投递任务注意事项

大型机投递任务注意事项：

0、查看使用权限

qselect –U [username]   检验用户可使用的队列及节点

example：

qselect –U yanzengli

result:：

st_comg.q@compute-37-52.local …

1、正常投递命令

qsub #用户投递sge任务命令

-cwd #指定当前工作路径作为output-dir

-S #指定远程计算节点的shell路径

-l #指定资源请求，多个请求用逗号(,)隔开

    h=compute-1-1 #指定任务跑在某个具体的节点

    vf=5G  #消耗内存总量的最大值

    p=4 #指定cpu核数

-q #指定到具体的队列

-P #指定到工作项目组

example：

qsub -cwd -l vf=1G 03.cut.scaffold.sh

2、查看状态

qstat

example:

    qstat -j 9788656

    qstat –u yanzengli

3、删除任务

qdel