【Sentieon】基因测序数据NGS二级分析加速软件模块介绍

最新推荐文章于 2021-11-10 19:54:42 发布
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【Sentieon】基因NGS二级分析加速软件模块介绍

Sentieon软件的使用非常灵活。用户可以直接使用完整Pipeline流程，也可以根据需要单独调用相关模块去替换原流程中的模块。Sentieon模块的输入、输出文件严格按照生信行业规范进行操作，用户可轻松上手，大大降低学习难度和学习时间。Sentieon 基因ngs二级分析加速软件模块
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毅硕科技
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如何使用步骤简单并可视化的生信分析软件或者平台-sixclock分享
weixin_49533584的博客
12-23 1073
sixoclock运作机制，并结合一个案例展示通过sixoclock处理数据的过程。
NGS测序数据和Microarray芯片数据在基因表达中的应用
aganlala的博客
03-26 1252
基因表达分析的意义 在疾病医药领域，基因表达分析常常被用于不同阶段的研究中。 如在疾病研究阶段，在不同背景下对mRNA的表达水平进行比较，针对同一物种，不同组织，可以研究基因在不同组织中的表达情况，或者针对同一组织，不同病理或者生理状态下，基因的差异表达情况。在药物研究阶段，对是否用药的情况下进行差异表达基因分析，查找与药物反应相关的基因，以及药物代谢情况。最终找到细胞特异性，疾病相关，药物代谢相关的基因表达模式，挖掘 基因在细胞活动中的功能，基因间的相互作用信息。最终运用于疾病的预测，诊断以及治疗中。常用
NGS中的一些软件功能介绍
weixin_33739627的博客
10-26 564
1.bowtie 短序列比对工具，blast也是短序列比对工具，速度快，结果易理解。 输入可以是fastq或者fasta文件。 生成比对结果文件sam格式的吧。 2.bwa 转自:https://www.jianshu.com/p/1552cc6ac3be 将DNA序列比对到参考基因组上的软件，包含三种算法： BWA-backtrack：适合比对长度不超过100bp的序列； BWA...
现在基因测序的瓶颈主要在哪里？精度？速度？
wangprince2017
12-06 2003
现在基因测序的瓶颈主要在哪里？精度？速度？ 圆桌收录 · 基因解码 做相关研究的朋友测一次序大概需要2周左右的时间（http://news.zhenduan.org/?p=3971.html），我想问的是瓶颈主要在哪里？ 精度： 现在测序的精度有没有问题？ 速度： 测序的速度瓶颈在哪里？数据量大？算法复杂？ 说白了，目前这个阶段还处于 读长 和 组装精度 的矛盾之中； 不过个人预计3年左右以后，这都不是事儿了； 随着越来越多的IT技术以及数理方法在测序数据分析中的应用，以及软硬件技术本身...
病原微生物扩增子数据分析实战（一）：bcl2fastq软件完成数据拆分
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
09-03 2350
「懂得了那么多道理，却依然过不好这一生。」所以理论归理论，最终要落实到分析代码上，咱们从这一篇开始，介绍一套扩增子数据分析流程。闲话少叙，首先介绍一下项目背景：测序平台: Illumin...
三代测序数据分析实战
wangprince2017
11-10 8308
三代测序数据分析实战 主讲人：徐怡 浙江大学医学院博士，迪安诊断研发中心生物信息工程师，负责 NGS 遗传检测。 背景介绍 从1977年第一代DNA测序技术（Sanger法）发展至今三十多年时间，测序技术已取得了相当大的发展，从第一代到第三代乃至第四代，测序读长从长到短，再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置，但第三和第四代测序技术也已在这一两年的时间中快速发展着。测序技术的每一次变革，也都对基因组研究，疾病医疗研究，药物研发，育种等领域产生巨大
基因组二代测序数据的自动化分析流程
05-10
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最新发布
06-24
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NGS-analysis 二代测序数据分析
05-10
二代测序数据分析 Resources Readme Activity Stars 325 stars Watchers 12 watching Forks 154 forks Report repository Releases No releases published Packages No packages published Footer
人工智能-数据分析-基于二代测序的转录组数据分析方法的比较研究.pdf
07-02
"基于二代测序的转录组数据分析方法的比较研究" 本研究旨在比较基于二代测序的转录组数据分析方法，并探讨人工智能在数据分析中的应用。通过对RNA-seq数据的分析，我们可以获取大量的转录组数据，从而实现对基因...
NGS-TOOLBOX:方便的工具来处理/分析下一代测序（NGS）数据-开源
04-29
NGS TOOLBOX是简单的开源Perl脚本的集合，这些脚本使用下一代测序（NGS）数据集执行基本分析和处理步骤。 每个工具的设计都是为了确保方便，直观地使用。 安装和使用不需要任何生物信息学技能。 所有脚本都是开箱即用的。 高级用户可以使用基于命令行的Perl脚本来构建自动化的序列分析/处理管道。 如果将NGS工具箱用于发布目的，则可以引用以下方法文件：Rosenkranz D，Han CT，Roovers EF，Zischler H，Ketting RF。 哺乳动物卵母细胞和早期胚胎中的Piwi蛋白和piRNA：从样品到序列。 Genomics Data 2015 5：309-313。
高通量测序数据统计分析
10-11
包含RNA-seq数据分析、ChIP-seq数据分析、基因组拷贝数变异分析、稀有突变分析等
Chromas(DNA测序分析软件) v2.6.5官方版 win+mac平台
08-19
Chromas是一款专业好用的DNA测序分析软件，使用这款软件可以方便用户对DNA的峰形图进行查看和编辑操作，软件支持ab1、scf以及ztr格式的图谱文件，并支持自动删除低质量序列（当质量数据可用时）或矢量序列，除此之外，软件还可以按照FASTA，FASTQ，EMBL，GenBank或​​GCG格式、文本格式来导出，有需要的用户欢迎下载。
NGSCheckMate:用于检查NGS数据样本匹配的软件程序
05-15
NGSCheckMate是一个软件包，用于识别同一个人的下一代测序（NGS）数据文件。 它分析了各种类型的NGS数据文件，包括（但不限于）全基因组测序（WGS），全外显子组测序（WES），RNA-seq，ChIP-seq和各种深度的靶向测序。 数据类型可以混合（例如WES和RNA-seq，或RNA-seq和ChIP-seq）。 它以BAM（与基因组对齐的读数），VCF（变体）或FASTQ（未对齐的读数）文件为输入。 NGSCheckMate使用已知单核苷酸多态性（SNP）等位基因片段的深度相关模型来识别同一个人的样本。 我们的免比对模块速度快（例如，使用单核的RNA-seq不到一分钟），我们建议您在合并/比对测序读段之前进行快速初始质量检查。 可以分别在比对和变异调用步骤之后使用BAM和VCF模块，以确保在进行进一步的下游分析之前正确地标注样品。 当前，它仅适用于人类数据。 NGSChe
基因测序数据处理平台高性能解决方案
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在超算上用sentieon快速完成NGS的变异检测
xuzhougeng blog
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sentieon 很久之前就听说sentieon在跑calling variants的速度非常快，能甩GATK 不知道多少条街，但是一直缺少一次机会去进行测试。这里感谢sentieon软件公司的张春风提供的测试名额，让我不需要在使用超算测试的时候不用那么漫长的等待就能够测试软件。 这篇教程分为两个部分，第一步部分是sentieon的使用环境，第二部分记录我如何登陆超算服...
NGS数据的质量评估和reads的处理
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生信小白学习日记Day3——NGS基础 NGS分析注解（质量分析软件）
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05-27 3051
2019年5月27日，天气舒适，忙碌一天之后开始今天的生信学习。今天就昨天Day2-2的一些标记加以查询说明，仅供参考。 NGS基础 NGS分析注解 1. 质量分析软件 昨天提到，拿到数据后可以通过一些软件来评估测序质量的好坏，包括fastqc、multiqc、SolexaQA等。我们今天来了解一下multiqc和SolexaQA的使用。 multiqc 来自于博文：https://blog.cs...
下一代测序下转录组数据分析：人工智能驱动的多与单tiller小麦基因表达比较
本文档《人工智能-数据分析-基于二代测序的转录组数据分析方法的比较研究.pdf》主要探讨了在现代生物技术背景下，特别是下一代测序（Next-Generation Sequencing, NGS）技术对转录组学研究的重要性。二代测序技术如...

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