TargetMine - 多组学数据整合和药物靶点分析平台

简介

鉴定合适的靶点(如基因、蛋白质、非肽基因产物和信号通路)进行表征是注释基因功能、药物发现和理解各种疾病发病机制的最关键步骤之一。TargetMine是一个综合数据仓库系统，主要用于候选靶点排序和早期药物发现。TargetMine基于InterMine构建。InterMine是一个灵活有效的框架，整合了多种生物数据库，使用户只在单个入口进行查询，即能够导航到不同的生物数据库。

TargetMine整合大量公开的且经过仔细筛选的生物数据类型，使其更有助于发现潜在靶点。TargetMine支持复杂的搜索，有助于高效地进行候选靶点排序，而现有的类似工具则难以进行此类操作。此外，TargetMine还允许对列表中的基因进行快速的初步分析，从而极大地帮助理解与查询基因列表相关的各类信息。

TargetMine由日本科学家开发，其风格与KEGG类似，结果页面内容丰富。该数据库与之前介绍的 TogoID 类似，主要通过自定义数据模型，将不同来源的数据库进行整合和关联，从而能够进行进行ID转换（TogoID）或整合分析（TargetMine）。

功能

TargetMine将常用的查询组织到6个模块（INTERACTIONS，GENES，COMPOUNDS，PATHWAYS，PROTEINS，GENE ONTOLOGY）中，每个模块又包含多种查询关系。

基于以上的查询关系，可进行如下分析项：

• 靶点相关性排序
• 富集分析
• 整合信号通路分析
• 蛋白相互作用分析
• 鉴定Hub和bottleneck基因

而基于以上分析项，又可灵活应用于不同的研究方向，如：

• 给定基因列表，鉴定与之相关的所有疾病以及靶向这些基因的所有药物。
• 给定基因列表，鉴定hub和bottleneck，并找到靶向这些基因的化合物。
• 给定基因列表，检索基因列表包含的所有基因调控(如TF-target或miRNA-target关系)关联。

包含数据库

共66个各类数据库。

包括 ClinVar，dbSNP等变异数据库，ChEMBL等化合物数据库，Disease Ontology等疾病相关数据库，PubMed等文献信息，GO、KEGG等基因和信号通路注释数据库以及一些转录因子相关数据库。

使用

基本查询
在主页搜索框直接输入查询，结果页可直接输出与该查询目标相关的各种数据库中的信息。如查询KRAS基因，结果选项包含如下图所示。其左侧列表显示了每个模块包含的分析事项，右侧为每个分析项的详细结果，包括组织表达信息，相关疾病信息，GO注释结果，信号通路，相互作用和网络分析结果等。

基因列表分析

给定基因列表，鉴定与之相关的所有疾病以及靶向这些基因的所有药物。点击Upload，上传基因列表。然后再Templates中选择Gene -> Diesase 或Gene -> Compound可分别查看基因集对应的疾病和化合物。并且可在结果页上进行多种富集分析。同时提供多种相互作用分析工具，可多维度进行分析并导出结果。

候选靶点排序

主要通过整合在多个数据库中的注释结果，取交集并集实现排序。

总结

使用TargetMine分析平台可一次查询多个数据库中的关联信息，从而能够更全面地评估研究目标，减少信息遗漏。同时该平台提供多种富集分析和相互作用分析工具，可对输入数据和查询结果进行进一步分析，减少多个工具的交叉使用。

参考
https://targetmine.mizuguchilab.org/bluegenes/targetmine

Chen Y A, Allendes Osorio R S, Mizuguchi K. TargetMine 2022: a new vision into drug target analysis[J]. Bioinformatics, 2022, 38(18): 4454-4456.