超算上安装python+HTSeq+numpy+easy_install

之前用tophat+cufflinks 算了RNA-seq差异表达,想用DESeq试下。查的protocol是要用HTSeq处理map的结果,也就是count reads。但是HTSeq是一个python的包,需要numpy,没有root权限,半天搞不好。记录下:

1.下载HTSeq

下载

传到主机上,python setup.py build 出错。

2.直接非root权限安装一个python

首先在软件列表文件夹下 

mkdir python-2.7

cd python-2.7

下载python-2.7.10 传至当前文件夹

cd python-2.7.10

./configure --prefix=/lustre/user/zhangjia/software/python-2.7

make
make install
然后就会在python-2.7这个文件下面生成目录bin

修改.bashrc文件<

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