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RSS订阅原创 生信入门第十二课：用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别hub基因
简要介绍了用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别hub基因
2024-12-24 08:51:16
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原创 生信入门第十一课：基因集富集分析（ Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）原理和R代码
简要介绍了：基因集富集分析（ Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）原理和R代码
2024-11-26 23:16:05
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原创 在线绘制Nature Communication同款双色、四色火山图，突出感兴趣的基因
火山图通常使用三种颜色分别表示显著上调，显著下调和不显著。通过为特定的数据点添加另一种颜色，可以创建双色或四色火山图，从而更直观地突出感兴趣的数据点。
2024-11-26 23:09:58
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原创 Fastq文件的Q30能达到100%吗？且看Cell文章的神操作
最近在进行ac4C-seq数据分析时，从GEO上下载了Cell文章“Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency”的原始数据，发现GSM2724031这个原始文件的Q30竟然是100%。于是总结下，供大家参考。
2024-11-24 22:51:48
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原创 在线绘制Nature Communication同款双X轴富集分析结果条形图+折线图
下方X轴展示富集结果p值，上方X轴以不同的颜色展示基因数。这种双X轴的展示方法不仅避免了图表的单一性，还使得富集结果的展示更为精确和直观。
2024-11-24 22:40:42
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原创 生信入门第十课：Clusterprofiler GO和KEGG富集分析R代码详解
本文详细介绍了如何使用clusterprofiler R包进行GO和KEGG富集分析，并绘制常见的气泡图，条形图，cnet网络图等
2024-11-21 09:11:31
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原创 发表学术论文必知：贡献者角色分类Contributor Role Taxonomy（CRediT）
CRediT（Contributor Role Taxonomy）是一种为论文署名诚信问题提供解决方案的分类体系。它通过将研究者在论文发表过程中扮演的不同角色进行明确分类，使得每位参与者的具体贡献得以清晰展现。这种方法不仅促进了科研诚信，确保了署名顺序的合理性，还有助于公正地评价每位作者的实际贡献。
2024-11-18 22:46:43
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原创 给热图矩形加个标注--在线绘制带任意文字、符号标注的热图
在聚类热图中，除了颜色编码外，添加文本信息可以提供更精确的数据解释。例如直接在热图的方块内标注p值显著性，从而使得数据的显著性水平一目了然，有助于研究者更快速、准确地理解数据背后的含义。
2024-11-18 10:59:51
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原创 在线绘制cancer cell同款双向条形图展示富集结果
将上调和下调pathway富集结果以双向条形图的形式在一张图中展示，不仅优化了绘图空间，还通过对称布局增强了图片的美观性。
2024-11-11 23:01:58
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原创 在线绘制带community的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图
分子相互作用网络图揭示了细胞内部分子间的复杂相互作用。通过识别网络中密集连接的节点所形成的社区（community），可以揭示它们之间以前未知的功能联系。这些社区可能代表了具有共同功能的功能模块，对于理解细胞生物学过程、疾病机制以及药物靶点的识别具有重要的科学和临床价值。
2024-11-11 22:56:02
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原创 GeneToList – 基因名转换（ID convertion）网络服务器
随着高通量组学技术的日益流行，处理它们所产生的数据集变得越来越困难，因此需要借助于编程语言或者在线服务器，将一个数据库中的基因名转换成另一个数据库中的基因名
2024-11-07 23:42:12
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转载 科研好帮手：空间转录组质控报告自动化工具解析
空间转录组学作为一种前沿技术，能够在空间维度上揭示基因表达的复杂图谱，已经成为揭示生物体内细胞异质性的重要手段。随着空间转录组技术的飞速发展，我们能够在亚细胞分辨率和大视野下研究基因的空间表达分布。然而，尽管新技术为科研带来了巨大的潜力，但同时也伴随着重大挑战，尤其是在测序深度和大样本测序质量方面的不均匀性。因此，对数据进行系统的质量评估和过滤，成为了确保空间转录组数据可靠分析的第一步。
2024-11-07 23:25:52
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原创 在线绘制带颜色标注的大脑脑区图
大脑是人体最为复杂的器官之一，由多个功能特化的脑区构成。每个脑区承担着特定的生理和认知功能。通过应用定量数据映射技术，将数值以色彩编码的形式呈现于各个脑区，可以显著增强对不同脑区定量信息的视觉识别和理解。
2024-11-07 11:45:23
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原创 生信入门第九课：PCA、相关性、热图和火山图及代码详解
简介：介绍了PCA，相关系数，热图，火山图中各个元素的意义，并提供了使用R语言绘制这些图的详细代码。
2024-11-06 11:48:38
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原创 使用pathview在线渲染KEGG Pathway Map，给感兴趣的基因、化合物添加颜色
通过将用户提供的基因表达定量数据，化合物定量数据映射并渲染到相关的KEGG通路图上，能够帮助我们直观且系统地研究基因、酶、化合物间的关系。
2024-11-03 12:17:51
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原创 测序公司给的分析报告中为什么没有Ensembl GTF注释版本？
在做RNA-seq等测序分析时，通常会用到Ensembl的GTF基因注释文件，它有不同的版本。我们调研了十几家测序公司的报告，令人惊讶的是，在报告中明确说明GTF版本的公司几乎没有，甚至个别公司连基因组版本都没有明确说明。本文以human为例，比较了不同版本GTF所包含的基因情况，以帮助大家更好地理解基因注释的变化。
2024-11-01 21:00:00
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原创 生信入门第八课：RNA-seq比对、定量和差异分析
介绍了RNA-seq reads基因组比对，featurecount定量和DESeq2进行两组样品间的差异表达分析
2024-11-01 20:44:53
295
转载 单细胞数据能解答哪些生物学问题？——进阶单细胞分析
测完单细胞您还需要理解的：细胞亚群分类、拟时序分析、细胞通讯、到CNV分析、GSVA分析、RNA速率分析、以及代谢和Cluster相关性分析。
2024-10-29 15:50:54
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原创 生信入门第四课：生物信息学常用编程语言R和Python简介
介绍了生物信息学常用编程语言R和Python的安装，数据类型，txt文件读写，常见饼图、线图、柱状图的绘制
2024-10-26 22:38:48
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原创 生信入门第二课：RNA-seq生信分析环境搭建-conda及常用软件安装
conda是一个强大的包管理器和环境管理系统，非常适合生物信息学分析。通过本课程，你将掌握如何创建隔离的分析环境，确保软件兼容性，以及如何高效地进行生物信息学数据分析。
2024-10-22 14:25:00
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原创 微生信--0代码科研绘图/在线分析
微生信云平台以270多款在线绘图、分析模块为基础，致力于0代码在线分析数据，0代码在线绘制科研图片。让不会写代码的科研工作者，贴贴数据，点点鼠标就能够进行数据分析和科研绘图，沉浸在数据分析和绘图所带来的便捷和喜悦中，助力发文章，发高分文章，为生命科学的发展添砖加瓦。
2024-10-16 10:32:54
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原创 2024年诺贝尔生理学或医学奖揭晓：microRNA及其在转录后基因调控中的作用
2024年诺贝尔生理学或医学奖揭晓：microRNA及其在转录后基因调控中的作用
2024-10-07 19:45:06
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原创 在线绘制带颜色标注的美国地图
地图可视化是一种将地理信息以图形、颜色等视觉元素呈现出来的技术，它可以帮助用户更直观地理解和分析空间数据。本文介绍了如何将连续数值或者分类数值以颜色的形式映射到美国地图上。
2024-09-23 17:12:05
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原创 在线plotly绘制动态旭日图，展示复杂数据层次结构
探索数据的层次之美：旭日图，以环环相扣的视觉效果，清晰展现数据的层级关系。搭配Plotly的动态可视化技术，不仅让数据层次一目了然，更通过交互式操作，让用户轻松探索每个层级的详细信息，享受数据探索的乐趣。
2024-09-09 12:09:31
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原创 以人口金字塔图为例，在线绘制左右双侧堆叠条形图
人口金字塔（population pyramids）用于展示一个特定人口的年龄和性别分布。本质上是一种水平条形图。左侧是男性的数据，右侧是女性的数据。
2024-09-04 12:27:47
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原创 在线绘制哑铃图（dumbbell chart）展示基因拷贝数变异（CNV）
哑铃图的名称来源于其形状，它看起来像一个哑铃，有两个圆形的“重量”在两端，通过一根“杆”连接。常用于展示两个或多个数据集之间的差异。本文介绍了如何使用哑铃图展示基因的拷贝数变异。
2024-09-01 23:22:40
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原创 使用corrplot绘制行、列不同，且带有p值显著性标注的相关系数图
相关系数衡量两个变量之间的线性关系，通常以N*N的矩阵形式展示。例如样品vs样品，或者基因vs基因的相关性。本文介绍了使用corrplot R包绘制M*N的相关系数矩阵，例如M个基因表达与N个代谢物信号间的相关性，同时带上p值显著性标注。
2024-09-01 10:28:01
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原创 在线绘制带VIP维度的代谢组学火山图
代谢组学火山图是在常规火山图的基础上，以点的大小表示PLSDA或者OPLSD模型的VIP值。以展示实验组 vs 对照组的差异代谢物。
2024-08-27 15:04:03
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原创 Nature同款富集分析结果条形图叠加基因
Nature同款、高颜值富集分析结果条形图，将富集名字标注在条形上，并在条形的下面添加一行基因名。既能节省空间，又能展示更多维度的信息。用简单的图，直观地展示结果，让读者一眼就能看出作者要表达的意思，大道至简。
2024-08-27 11:49:02
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原创 使用mfuzz进行时间序列转录组数据聚类，划分相似表达模式基因群
针对具有时间序列（例如0h、4h、8h、12h）或不同发育阶段（例如4cell、8cell、64cell）的转录组数据，mfuzz基于模糊聚类原理，识别出具有相似表达模式的基因群。使用折线图展示每群基因的表达变化，以帮助研究者推测感兴趣表达模式基因群的生物学功能。
2024-08-11 09:31:41
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原创 微生信 -- 20万+科研用户信赖的生信分析云平台
微生信云平台以270多款在线绘图、分析模块为基础，致力于0代码在线分析数据，0代码在线绘制科研图片。让不会写代码的科研工作者，贴贴数据，点点鼠标就能够进行数据分析和科研绘图，沉浸在数据分析和绘图所带来的便捷和喜悦中，助力发文章，发高分文章，为生命科学的发展添砖加瓦。
2024-08-04 16:16:34
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原创 在线绘制clusterprofiler KEGG，GO富集分析结果自定义条目cnet图
使用clusterprofiler R包做完富集分析后，可以使用cnetplot绘制一个cnet图，默认是top5的条目作图。本文展示了如何使用微生信平台绘制自定义条目的cnet网络图。
2024-07-27 16:33:14
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原创 在线绘制双火山图，一张图展示三个实验条件、或者两种组学联合分析结果
火山图可以展示cancer vs normal的差异结果。如果还有一组model组，那么该如何展示呢？使用双火山图，实现了将cancer、normal、model三个实验条件绘制在一张图上，同时展示cancer vs normal, model vs cancer共有且具有相同差异表达趋势（上调、上调），或者相反差异表达趋势（上调、下调）的感兴趣基因。
2024-07-23 08:32:00
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原创 在线绘制临床cox分析结果森林图（forest plot）
森林图是临床医学研究中非常常见的一种图。在生存分析的背景下，森林图可以用来展示不同变量风险比的估计值和置信区间，以及它们的统计显著性。本文对森林图中各个元素进行了简要说明，并展示了使用微生信云平台在线绘制森林图的详细步骤。
2024-07-23 08:26:00
1486
微生信GOID批量转名字并添加BP，MF，CC分类
2023-09-19
空空如也
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