基因数据处理log2

最新推荐文章于 2023-09-27 22:17:38 发布
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GEO基因表达数据箱线图可视化
04-01
labs(title = "GEO基因表达数据箱线图", x = "样本条件", y = "log2 Fold Change") + theme_bw() + theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5), axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)) ``` ...
基因芯片预处理
10-11
基因芯片预处理是生物信息学研究中不可或缺的一部分，通过对原始数据进行科学合理的处理，可以有效提升数据分析的准确性和有效性。上述提到的工具及方法不仅适用于特定的研究项目，也是现代生物信息学研究中的通用...
基因log2转换
benbencan的专栏
11-05 2665
https://m.wenda.so.com/q/1533794820213558
生物信息学入门 GEO芯片数据差异表达分析时需要log2处理的原因
无名岛
03-13 4万+
首先借用一张图，通常使用limma处理时，需要经过log2后的矩阵作为表达矩阵输入。根据log2FC的定义，这个数字表示变化倍数经过log2后的一个值，比如log2FC=1,则变化为2倍；log2FC=2,则变化为4倍。这是常用的一种表述方法。 在使用limma函数计算时，如果输入的矩阵没有经过log2处理，则会把FC当成log2FC输入，这或许是因为limma默认输入的是log2后的表达式...
生物信息学入门 GEO芯片数据差异表达分析时是否需要log2以及标准化的问题
无名岛
03-13 3万+
GEO中的Series Matrix File(s)通常是经过了标准化和对数转换的数据。但不全是。在实际应用的时候需要根据情况判断一下。对于芯片数据，可能作者将.cel的文件处理成未标准化的数据直接上传。一般来说，在判断counts是否需要重新标准化以及是否需要log2时，可以根据数值大小粗略估计。 如果表达丰度的数值在50以内，通常是经过log2转化的。如果数字在几百几千，则是未经转化的。因为...
数据平滑处理——log1p()和exmp1()
sinat_38230425的博客
08-07 636
今天在做题的时候学到了一点有用的东西，所以这里做个记录分享一下，有关数据预处理的两个函数问题——log1p、expm1 优点： 在数据预处理时首先可以对偏度比较大的数据用log1p函数进行转化，使其更加服从高斯分布，此步处理可能会使我们后续的分类结果得到一个更好的结果； 平滑处理很容易被忽略掉，导致模型的结果总是达不到一定的标准，同样使用逼格更高的log1p能避免复值得问题——复值指一个自变量对应...
GEO生信数据挖掘（四）数据清洗（离群值处理、低表达基因、归一化、log2处理）
zzh1464501547的博客
09-27 6439
检索到目标数据集后，开始数据挖掘，本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例，数据清洗（离群值处理、低表达基因、归一化、log2处理）
差异基因分析：fold change(差异倍数), P-value(差异的显著性)
DrugAI
03-28 5万+
做基因表达分析时必然会要做差异分析（DE） DE的方法主要有两种： Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数，log2 fold change的意思是取log2，这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距。 Q-value，是P-value校正值，P值是统计差异的显著性的。Q值比P值更严格的一种统计。 p-value...
可持久化后缀数据结构.pdf
05-27
在计算机科学领域，特别是算法设计与数据处理中，后缀数组作为一种重要的数据结构，被广泛应用于字符串处理问题中。后缀数组不仅可以高效地支持各种字符串操作，而且在解决实际问题时展现出了极高的灵活性。本次分享...
第61章基因表达谱的概念与数据分析技术.pdf
10-14
总的来说，基因表达谱提供了深入了解基因功能和调控网络的窗口，但同时也带来了大量数据的处理和分析挑战。通过有效的数据分析，科学家们可以挖掘出这些数据背后的生物学意义，推动医学和生命科学的发展。
生物信息学+基因表达+基因对分析
最新发布
11-16
4. 计算表达差异：对每一对基因，比较它们在正常和肿瘤样本中的表达差异，如使用log2 Fold Change（log2FC）。 5. 反转配对检测：识别那些在正常样本中表现为正向表达关联，而在肿瘤样本中变为负向关联的基因对。 6....
非结构化数据在MaxCompute上的处理.pdf
08-29
在当前的DT（Data Technology）时代，每天产生的数据中有超过80%是非结构化的，如视频、音频、图像以及各类文本文件，例如log、csv、html等，甚至包括特殊二进制格式如基因数据。这些非结构化数据的处理对于企业安全...
基于GPU并行的生物序列局部比对算法.pdf
09-25
然而，由于其计算复杂度为O(mn)，在处理大量序列时效率较低，限制了其在大规模数据中的应用。为了解决这一问题，基于GPU（通用图形处理器）的并行计算方法被引入到Smith-Waterman算法中，以提升其运行速度。 本篇...
数据分析报告2016.pdf
07-29
在数据处理阶段，原始数据可以提交至公共数据库如iProX、PRIDE或MassiVE，便于其他研究人员下载和研究。蛋白信息的获取则是通过Uniprot数据库批量获取注释文件，并使用自编的PERL程序解析数据。 数据分析部分，报告...
第八章基因芯片分析.pptx
09-23
其中，数据分析阶段涉及到差异表达基因的筛选，比如通过比较处理组和对照组的荧光强度比值（log ratio）来确定基因的上调或下调情况。 在实际应用中，基因芯片技术需要与各种数据库和生物信息学工具结合，以便对...
数据为什么要进行log2转化，倍数变化（fold change）为什么要求个log2FC？
微生信
10-24 1万+
今天是2022年10月24日，首先祝所有程序员们（会写、会看代码的都算）节日快乐！ 1024是2的十次方，二进制计数的基本计量单位之一。做生信分析的小伙伴就像是一个个1024，用最低调、最踏实、最核心的功能模块将计算机程序应用到生命科学中，促进科学发展。1G=1024M，而1G与1级谐音，做生信分析的小伙伴都是一级棒的！
RNA-seq结果图片如何解读（火山图、韦恩图、聚类热图和折线图）
热门推荐
qq_41909309的博客
12-18 6万+
在RNA-seq项目中，常见的结果包括：火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作图等。今天我们先来一起学习火山图、韦恩图、聚类热图和折线图的解读。 1、火山图 RNA-seq中，火山图（Volcano Plot）显示了两个重要的指标：fold change和校正后的p value，利用T检验分析出两样本间显著差异表达的基因后，以log2（f...
数据的标准化和归一化
shine_shao的博客
07-18 5313
数据的标准化和归一化 数据的标准化（normalization）是将数据按比例缩放，使之落入一个小的特定区间。在某些比较和评价的指标处理中经常会用到，去除数据的单位限制，将其转化为无量纲的纯数值，便于不同单位或量级的指标能够进行比较和加权。其中最典型的就是数据的归一化处理，即将数据统一映射到[0,1]区间上。 目前数据标准化方法有多种，归结起来可以分为直线型方法(如极值法、标准差法)、折线型方法(如三折线法)、曲线型方法(如半正态性分布)。不同的标准化方法，对系统的评价结果会产生不同的影响，然而不幸的是，在
数据处理取对数的作用
郑廿三
11-05 1万+
作者：姚岑卓 链接：https://www.zhihu.com/question/22012482/answer/21315349 来源：知乎 著作权归作者所有，转载请联系作者获得授权。 如需要收回，还请联系我，会将其删除，只保留导流的连接 对数据做一些变换的目的是它能够让它符合我们所做的假设，使我们能够在已有理论上对其分析。 对数变换(log transformation)是特殊的一种数据变换方...
r语言counts转化为tpm再进行log2处理和counts先进行log2处理再转化为tpm\
09-18
在R语言中，要将counts数据转化为tpm（每百万reads的转录本数），然后进行log2处理或者先进行log2处理再转化为tpm可以通过以下步骤实现。 首先，假设我们已经通过某种方法或程序计算出了基因表达的counts数据。假设该数据存储在一个名为counts的数据框中，其中每一行代表一个基因，每一列代表不同的样本。 要将counts转化为tpm，可以使用edgeR、DESeq2或其他基因差异表达分析软件包提供的方法。这些软件包通常提供了计算tpm的功能。例如，在edgeR中，可以使用calcNormFactors函数来计算标准化因子，然后使用calcTPM函数来计算tpm值。以下是一个示例代码片段： ```R # 安装并加载edgeR软件包 install.packages("edgeR") library(edgeR) # 从counts数据框创建一个DGE对象 dge <- DGEList(counts = counts) # 计算标准化因子 dge <- calcNormFactors(dge) # 计算tpm值 tpm <- calcTPM(dge, log=T) # 这里使用了log=T参数来进行log2处理 # 获取tpm值的对数(log2)处理 tpm_log2 <- log2(tpm + 1) # 为了避免log(0)的问题，加上1后再进行对数处理 ``` 当然，如果我们先对counts进行log2处理，然后再转化为tpm，也可以通过相似的步骤实现。以下是一个示例代码片段： ```R # 对counts数据进行log2处理 counts_log2 <- log2(counts + 1) # 为了避免log(0)的问题，加上1后再进行对数处理 # 将counts_log2转化为tpm tpm <- counts_log2 / colSums(counts_log2) * 1e6 # 获取tpm值的对数(log2)处理 tpm_log2 <- log2(tpm + 1) # 为了避免log(0)的问题，加上1后再进行对数处理 ``` 需要注意的是，在进行log2处理时，为了避免log(0)的问题，我们在计算前都加上了1。 这样，我们就可以通过以上代码将counts数据转化为tpm，并可以选择是在转化为tpm之前还是之后进行log2处理。
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