余丁，微生信-CSDN博客

转载【客户高分文章：IF40.8】外泌体传递促焦亡miRNA--驱动心脏损伤的肇事因子

乳腺癌是全球女性健康的主要威胁，而现如今乳腺癌的治疗方式已经显著进步。对于接受化疗的乳腺癌患者，她们往往会遇上新的困境，面临来自心血管疾病（CVD）的并发症的威胁。化疗药物可诱导各种形式的心脏毒性，包括急性和延迟性毒性，表现为心力衰竭、高血压、心律失常、心包炎和其他心脏疾病。

2025-06-10 13:16:21 9

原创代谢组数据上传攻略：手把手教你从零搞定Metabolomics Workbench！

还在为代谢组数据存储和共享发愁？本文为你带来最全上传指南——从注册账号、填写元数据，到数据上传、审核反馈，一步步教你获得专属DOI号，让数据可追溯、可引用！

2025-06-09 17:17:16 568

原创在线临床指标分类信息表转甜甜圈矩阵图

在临床研究中，临床指标分类信息表记录了患者的年龄、性别、肿瘤分期等关键信息。为了高效分析这些信息，可采用甜甜圈矩阵可视化方法。甜甜圈图中每个扇区代表该变量的一个类别。这种可视化方式能清晰呈现不同分类变量的分布和关联，便于快速识别数据中的模式和差异。

2025-05-28 10:37:45 915

原创在线绘制Nature Biomedical Engineering同款基因排序图

基因排序点图是基因表达分析的可视化利器。它按基因倍数变化从大到小排序，清晰呈现表达差异显著的基因。结合颜色编码 p 值，可直观判断基因表达变化的统计学意义，助力高效筛选关键基因。

2025-05-27 13:57:37 538

原创在线绘制单核苷酸多态性SNP密度图

《PLoS One》文章“Genome-wide association study of cassava starch paste properties”fig 2的SNP密度图展示了18条染色体1Mb区间内的SNP数。行是染色体，不同的颜色表示不同的SNP密度，灰色表示没有SNP，绿色表示密度较低，红色表示密度最高。从这张图可以直观地看出SNP的分布情况，为疾病研究提供思路。

2025-04-21 14:55:08 638

原创在线绘制Cell Metabolism同款多组配对连线散点图

《Cell Metabolism》文章“A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation”fig 2E的多组配对连线散点图展示了iWAT中5个感兴趣基因（Ucp1、Cidea、Fasn、Acacb、Adrb3）的相对表达水平。左侧灰色为Cre-组，右侧蓝色为Cre+组，共12个样品，每个样品以直线连接Cre-样品和Cre+样品。从图中可以直观地看出Cre+组的基因表达水平相对较高，并且显著

2025-04-18 15:16:04 459

原创微生信更新与服务器切换指南：开启在线作图新征程！

由于升级和备案，3月17日起访问地址有所变动，请访问：http://113.44.3.163 直至备案完成具体请查阅以上微生信更新与服务器切换指南，一起开启在线科研绘图新征程！

2025-03-14 16:26:50 1351

原创生信入门第十三课：RNA-seq原始数据上传到GEO数据库详细步骤

生信入门第十三课：介绍了RNA-seq原始数据上传到GEO数据库详细步骤

2024-12-24 10:17:50 489

原创生信入门第十二课：用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别hub基因

简要介绍了用Cytoscape绘制PPI网络图并使用cytohubba识别hub基因

2024-12-24 08:51:16 706

原创生信入门第十一课：基因集富集分析（ Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）原理和R代码

简要介绍了：基因集富集分析（ Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）原理和R代码

2024-11-26 23:16:05 541

原创在线绘制Nature Communication同款双色、四色火山图，突出感兴趣的基因

火山图通常使用三种颜色分别表示显著上调，显著下调和不显著。通过为特定的数据点添加另一种颜色，可以创建双色或四色火山图，从而更直观地突出感兴趣的数据点。

2024-11-26 23:09:58 1383

原创 Fastq文件的Q30能达到100%吗？且看Cell文章的神操作

最近在进行ac4C-seq数据分析时，从GEO上下载了Cell文章“Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency”的原始数据，发现GSM2724031这个原始文件的Q30竟然是100%。于是总结下，供大家参考。

2024-11-24 22:51:48 872

原创在线绘制Nature Communication同款双X轴富集分析结果条形图+折线图

下方X轴展示富集结果p值，上方X轴以不同的颜色展示基因数。这种双X轴的展示方法不仅避免了图表的单一性，还使得富集结果的展示更为精确和直观。

2024-11-24 22:40:42 714

原创生信入门第十课：Clusterprofiler GO和KEGG富集分析R代码详解

本文详细介绍了如何使用clusterprofiler R包进行GO和KEGG富集分析，并绘制常见的气泡图，条形图，cnet网络图等

2024-11-21 09:11:31 619

原创发表学术论文必知：贡献者角色分类Contributor Role Taxonomy（CRediT）

CRediT（Contributor Role Taxonomy）是一种为论文署名诚信问题提供解决方案的分类体系。它通过将研究者在论文发表过程中扮演的不同角色进行明确分类，使得每位参与者的具体贡献得以清晰展现。这种方法不仅促进了科研诚信，确保了署名顺序的合理性，还有助于公正地评价每位作者的实际贡献。

2024-11-18 22:46:43 766

原创给热图矩形加个标注--在线绘制带任意文字、符号标注的热图

在聚类热图中，除了颜色编码外，添加文本信息可以提供更精确的数据解释。例如直接在热图的方块内标注p值显著性，从而使得数据的显著性水平一目了然，有助于研究者更快速、准确地理解数据背后的含义。

2024-11-18 10:59:51 1022

原创在线绘制cancer cell同款双向条形图展示富集结果

将上调和下调pathway富集结果以双向条形图的形式在一张图中展示，不仅优化了绘图空间，还通过对称布局增强了图片的美观性。

2024-11-11 23:01:58 760

原创在线绘制带community的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图

分子相互作用网络图揭示了细胞内部分子间的复杂相互作用。通过识别网络中密集连接的节点所形成的社区（community），可以揭示它们之间以前未知的功能联系。这些社区可能代表了具有共同功能的功能模块，对于理解细胞生物学过程、疾病机制以及药物靶点的识别具有重要的科学和临床价值。

2024-11-11 22:56:02 1616

原创 GeneToList – 基因名转换（ID convertion）网络服务器

随着高通量组学技术的日益流行，处理它们所产生的数据集变得越来越困难，因此需要借助于编程语言或者在线服务器，将一个数据库中的基因名转换成另一个数据库中的基因名

2024-11-07 23:42:12 1136

转载科研好帮手：空间转录组质控报告自动化工具解析

空间转录组学作为一种前沿技术，能够在空间维度上揭示基因表达的复杂图谱，已经成为揭示生物体内细胞异质性的重要手段。随着空间转录组技术的飞速发展，我们能够在亚细胞分辨率和大视野下研究基因的空间表达分布。然而，尽管新技术为科研带来了巨大的潜力，但同时也伴随着重大挑战，尤其是在测序深度和大样本测序质量方面的不均匀性。因此，对数据进行系统的质量评估和过滤，成为了确保空间转录组数据可靠分析的第一步。

2024-11-07 23:25:52 176

原创在线绘制带颜色标注的大脑脑区图

大脑是人体最为复杂的器官之一，由多个功能特化的脑区构成。每个脑区承担着特定的生理和认知功能。通过应用定量数据映射技术，将数值以色彩编码的形式呈现于各个脑区，可以显著增强对不同脑区定量信息的视觉识别和理解。

2024-11-07 11:45:23 1368

原创生信入门第九课：PCA、相关性、热图和火山图及代码详解

简介：介绍了PCA，相关系数，热图，火山图中各个元素的意义，并提供了使用R语言绘制这些图的详细代码。

2024-11-06 11:48:38 235

原创使用pathview在线渲染KEGG Pathway Map，给感兴趣的基因、化合物添加颜色

通过将用户提供的基因表达定量数据，化合物定量数据映射并渲染到相关的KEGG通路图上，能够帮助我们直观且系统地研究基因、酶、化合物间的关系。

2024-11-03 12:17:51 842

原创测序公司给的分析报告中为什么没有Ensembl GTF注释版本？

在做RNA-seq等测序分析时，通常会用到Ensembl的GTF基因注释文件，它有不同的版本。我们调研了十几家测序公司的报告，令人惊讶的是，在报告中明确说明GTF版本的公司几乎没有，甚至个别公司连基因组版本都没有明确说明。本文以human为例，比较了不同版本GTF所包含的基因情况，以帮助大家更好地理解基因注释的变化。

2024-11-01 21:00:00 601