之前用tophat+cufflinks 算了RNA-seq差异表达,想用DESeq试下。查的protocol是要用HTSeq处理map的结果,也就是count reads。但是HTSeq是一个python的包,需要numpy,没有root权限,半天搞不好。记录下:
1.下载HTSeq
传到主机上,python setup.py build 出错。
2.直接非root权限安装一个python
首先在软件列表文件夹下
mkdir python-2.7
cd python-2.7
下载python-2.7.10 传至当前文件夹
cd python-2.7.10
./configure --prefix=/lustre/user/zhangjia/software/python-2.7
make
make install
然后就会在python-2.7这个文件下面生成目录bin
修改.bashrc文件<