基因检测已逐渐成为肿瘤患者临床诊疗路径中必不可少的一环,而报告解读的专业性更是这个环节中的关键。目前人类基因组中大量变异不断被发现, 且已被许多数据库广泛收录。在基因检测机构出具报告时, 可在已有的数据库及发表的文献中寻找到有价值的参考信息。以下详细列出在基因检测诊断中常用的数据库:
人群数据库
某变异在大规模人群中发生频率
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dbSNP数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/)
常用的频率数据库,dbSNP包含人类单核苷酸变异、微卫星、小片段插入和缺失、以及常见变异和临床突变的出版物、种群频率、分子检测结果、及基因组RefSeq定位信息。 -
gnomAD数据库(http://gnomad.broadinstitute.org)
目前最大的人群频率注释数据库,这些数据来源于各种疾病研究项目及大型人群测序项目。数据库包含基因的基本信息(基因名称、包含的变异位点个数、其他数据库的链接等);覆盖度信息(外显子测序的数据和全基因组测序的数据);变异位点的详细信息(变异位点的注释采用的是VEP软件,官方下载地址http://gnomad.broadinstitute.org/downloads -
ExAC数据库(http://gnomad.broadinstitute.org)
ExAC数据库的全称是(the Exome Aggregation Consortium),外显子组整合数据库,是gnomAD数据库的第一个版本,只包含了外显子测序的数据,该数据库旨在汇总和协调各种大规模测序项目的外显子组测序数据,并为科学界提供更广泛的摘要数据,该数据库已被整合到gnomAD数据库。
4.1000 Genomes(https://www.