这篇博客主要介绍了如何处理clean data，通过解压后使用Trinity工具进行从头组装。在使用Trinity前，需要安装bowtie2和salmon的最新版本。作者详细阐述了安装过程，并提到在集群上批量处理作业时需要注意的软件路径问题，以及后续的序列比对和筛选步骤。
clean data解压
测序公司给出的数据都是clean data，所以可以直接进行解压
gunzip *.gz
解压之后进行组装
使用工具trinity，从头组装
使用Trinity之前需要安装bowtie2和salmon最新版本，
bowtie2安装：
sudo apt install bowtie2
salmon安装：
axel -n 20 https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.14.1/salmon-0.14.1_linux_x86_64.tar.gz
tar -zxvf salmon-0.14.1_linux_x86_64.tar.gz
cd Salmon-latest_linux_x86_64/bin
./salmon
#查看salmon版本
pwd
sudo ln -s /home/gml/software/salmon-latest_linux_x86_64/bin/salmon /usr/local
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