cytoscape的安装以及核心基因分析

最新推荐文章于 2025-03-25 17:31:20 发布
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分类专栏： 生信学习
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本文介绍了Cytoscape的下载、安装步骤，以及如何安装和使用CytoHubba插件。在安装CytoHubba时，由于网络问题，建议直接从官方网址下载jar包进行手动安装。

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最低0.47元/天 解锁文章
RNA-seq分析：Step10（Cytoscape制作蛋白质互作网络及寻找核心基因）
沉香best的博客
09-09 2662
Cytoscape是一个生物信息学工具，用于可视化和分析分子相互作用网络。在Cytoscape软件中，输入的edges文件指的是连接节点的边缘信息，该文件包含了所有边缘的起始节点和终止节点的信息。通过同时导入edges和nodes文件，Cytoscape可以生成一个可视化的网络图，其中所有节点和边缘的属性信息可以根据需要进行调整和编辑。在寻找核心基因时，我们可以利用Cytoscape提供的网络分析工具，如度中心性、介数中心性、紧密度等指标，来计算网络中各节点的重要性，并筛选出具有重要作用的核心基因。
找工作知识储备(3)---从头说12种排序算法：原理、图解、动画视频演示、代码以及笔试面试题目中的应用
寒小阳
09-29 3万+
这里对笔试面试最常涉及到的12种排序算法(包括插入排序、二分插入排序、希尔排序、选择排序、冒泡排序、鸡尾酒排序、快速排序、堆排序、归并排序、桶排序、计数排序和基数排序)进行了详解。每一种算法都有基本介绍、算法原理分析、图解/flash演示/视频演示、算法代码、笔试面试重点分析、笔试面试题等板块，希望能帮助大家真正理解这些排序算法，并能使用这些算法的思想解决一些题。不多说了，下面就进入正题了。
基于基因芯片筛选恶性周围神经鞘瘤的核心基因和通路.pdf
07-26
基于基因芯片筛选恶性周围神经鞘瘤的核心基因和通路.pdf
组学数据分析实操系列 | （五）蛋白互作网络分析（STRING + Cytoscape）
最新发布
Specally的博客
03-25 1116
即Protein–protein interaction(PPI) network，是描述一组蛋白间相互作用关系的分析方式。因为蛋白间的相互作用关系复杂，每一个蛋白都是一个节点，多个蛋白间的相互作用连成线条就形成了网状结构，故称之为蛋白互作网络。分析蛋白互作网络的目的是什么呢？主要有两点：一方面自然是帮助我们明确蛋白之间的相互作用关系，这一点对于一些IP-MS研究很重要；另一方面，我们还能筛选出一些处于蛋白互作网络上关键节点的蛋白，这对于生物标志物的筛选具有指导意义。
网络药理学：6、零基础复现一篇生信文章：中药-成分-靶点网络/同心圆图制作（导入网络报错解决）、PPI网络制作、String数据库、Cytoscape3.8.2（相关插件CytoHubba）使用教程
shanshan的博客
09-10 4513
所以新建第二列，将前30个靶点的第二列输入为1。后面的小图，在这里我们可以双击最大值和最小值的方框，输入对应的同心圆的半径，在这里我最大输入了120，最小输入了50，可以看到网络图不同权重的节点也有了大小之分。好的，接下来，我们选择最小的一批Degree值对应的节点（相当于同心圆的第三圈），如下，遇到了一个问题，就是这第三圈同心圆的半径实在是太小了，和第二圈挨得很近。就是PPI网络图中会出现的节点，因为我们要构建的网络图是“中药-成分-靶点”的图，所以节点一共会有三种，分别是“中药”、“成分”、“靶点”。
Cytoscape软件的插件和扩展功能有哪些？
weixin_43236633的博客
01-06 1525
Cytoscape软件的插件和扩展功能有哪些？
互作网络可视化-Cytoscape简单教程
热门推荐
almostfullmoon的博客
10-19 4万+
目录 零、数据准备 1、二维关系表一维化 2、关注基因制表 3、属性文件 一、数据导入 二、图的筛选 三、图的布局 四、设置图中节点与边的样式-以及根据值大小调整 根据值相关性调整 五、图放大缩小-旋转 ​ 零、数据准备 1、二维关系表一维化 这是原表，展现菌群与样本之间的相关性的二维表 可用power query进行逆透视化，office2019已经集成在程序内 一维化结果二维表转一维表，需要选择除第一列以外的列，然后点逆透视 产生的一维表，就是包含两个节点，..
Cytoscape3.7.1安装包
09-09
Cytoscape源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起，其最强大的功能还是用于大规模蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。通过Cytoscape，...
Cytoscape使用方法(正式版本)_Cytoscape_
09-29
它提供了丰富的功能，包括网络构建、可视化、分析和应用扩展，使得研究人员能够对分子交互网络、基因调控网络以及各类复杂系统进行深入研究。Cytoscape 2.6是其早期的一个正式版本，尽管现在已有更新迭代，但了解这...
cytoscape教程
10-23
cytoscape教程，简单协助应用该教程进行绘图，可将可视化图片设置成想要的效果，易学实用。
Cytoscape_3_8_0_windows_64x安装足够用.zip
08-28
sytoscape软件安装包，JAVA软件安装包，包括安装方法，绝对省时省力。sytoscape软件是强大的生信分析软件，但是在安装使用的过程中，由于需要JRE运行环境。sytoscape_3_8以上版本，需要最低配置的jre11，需要安装JDK11以上版本，并进行环境搭建。本资源可助你快速完成，节约大量时间。
使用Cytoscape的NetworkAnalyzer工具计算网络相关属性
庐州月光的博客
11-07 1万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 在之前的文章中，介绍过igraph工具，可以通过编程处理网络数据，该工具使用与大规模，大批量数据的处理。如果只是偶尔需要分析下网络数据，采用cytoscape这种图形界面工具更加的简单便捷。 cytoscape相信很多人都用过，通常都是用来进行网络的可视化，对于分析网络的基本拓扑属性，比如计算clustering coefficient值等，在cytoscap...
wget下载整个网站
weixin_33737774的博客
01-27 101
wget下载整个网站 wget -r -p -k -np http://source.android.com, -r 表示递归下载,会下载所有的链接,不过要注意的是,不要单独使用这个参数,因为如果你要下载的网站也有别的网站的链接,wget也会把别的网站的东西下载 下来,由于互联网的特性,你很有可能会把整个互联网给下载下来 -...
cytoscape使用方法_信号通路分析工具教程——Cytoscape及OmniPath插件
weixin_39844549的博客
01-09 6291
信号通路（Signal pathway）是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。分析信号通路对于理解生物过程背后的复杂机制至关重要，从文献中捕获有关信号通路的信息对于许多生物学研究的实验设计和分析必不可少。尽管目前信号通路的资源很丰富，但现有碎片化的数据库及其在聚焦点上的差异严重阻碍了合理、全面的信号通路数据库的创建。2016年TüREI等人对人类信号通路的公共资源...
超详细Windows 10 Cytoscape安装教程
qq_45344586的博客
04-09 3万+
超详细Windows 10 Cytoscape安装教程
Cytoscape——实例
weixin_30680385的博客
07-02 1万+
本文将具体操作怎样用Cytoscape绘制网络图 Cytoscape所支持的数据格式：1.*.sif格式： nodeA<interaction>nodeB nodeC<interaction>nodeD …即文件分为三列，第一列和第三列是有相互作用关系的基因名或蛋白质名等，第二列是相互作用的名称*.sif格式简单，容易处理，但它不能规定每个节点的位置、大小、形状等。...
Cytoscape安装后无法打开
yyywxk的博客
09-21 3万+
Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，从官网下载了最新的版本 3.7.2，安装好软件后无论怎么点击都没有反应，没有任何窗口弹出或提示出现。
cytoscape插件下载_cytoscape五步曲之三：安装各种插件
weixin_28818721的博客
12-28 2839
软件安装我就不多说了，直接去官网下载即可，请务必下载3.x版本，我讲的是 最新版教程！本次讲解如何给cytoscape安装插件，cytoscape本身是一个平台，学者可以在上面开发各种各样功能的插件实现不同的分析需求，类似于R语言这个平台，人们在上面安装包一样。R里面如何安装包我博客讲了4次，基本上看完的人都会懂。而cytoscape不一样，它的插件安装非常简单！非常简单！非常简单！你只需要去cy...
Cytoscape筛选核心靶点
02-08
### 如何在Cytoscape中筛选核心靶点 #### 数据准备与导入 为了在 Cytoscape 中有效筛选核心靶点，首先需要准备好经过预处理的数据集。这通常涉及从实验数据中提取并整理出适合网络分析的表格文件。例如，在代谢组...
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