clean data解压
测序公司给出的数据都是clean data,所以可以直接进行解压
gunzip *.gz
解压之后进行组装
使用工具trinity,从头组装
使用Trinity之前需要安装bowtie2和salmon最新版本,
bowtie2安装:
sudo apt install bowtie2
salmon安装:
axel -n 20 https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.14.1/salmon-0.14.1_linux_x86_64.tar.gz
tar -zxvf salmon-0.14.1_linux_x86_64.tar.gz
cd Salmon-latest_linux_x86_64/bin
./salmon
#查看salmon版本
pwd
sudo ln -s /home/gml/software/salmon-latest_linux_x86_64/bin/salmon /usr/local