and Flowerstime limit per test1 secondmemory limit per test256 megabytesinputstandard inputoutputstandard outputPashmak decided to give Parmida a pair of flowers from the garden. There are
2014-08-17 00:19:22
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原创 codeforces 459A. Pashmak and Garden
A. Pashmak and Gardentime limit per test1 secondmemory limit per test256 megabytesinputstandard inputoutputstandard outputPashmak has fallen in love with an att
2014-08-16 20:19:17
438
原创 codefore 10A . Power Consumption Calculation
A. Power Consumption Calculationtime limit per test1 secondmemory limit per test256 megabytesinputstandard inputoutputstandard outputTom is interested in power
2014-08-12 18:43:43
485
原创 Die ROll
A. Die Rolltime limit per test1 secondmemory limit per test64 megabytesinputstandard inputoutputstandard outputYakko, Wakko and Dot, world-famous animaniacs, de
2014-08-11 00:56:50
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