python 提取文件指定列

之前用featureCount 处理得到结果，要提出第一列gene_id 和 readcount 列，首先软件输出的第一行默认是你使用的命令行，没有用，用bash批量删掉。

for i in `ls`;do sed -i '1d' $i;done

删除当前文件夹下所有文件第一行。

其实提出两列很简单，不过我受够了每次一个文件执行一次的烦。想搞成别的程序调用时命令行参数直接就行。第一次知道sys.argv这玩意，学到了。

我设置了 -i 输入，-o 输出 这两个参数来判断输入输出文件个数，不过对于错误命令行输入的判断还很欠缺，毕竟只有自己用。

上代码：

import sys
leng=len(sys.argv)
for i in range(leng):  # index the input file and output file location,maybe it's too complex
	if sys.argv[i]=="-i":
		it=i
	if sys.argv[i]=="-o":
		out=i
for i in range(it+1,out): # input file number(there should have same # of in and out file)
	print(sys.argv[i])
	file=open(sys.argv[i],'r')
	f=open(sys.argv[i+out-it],'w')
	count=[]
	for lines in file.readlines():
		two=[]
		lines=lines.rstrip('\n')
		b=lines.split('\t')
		two.append(b[0])
		if(b[6].startswith('.')): #chage path to count,some output problem
			b[6]="count"
		two.append(b[6])
		s='\t'.join(two)
		f.write(s+'\n')
	f.close

其实python里面 str 和list 弄的还是昏头昏脑的，每次都要错了再改。