基因数据处理7之BWA_MEM运行太长

最新推荐文章于 2024-07-13 19:58:46 发布
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分类专栏： 基因数据处理 文章标签： BWA_MEM
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基因数据处理7之BWA_MEM运行太长

hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ bwa mem GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna SRR003161.fastq >SRR003161b.sam
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 261 ALT contigs
[M::process] read 17040 sequences (10000385 bp)...
[M::process] read 17736 sequences (10000450 bp)...
^C

太慢了，可能是数据集太大了......

待会看源码：

bwa_idx_load_from_disk

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安装与使用bwa和samtools的步骤
ykudingcha的博客
08-25 5881
export PATH=/home/zach/samtools/to/install/bin:$PATH >> ~/.bashrc #设置samtools的环境变量。./configure --prefix=/where/to/install #等号后面更改为你想要安装samtools的路径。得到bwa-master.zip，然后进入保存该文件的目录，用命令unzip bwa-master.zip对其解压。cd ./samtools #进入目录./samtools。...
标题：下一代DNA序列比对利器——`bwa-mem2`
gitblog_00068的博客
05-18 476
标题：下一代DNA序列比对利器——bwa-mem2 项目地址:https://gitcode.com/bwa-mem2/bwa-mem2 1. 项目介绍 bwa-mem2是一个由bwa原作者Heng Li支持的全新版本，它不仅保持了与原始bwa-mem算法相同的精确度，还在速度上实现了显著提升，最高可达3.1倍。这个工具专为生物信息学研究者设计，用于高效地比对大规模的基因组测序数据。 2. 项目技...
bwa序列比对
qq_27390023的博客
10-06 4994
BWA主要用于把基因组测序数据比对到参考基因组上，由三种类似算法组成：BWA-backtrack，BWA-SW和BWA-MEM。首推BWA-MEM。 1. 建立索引 bwa index hg38.fa 注：在同一目录下生成以hg38.fa为前缀的5个文件，输入不能是.gz压缩文件。索引建立好了，bwa比对时不再需要原始的hg38.fa 文件。 2.用默认参数比对 # SE （single end） bwa mem hg38.fa test.fq.gz > test_se.sam bw.
生信软件26 - BWA-MEM比对算法性能更好的bwa-mem2
最新发布
LittleComputerRobot的博客
07-13 1017
bwa-mem算法的下一个版本， 英特尔并行计算实验室的Vasimuddin Md和Sanchit Misra开发完成的，相比于bwa-mem速度快1.3-3.1倍。
速度更快、适用于批量运行的bwa-mem
friendxuan的专栏
05-10 1376
我们在bwa-mem2的基础上，利用共享内存技术，实现了速度的略微提升和进程占用的物理内存的极其明显优化，使得批量运行时，内存不再是需要过多考量的因素。
linux系统下如何运行bwa,bwa的使用方法 | Public Library of Bioinformatics
weixin_39520880的博客
05-02 728
bwa的使用需要两中输入文件：Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna)Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index Filebwa index -a bwtsw refere...
基因数据处理9之BWA小数据集测试（成功）
Keep Learning
03-12 2270
基因数据处理9之BWA小数据集测试（成功） hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/data_HDFS/GRCH38/GCA_000001405.15_GRCh38/test20160310$ cat SRR003161.fastq |head -20 >SRR003161h20.fastq hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo
bwa安装及使用v0.7.17（生物信息学工具-018）
weixin_44874487的博客
04-30 3568
BWA是一个用于将DNA序列比对到大型参考基因组（如人类基因组）的软件包。它包含三种算法：BWA-backtrack、BWA-SW和BWA-MEM。第一个算法设计用于 Illumina 测序读取长度最长为100bp，而后两个用于更长序列，范围从70bp到几百万碱基。BWA-MEM和BWA-SW具有类似的特性，如支持长读取和嵌合比对，但通常建议使用BWA-MEM，因为它更快、更准确。对于70-100bp的Illumina读取，BWA-MEM的性能也比BWA-backtrack更好。
bwa基因比对程序
03-16
在基因组研究中，BWA是广泛使用的比对软件之一，尤其在全基因组测序数据分析中扮演着关键角色。其核心算法基于Burrows-Wheeler变换（BWT）和suffix array，这两种数据结构和算法结合使得BWA能够快速地处理大量短读...
基因组工程和分析软件_Python_JavaScript_下载.zip
04-04
3. 对齐：将测序数据比对到参考基因组或组装的基因组上，如BWA-MEM、Bowtie2等。 4. 变异检测：检测与参考基因组的差异，包括SNP（单核苷酸多态性）、INDEL（插入/缺失）等，如GATK、FreeBayes。 5. 功能注释：识别...
python基因差异分析_玉米RNA-seq测序数据差异基因分析
weixin_39775029的博客
12-06 1059
原标题：玉米RNA-seq测序数据差异基因分析huanying今天给大家分享一个非常棒的玉米转录组的流程分析。原文作者是cxge，首发于omicshare论坛，阅读原文可跳转至本文的帖子哦~软件及参考基因组BWA, Samtools, Hisat2, HTseq, gffcompare, Stringtie, Ballgown，RB73-V3, B73-V4(Enzampl database)流程...
用于处理fastafastqtable格式数据的工具集。通常它们是perl脚本。_Perl_R_下载.zip
04-26
2. **比对**：将reads比对到参考基因组，如使用BWA-MEM或Bowtie2。 3. **排序和指数化**：使用SAMtools对比对结果进行排序并创建索引，便于后续分析。 4. **变异检测**：通过GATK或FreeBayes进行单核苷酸变异（SNV）...
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基因数据处理57之BWA-MEM运行single-end(1千万条100bp的reads)
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12-18 1067
``` hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ bwa mem GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fasta g38L100c10000000Nhs20.fq > g38L100c10000000Nhs20.bwamem.sam [M::bwa_idx_load_from_disk] rea
基因数据处理8之BWA_MEM小数据集处理（成功）
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03-12 4250
基因数据处理7之BWA_MEM小数据集处理 环境：ubuntu14.04 6G内存 参考基因：GRCH38 来源请参考【1】 fastq数据：SRR003161.fastq 的头20行，即5条reads 操作记录： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310$ cat SRR003161.fastq |head -20 >S
基因数据处理14之BWA三种方式bwa、BWA_SW、BWA_MEM使用
Keep Learning
03-13 1万+
1.构建索引： bwa index ref.fa 或者从ftp下载，请参考【1】 2.BWA： bwa.sh为脚本文件 hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test20160310/bwa3sh$ cat bwa.sh #!/bin/bash bwa aln ../GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.
基因数据处理54之bwa-mem运行paird-end（1千万条100bp的reads）
Keep Learning
12-18 2012
指令：```hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ bwa mem GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fasta g38L100c10000000Nhs20Paired1.fq g38L100c10000000Nhs20Paired2.fq >g38L100c10000000Nhs20Pai
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