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原创 scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, ... : line 143 did not have 125 elements
群友问题:如题。
2024-07-18 19:57:53 255
原创 边缘密度分布图 | ggExtra包/aplot拼图/ggpubr包 等的实现方法
【代码】边缘密度分布图 | ggExtra包/aplot拼图/ggpubr包 等的实现方法。
2024-06-02 21:25:28 527
原创 R语言 | 安装ggpubr R包时编译语句中出现 WARNING: ignoring environment value of R_HOME 而报错
我认为R包原作者们是写错了,应该去掉R_HOME外的圆括号,还原它为一个普通变量名。
2024-06-02 20:49:10 830
原创 ggplot2 画热图:geom_tile
👏🏻然后我这里使用了aplot包将上述三个元素拼到一起,形成了完整的热图。✅小方格可以用ggplot2中的geom_tile()函数来画。✅聚类树可以用ggtree()函数来画。✅分组条形图也是一样。
2024-05-22 11:21:39 472
原创 centOS7.9| 无root安装 openssl 1.1.1
能找到了,说明可以编译安装 python3.10 了。见之前的博客: 无root编译安装 gcc12。配置环境变量 PKG_CONFIG_PATH。#返回空行,说明编译时还是找不到。查看.pc文件:新增了前三个。
2024-04-24 14:00:57 811
原创 单细胞测序没有中性粒细胞?
建库流程需要特别注意,参考10x官网:https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/tutorials/cr-tutorial-neutrophilshttps://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/articles/360004024032-Can-I-process-neutrophils-or-other-granulocytes-using-10x-Single-Cell-applications-
2024-01-03 17:15:18 522
原创 单细胞 拟时序分析 | diffusionMap
DiffusionMap (扩散映射)是一款R软件,通过高斯模型和马尔科夫模型,把单细胞(scRNA)表达矩阵的非线性结构映射为连续性结构,并关联至对应细胞分组。数据计算主要包括以下几步:A.由四种不同细胞类型组成的 n × G 单细胞表达矩阵。矩阵右侧的最后一列代表每个细胞的类型;B.在G维基因空间中,由高斯函数表示每个细胞。由于高斯波干扰,具有相对高概率密度的连续路径在数据流形上形成扩散路径;C.计算 n × n 的细胞间马尔可夫转移概率矩阵;
2023-12-31 15:50:46 977
原创 ggplot2 | line plot 分组及均值线:聚类后的表达变化趋势图
【代码】ggplot2 | line plot 分组及均值线:聚类后的表达变化趋势图。
2023-12-25 10:15:56 944
原创 pie plot | ggplot2 画饼状图,排序并标注文字
难点,如何保证饼图的顺序?难点2,如何保证饼图顺序和文字顺序一致?解决方法:设置分类变量为因子。
2023-12-22 15:41:17 762
原创 heatmap | cell cycle genes in Seurat
目的:使用bulk 数据,查看HeLa 双胸苷阻断法 细胞同步化 释放 [0, 3, 4.5, 6, 9, 10.5, 12, 15, 18, 19.5, 21, 22.5, 25.5, 30] 小时后 cell cycle 基因的表达情况。
2023-11-18 20:10:55 217
原创 ssh key 免密登录报错: Permission denied (publickey,gssapi-keyex,gssapi-with-mic).
可能是无法找到本地私钥,如果默认不是 C:\Users\admin.ssh\id_rsa_193\id_rsa ,就需要在登录时使用。明确给出 本地私钥的路径。
2023-11-14 16:42:40 442
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