installation of package ‘ ‘ had non-zero exit status

一、问题背景

在配置SCENIC时运行下列代码，出现报错。

注：Linux服务器，Rstudio server

BiocManager::install(c("AUCell", "RcisTarget"),ask = F,update = F) 

二、情况描述

自动下载依赖包阶段正常，所有依赖包都成功下载。

尝试安装sys包时出错，可以正常解压，但是无法安装，显示如下，后续所有包的安装出现相同错误。根据“/bin/sh: 1: x86_64-linux-gnu-gcc: not found”这一提示找到【夜神兔】的解决方案，链接如下：(14条消息) /bin/sh: 1: x86_64-linux-gnu-gcc: not found_夜神兔的博客-CSDN博客

所以根本原因在于没有安装gcc编译器[1]。

操作中的顾虑是师兄之前提到用conda管理所有环境，不能用apt。本人对这两个包管理的方法不是很熟悉，改天详细理一理这两者之间的问题。 

在Linux终端执行下列代码，采用apt配置gcc等环境

sudo apt update
sudo apt install build-essential

在终端输入下列代码查找g++、gcc、c++的情况（因为重启R之后仍然出现原先的问题）,可找到对应文件，输出如下图

find ~ -name "x86_64-conda-linux-gnu-g++"
find ~ -name "x86_64-conda-linux-gnu-c++"
find ~ -name "x86_64-conda-linux-gnu-gcc"

 至此需要重新启动Rstudio，师兄的说法如下：

ps aux | grep rserver | grep -v "grep rserver" | awk '{print $2}' | xargs kill -9
sudo rstudio-server restart

尝试之后的结果是，包是可以安装了，但是Rstudio上R的版本掉到了3.6.（欸先凑活着用吧，过几天再试试把它升回去）

更改Rstudiosever中R版本的问题，可以再xftp中找到rstudioserver的配置文件（位置在/etc/rstudio/rserver.conf），直接添加rsession-which-r变量

rsession-which-r=R新版本的位置

错误的循环：最终又以仅有gnu-cc：not found的形式出现了（没有了c++,g++&gcc的报错）

检查：发现c++,g++，gcc和cc的代码都是在相同的位置，没有差别。问题应该出Rstudio还没有找到这几个编译器，所以采用的方法是将编译器所在的位置添加到路径之中，这里采用的是stackoverflow上解决办法[2]：​​​​​Unable to compile R packages in Ubuntu Conda environment: x86_64-conda-linux-gnu-c++: not found - Stack Overflow

经过检验，部分包可以安装了，但是仍然会有出现报错的情况，如下：

尝试重新安装第一个无法安装的包，可见如下报错：

 在这种情况下还是得耐心点慢慢看

Q1:前三行的内容？

Found pkg-config cflags and libs!
Using PKG_CFLAGS=-I/usr/include/x86_64-linux-gnu
Using PKG_LIBS=-lcurl

  “在用第三方库的时候，经常会用到pkg-config这个东西来编译程序”[3]

  “使用pkg-config时，选项--cflags 它是用来指定程序在编译时所需要头文件所在的目录；选项 --libs则是指定程序在链接时所需要的动态链接库的目录。”[4]

    而libcurl是一个跨平台的开源网络协议库[5]，也就是一个第三方库，结合上面的信息也就Make sense了。

    尝试使用下列命令安装，显示已经存在（注：libcurl4-openssl-dev不是包，是一个linux 库）

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

    上述情况说明libcurl4-openssl-dev已经存在了，所以是路径的问题。

    注：本次提及的问题在stackoverflow上有完全相同的问题：r - 配置失败，因为找不到 libcurl - 堆栈溢出 (stackoverflow.com)

     但是上面提到的都是本地编译，可以尝试使用conda安装libcurl，代码如下：

conda install libcurl

     而后查看环境变量

echo $PKG_CONFIG_PATH
echo $PATH

        发现PKG_CONFIG_PATH为空，没有libcurl.pc文件；并且pkg-config不在path中。

     该链接可以解决部分问题，可以通过这个方式安装curl，但是后来仍然有十几个包安装不了。

分享一个装 R 包出错案例 - 简书 (jianshu.com)

    最终的解决方案是用动态链接将缺失的库拉过去，但是仍存在个别无法本地编译的包。建议用conda进行包的管理。

     

四、总结

[1]GCC（GNU Compiler Collection，GNU编译器套件）是由GNU开发的编程语言译器。GNU编译器套件包括C、C++、 Objective-C、 Fortran、Java、Ada和Go语言前端，也包括了这些语言的库（如libstdc++，libgcj等。）

[2]stackoverflow上另一个回答也是有参考意义的，可以对照着看看。链接如下：

conda - rstudio-server error： /bin/sh： x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc： 命令未找到 - Stack Overflow

[3]pkg-config原理及用法 - stardsd - 博客园 (cnblogs.com)

[4](16条消息) pkg-config --cflags --libs_rtoax的博客-CSDN博客

[5](16条消息) libcurl 使用方法简介_wusc'blog的博客-CSDN博客_libcurl