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RSS订阅原创 新手自学：如何用gromacs对简单分子复合物进行伞形采样
2w字细说gromacs教程3——伞形采样。对模拟过程中可能的报错进行指出和规避。提供辅助计算和画图的python脚本，提高科研效率，新手也能看懂学废的教程。
2025-02-13 21:00:02
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原创 win版ffmpeg的安装和操作
将bin文件夹添加到用户或系统的环境变量中 ，这样可以在任意的路径下都能访问bin文件夹。这里对视频video.mp4的前9秒进行截取，输出到video9s.mp4文件中。在浏览器搜索ffmpeg在官网里找到软件并下载（不过官网很慢），建议用这个。ffmpeg是一个通过命令行将视频转化为图片的软件。有反应说明安装成功。
2024-12-27 23:36:30
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原创 Gromacs软件进行蛋白-配体体系MD模拟
学习gromacs进行模拟。教程也不一定都是对的。比如里面的水分子限制也没用到。MD很多算法，模型都不是我这个混子很看懂。只能大概知道怎么做，勉强做的知其然
2024-05-02 00:19:16
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原创 Bat 脚本实现监测程序进而定时关机
在虚拟机的ubuntu里跑模拟时，想到关机的问题，就试着用DOS命令写了这个bat脚本，并不复杂。在这里记录一点脚本注释，备忘。
2024-02-01 18:11:01
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原创 教程学习：Introduction to Structure Preparation and Visualization
对薛定谔软件的教程进行学习（更多是翻译），是基础的结构准备和可视化在软件中如何操作。
2023-07-19 23:25:26
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原创 教程学习:AutoQSAR
学习QSAR建立药效团模型，这是官网里提到的比较简单的教程，使用AutoQSAR，用IC50转化为结合力作为因变量进行回归模型的建立。
2023-07-10 17:50:52
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原创 在SwissTargetsPrediction数据库中预测成分靶点
利用SwissTargetsPrediction数据库进行成分靶点收集
2023-05-14 21:18:37
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原创 对PharmMapper数据库的研究
一点点学，大概学会如何在pharmmapper里预测成分靶点了，其实还能在swisstargetprediction里预测，然后可以取并集。
2022-11-08 11:06:04
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原创 读论文(人真皮成纤维细胞受紫外线辐射引起基因表达动态变化)
看文献吧，做个笔记，是建立紫外光照射人成纤维细胞模型，研究随辐射时间延长，细胞内基因表达动态变化的结果。乱七八糟地看一边，写了笔记吧，嗯，以上。
2022-11-05 16:14:07
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原创 卫统课笔记（摸鱼）②：T-test
今早的卫统实验课。淦，老师的投电脑投屏啥都看不到，就知道讲了三个t检验和方差齐检验。还算是中上勤快（doge）就晚上做个笔记。真服了我的老六，宿舍二人麻将还能玩一晚上（9点说了这把打完就结束，结果...果然人都是贱骨头）
2022-10-25 22:36:44
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原创 关于卫统上机课我都学了啥？？
关于我第二次卫统计算机课都学了啥（线上大型摸鱼）。就是如何利用SPSS软件输出一份数据里单变量的统计描述量，还有绘制频数图表啦。
2022-10-14 23:16:50
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原创 巴拉巴拉分子模拟里用到的PCA
要做自由能井图，在师兄的耐心教导下（笑）我会复制代码和作图了，但还不够，还得会看（他妈的），有幸看完了Sobereva老师写的文章，边看边写是最近的习惯（主要是没记性），就有了这个东西（我觉的我悟了）。
2022-10-10 20:32:14
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原创 amber教程5.3：带非标准残基的绿色荧光蛋白的MD
amber教程5.3，主要内容是讲解amber软件入额处理蛋白质内部的非标准残基，进行隐式溶剂模型的分子模拟。
2022-08-21 20:24:41
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原创 学习discovery studio对对接结果进行分析
使用discovery Studio Visualizer 2021软件进行分子对接后分析，主要是研究如何绘制和保存2D受体-配体相互作用图，虽然这个操作很简单。
2022-08-18 22:00:13
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原创 学习Autodock分子对接
看B站教程，学习用AutodockTool软件进行分子对接，主要内容是pdb转pdbqt文件，设置对接范围盒子，计算对接，查找前10个对接构象，对对接构象进行保存
2022-08-01 18:03:50
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原创 学习基因富集工具DAVID(2)
学习DAVID基因富集，主要内容是如何操作网页完成pathways的基因富集，对数据利用excel和origin软件绘制①功能注释和count柱状图；②功能注释和pvalue的柱状图
2022-07-31 19:42:04
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原创 学习DAVID数据库(1)
在学习David，一个存储生物信息的在线数据库。文章根据B站提供的DAVID教学视频，记录了如何用DAVID进行基因ID转换。
2022-07-30 17:06:44
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原创 gnuplot软件学习笔记
这段时间在B站看一些gnuplot的教学视频，记了些笔记，对绘制H键热图，dssp和free energy landscape有些帮助。
2022-07-23 16:24:47
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原创 python爬虫学习:selenium(2)
讲解如何实现对html里选择框的点击和信息查看，对javascript弹窗的操作，selenium用得到的3种时间等待机制，简单介绍了html的常见的元素
2022-07-18 18:44:44
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原创 数字验证码识别完成自动化登录
利用selenium进行自动输入数字验证码完成登录，利用pyautogui保存验证码图片，PIL进行图片的降噪处理，pytesseract完成图片数字识别，最后selenium完成信息的输入，完成自动登录。
2022-07-15 17:05:04
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空空如也
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