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原创 scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, ... : line 143 did not have 125 elements
群友问题：如题。
2024-07-18 19:57:53
248
原创 边缘密度分布图 | ggExtra包/aplot拼图/ggpubr包 等的实现方法
【代码】边缘密度分布图 | ggExtra包/aplot拼图/ggpubr包 等的实现方法。
2024-06-02 21:25:28
517
原创 R语言 | 安装ggpubr R包时编译语句中出现 WARNING: ignoring environment value of R_HOME 而报错
我认为R包原作者们是写错了，应该去掉R_HOME外的圆括号，还原它为一个普通变量名。
2024-06-02 20:49:10
801
原创 ggplot2 画热图：geom_tile
👏🏻然后我这里使用了aplot包将上述三个元素拼到一起，形成了完整的热图。✅小方格可以用ggplot2中的geom_tile()函数来画。✅聚类树可以用ggtree()函数来画。✅分组条形图也是一样。
2024-05-22 11:21:39
453
1原创 centOS7.9| 无root安装 openssl 1.1.1
能找到了，说明可以编译安装 python3.10 了。见之前的博客: 无root编译安装 gcc12。配置环境变量 PKG_CONFIG_PATH。#返回空行，说明编译时还是找不到。查看.pc文件：新增了前三个。
2024-04-24 14:00:57
809
原创 单细胞测序没有中性粒细胞？
建库流程需要特别注意，参考10x官网：https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/tutorials/cr-tutorial-neutrophilshttps://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/articles/360004024032-Can-I-process-neutrophils-or-other-granulocytes-using-10x-Single-Cell-applications-
2024-01-03 17:15:18
521
原创 单细胞 拟时序分析 | diffusionMap
DiffusionMap （扩散映射）是一款R软件，通过高斯模型和马尔科夫模型，把单细胞（scRNA）表达矩阵的非线性结构映射为连续性结构，并关联至对应细胞分组。数据计算主要包括以下几步：A.由四种不同细胞类型组成的 n × G 单细胞表达矩阵。矩阵右侧的最后一列代表每个细胞的类型;B.在G维基因空间中，由高斯函数表示每个细胞。由于高斯波干扰，具有相对高概率密度的连续路径在数据流形上形成扩散路径;C.计算 n × n 的细胞间马尔可夫转移概率矩阵;
2023-12-31 15:50:46
960
原创 ggplot2 | line plot 分组及均值线：聚类后的表达变化趋势图
【代码】ggplot2 | line plot 分组及均值线：聚类后的表达变化趋势图。
2023-12-25 10:15:56
939
原创 pie plot | ggplot2 画饼状图，排序并标注文字
难点，如何保证饼图的顺序？难点2，如何保证饼图顺序和文字顺序一致？解决方法：设置分类变量为因子。
2023-12-22 15:41:17
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原创 heatmap | cell cycle genes in Seurat
目的：使用bulk 数据，查看HeLa 双胸苷阻断法 细胞同步化 释放 [0, 3, 4.5, 6, 9, 10.5, 12, 15, 18, 19.5, 21, 22.5, 25.5, 30] 小时后 cell cycle 基因的表达情况。
2023-11-18 20:10:55
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原创 ssh key 免密登录报错: Permission denied (publickey,gssapi-keyex,gssapi-with-mic).
可能是无法找到本地私钥，如果默认不是 C:\Users\admin.ssh\id_rsa_193\id_rsa ，就需要在登录时使用。明确给出 本地私钥的路径。
2023-11-14 16:42:40
435
空空如也
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