R语言-配对T检验-配对连线图（Paried_line plots），也称为前后配对图（Before-after plots）

已于 2024-01-10 17:56:55 修改
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分类专栏： 神经影像合集-Freesurfer/FSL/R/python R语言数据分析/可视化/机器学习/临床预测模型 磁共振数据分析/临床预测模型/机器学习/深度学习 文章标签： r语言 开发语言
于 2024-01-09 21:32:45 首次发布
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版权
本文介绍了如何使用R语言进行配对T检验，并展示了创建配对连线图（前后配对图）的方法，通过这种图表可以直观地比较数据前后的变化情况。
摘要由CSDN通过智能技术生成

在这里插入图片描述

rm(list=ls())
library(ggstatsplot)
#remove.packages(c("vctrs", "dplyr"))
#install.packages("dplyr")
library(ggplot2)
library(RColorBrewer
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在R语言中，`ordiplot()`函数通常用于执行多元 correspondence analysis (OMCA) 或 ordination plots，类似于多元主成分分析（PLS-DA），它是偏最小二乘判别分析（Partial Least Squares Discriminant Analysis）的版本。对于PLS-DA后的置换检验，我们一般会检查得分图中的显著差异点，这通常涉及到统计软件如PerMANOVA（基于距离矩阵的方差分析）。 以下是一个简单的例子，展示了如何使用`plspm`包来进行PLS-DA分析并绘制得分图，以及使用`vegan`包进行替换检验： ```R # 首先确保已安装所需包 install.packages("plspm") # 如果未安装 install.packages("vegan") # 加载数据集（假设你的数据是data） data <- read.csv("your_data.csv") # 使用plspm进行PLS-DA模型训练 library(plspm) model <- opls(data[, -1], data[,1]) # 假设第一列是类别变量 # 计算得分并查看结果 results <- resid(model) # 可视化得分图 library(ggbiplot) ggbiplot(results, type = "p", groups = data[,1]) # 进行置换检验 library(vegan) permdisp(results$loadings, nperm = 999) # 对加载向量进行替换检验，默认999次随机模拟 # 检查结果，通常会返回一个P值，小于0.05可能表示有显著差异 ``` 注意，以上代码示例假设你有一个名为"data.csv"的数据文件，并且已经准备好了分类变量作为因变量。`resid()`函数获取残差矩阵，`ggbiplot()`用于创建得分图，而`permdisp()`则用于置换检验。
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