R语言数据分析视界-CSDN博客

原创 R语言ggHoriPlot包绘制地平线图

这张图表展示了不同体育活动在一天中的高峰时段。颜色深浅代表了活动强度的相对峰值。通过这张图表，我们可以清晰地看到各项活动在一天中不同时间段的分布情况。根据处理后的数据生成初步图表，展示不同体育活动在一天中的分布情况。首先，从TSV文件中读取数据，并进行数据清洗和处理。进一步美化图表，使其更具吸引力和可读性。

2024-06-13 14:05:16 611

原创 ggpicrust2包：简化和直观化微生物功能预测分析

是一个强大的R语言包，旨在简化和直观化PICRUSt2输出的分析。通过预定义的图表和函数，研究人员可以轻松生成关于微生物功能预测的统计图，并提供丰富的自定义选项。本文将演示如何使用ggpicrust2包进行分析和可视化。

2024-06-11 12:56:22 1361 2

原创探索ggh4x包：使用ggplot2扩展包创建多功能图形

ggh4x包是一个ggplot2扩展包。它提供了一些实用函数，这些函数并不完全符合“图形语法”概念——它们可能有点hacky——但仍然可以在调整ggplots时非常有用。例如，调整facet的大小、将多个美学映射到颜色以及为facet指定单独的比例尺。此外，它还是一小部分几何对象geomsfacets、位置positions、指南guides和统计信息stats。

2024-06-03 08:30:14 432

原创 R语言ggplot2包绘制高端堆积柱状图

大家好，今天我将介绍如何使用ggplot2包绘制高端堆积柱状图。本次绘图灵感来源于下面这篇文章，之所以复现这张图，有这么几个原因：配色，看着很舒服的配色方案细节：重点基因斜体加粗显示主题：theme_cowplot的运用上面的代码在结合element_text和ifelse，实现了重点基因的选择性加粗展示。。

2024-05-30 08:51:34 886

原创 ggplot2/ggpubr包：绘制配对箱线图、配对小提琴图和配对点图

数据信息：ID是TCGA的barcode，Group是肿瘤与对照样本，paired是配对的barcode信息，Expression则是目标基因的表达量。geom_boxplot(outlier.size = 0.5) 和 geom_point(size = 0.5)大家好，今天我将介绍如何使用R语言ggplot2包和ggpubr包绘制分组/分面配对图的方法。这两个函数中散点大小需要保持一致。这里的分组差异展示方式为*号。

2024-05-29 16:15:26 1605

原创 PCoA+boxplot：宏基因组扩增子组间差异分析（Beta多样性组合图）

在这一点上，我们注意到上图的水平轴和右侧图的垂直轴与主图的轴线并不完全对应。因此，如果我们继续使用这些图形，应该保留上图和右侧图的刻度线。如果用户需要完全对应的刻度线，则需要进一步控制坐标轴。实现分析和可视化，我个人推荐大家用这个包来进行微生物常见的分析，真的会节约大量时间。这里我们首先计算了beta距离，然后执行了PCoA分析；进行beta多样性分析，并进行PCoA+boxplot组合图展示。实现，有必要的话我会单独写一篇，欢迎大家与我讨论。当然，本期的分析内容也可以通过。

2024-05-29 16:13:34 514

原创 Tax4Fun2分析：基于16S数据预测微生物群落的功能（R语言一句代码搞定）

本期我们介绍基于16S rRNA基因序列的功能预测工具，可以用于预测特定生境中的。Tax4Fun2的工作流程如下：首先，16S rRNA基因序列将与Tax4Fun2提供的参考序列进行比对，以找到最近的近缘序列。如果用户提供了自定义数据，还将额外将16S rRNA基因序列与用户添加的序列进行比对。如果两次搜索结果都有显著的匹配，将优先选择用户数据中的最近近缘序列。然后，根据最近近缘序列的搜索结果，对每个样本的OTU（操作分类单元）丰度进行总结。

2024-05-29 16:11:10 1239

原创 R语言ggplot2优雅的绘制高端气泡图

大家在分析绘图的时候是否看到过类似这样的图片，该图在气泡图的基础上增加了文本信息，属于“表格+图片”组合体，大家好，今天我将介绍如何使用R语言ggplot2包绘制精美的文本表+气泡组合图。现在整体效果看上去舒服多了~

2024-05-29 16:09:04 1743 1

原创跟着Nature学作图：R语言ggridges包绘制峰峦图

大家好，今天我将介绍如何使用R语言ggridges包绘制峰峦图。近期在做数据分析项目时，再一次遇到了图片组合繁琐的问题；

2024-05-29 16:06:26 550

原创 FAPROTAX分析：R语言实现微生物群落功能注释分析及可视化

FAPROTAX包括一个软件，用于根据样本中确定的分类群，将分类微生物群落特征（例如，以OTU表的形式）转换为假定的功能特征。是美国俄勒冈大学生物学系Louca实验室开发的一个数据库，该数据库利用当前有关培养菌株的文献，将原核分支（如属或种）映射到已建立的代谢或其他生态相关功能。快速识别具有特定代谢表型（例如所有已知或假定的产甲烷菌）的样本中的分类群。用于功能社区分析的环境鸟枪测序（宏基因组学）的廉价替代品。补充宏基因组学，例如解决社区基因内容解释中的歧义。，结合功能注释分析，有助于找到核心的特征微生物。

2024-05-29 16:01:40 1858 2

原创跟着Nature学分析：R语言ggplot2包绘制高端组合图

'>", variable, "" 是一段用于创建一个带有指定颜色的标签。通过将这两个变量与一些HTML标签和样式属性组合在一起，可以生成一个具有指定颜色的标签。在这个特定的代码段中，使用了标签和 color 样式属性来设置标签的颜色。大家可以看到：原文图中有三组Y文本非黑色字体，这个并非P图实现，而是通过【ggtext包】实现，因此我们在绘图前需要对数据分组颜色进行赋值。函数，实现了Y轴字体颜色的映射，这是一个很好的绘图技巧，能增加图形的美观程度。

2024-05-29 15:56:46 684

原创跟着Cell学作图 | R语言绘制多组差异火山图

如果我们想看所有分组之间差异情况，就需要绘制多个火山图。接下来，我们对数据进行处理，剔除不显著的数据。我们使用mutate函数创建一个新的列"change"，根据给定的条件给基因分类为"Up"（上调）或"Down"（下调），并过滤掉"No change"的基因。为了突出显示每个火山图分组中最显著的差异基因，我们使用top_n函数，选取每个分组中表达差异最显著的10个基因。相信大家对火山图的绘制方法已经并不陌生，我们前面的推文也有介绍过。这些数据用于绘制背景柱状图，以突出显示每个分组的表达差异范围。

2024-05-29 15:50:59 2038 2

原创随机森林分析：R语言轻松实现微生物组随机森林分析及重要变量的选择

在随机森林中，MeanDecreaseGini表示每个特征对于模型的准确性的贡献程度。通过绘制柱状图，可以直观地展示每个特征的重要性排序，从而帮助识别哪些特征对于预测结果最为关键。同时绘制丰度图可以展示不同分类单位在微生物组中的相对丰度，从而帮助了解微生物组的组成特征。微生物组的随机森林分析可以用于研究微生物组的组成和功能与其他因素（如分组情况、疾病状态、环境因素等）之间的关联关系。这里我们制定分类的变量为“Group”，分类水平为“Genus”水平。欢迎来到R语言数据分析视界。今天我来介绍微生物组执行。

2024-05-29 15:24:04 1136

原创 LEfSe分析：R语言一句代码轻松实现

如果您对LEfSe的更多功能和应用感兴趣，建议您查阅相关文献或官方文档（Tutorial for R microeco package (v0.17.0) (chiliubio.github.io)），深入了解其更多的应用细节和参数设置。microeco包是一个功能极其强大的微生物管道包，几乎可以做所有常见的微生物组下游分析，并且最最最重要的一点是，可视化图都是【这也是大多数功能强大的R包所具有的的共同特点，第一步数据对象搞定之后，后续的分析往往很简单！】，可以充分的满足大家的图片的个性化需求。

2024-05-29 15:16:44 2935 22

原创 R语言ggplot2包绘制哑铃图

为 2014 和 2013 的数据分别筛选出来，并将它们合并成新的数据集。最后，将列重命名为 "area_name"、"pct_2014" 和 "pct_2013"。参数设置了线的颜色、粗细、点的颜色和指导线的长度。函数保存了绘制的图形到名为 "pic.png" 的文件中，指定了图形的宽度和高度。函数进一步调整了图的样式，包括背景颜色、网格线、轴标记和图例位置。列，其值分别为 "2014" 和 "2013"，并将。函数设置了 x 和 y 轴的标签为 NULL。列转换为因子，并按唯一值的顺序设置其水平。

2024-05-29 15:05:46 1038

原创 R语言绘制分区域网络图

函数创建了基本的图形，并指定了手动布局的 x 和 y 坐标。函数创建了基本的图形，并指定了手动布局的 x 和 y 坐标。参数指定了不同的边的过滤条件，并设置了颜色、透明度和线宽。参数指定了不同的边的过滤条件，并设置了颜色、透明度和线宽。参数指定了不同的边的过滤条件，并设置了颜色、透明度和线宽。参数指定了节点的级别，设置了节点的形状、填充颜色和大小。参数指定了节点的组别，设置了节点的形状、填充颜色和大小。参数指定了节点的组别，设置了节点的形状、填充颜色和大小。函数设置了图形的主题样式，包括节点和边的样式。

2024-05-29 15:03:48 1094

原创 ggside包：边际组合图的简易语法

包被设计用来让用户能够轻松地为他们的 ggplot 图表添加元数据。虽然使用geom_tile或其他几何对象添加元数据信息并不是非常困难，但将这些几何对象定位到主图表之外可能会让用户感到沮丧。此外，如果用户想要使用带有fill美学的颜色指南，那么当一个图层使用离散比例尺而另一个使用连续比例尺时，他们可能会遇到冲突。让我们看一个使用dplyr来总结diamonds数据集的非常简单的示例。#>#>#>使用允许将美学映射到一个独立的比例尺上，这也可以通过函数来控制（稍后会详细介绍）。

2024-05-29 14:52:59 789

原创 R语言ggplot2包绘制网络地图

这段代码的整体作用是在世界地图上绘制节点和节点间的连接线，并且附加文本标签，适用于展示网络、路径或者其他地理相关的数据。点的形状设为21（带边框的圆形），填充颜色为白色，边框颜色为黑色，边框宽度为0.5。: 设置一个固定比例的坐标系，确保纬度和经度的比例一致，通常用于地图数据以保持比例正确。参数，这用于设置X轴和Y轴的显示范围，可以用于聚焦到地图的特定部分。: 添加文本层，用于绘制节点旁的文本标签。: 设置节点大小的连续比例尺，范围从1到6，不显示图例。，这表示不显示图例，之前的代码中默认可能显示图例。

2024-05-29 14:47:34 1274

原创 R语言ggplot2包绘制世界地图

这张地图展示了全球各国申请工作签证的平均成本，单位为2019年的美元。深色区域表示成本较高的国家，特别是撒哈拉以南非洲和南亚地区，这些区域的平均成本显著高于其他地区。首先，从CSV文件中读取数据，并计算各国每日收入的平均签证成本。包进行地图绘制，采用自定义主题和配色方案，确保地图清晰、美观。将处理后的数据与世界地图数据进行合并，以便在地图上进行可视化。根据处理后的数据生成初步地图，展示全球各国工作签证的平均成本。进一步美化地图，使其更具吸引力和可读性。

2024-05-29 14:41:52 1267

原创 skimr包：紧凑且灵活的数据摘要

虽然这不是在编写关于skimr的小册子之外的常见用例，但你可以通过添加代码块选项来回退到默认的打印方法。你还可以通过设置代码块选项来禁用skimr摘要。你可以通过更改代码块选项来改变生成统计列中显示的数字位数。

2024-05-10 11:10:16 627 2

原创跟着Nature学作图：ggplot2包绘制森林图/误差棒图

用于表示测量数据的中心趋势和误差范围。它通常包括一个表示中心趋势（如均值或中位数）的点，以及表示误差范围的线段或区域。误差范围可以表示标准差、标准误差、置信区间等。用于可视化多个研究结果或效应估计及其置信区间。它通常以垂直线段表示每个效应估计的置信区间，并根据效应估计的大小进行排序。森林图常用于荟萃分析和医学研究中。大家好，今天我将介绍如何使用R语言ggplot2包绘制个性化误差棒图和森林图。函数增加图层，用来映射三种不同的绘图背景，这也是一个不错的绘图技巧~函数用于绘制误差棒图。函数用来绘制森林图；

2023-07-24 10:53:34 4649

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