本文详细介绍了BWA-MEM算法，包括BWT变换、FM-index数据结构、seed-and-extend策略以及带状动态规划的种子扩展。算法核心涉及精确匹配、后缀数组、OCC数组的存储优化，旨在高效进行DNA序列比对。
- BWA-MEM算法整体流程如下：
1 读入 bwt、options、reads；
2 利用mem_chain生成chain；
3 利用mem_chain_flt过滤掉部分chain；
4 利用mem_chain2aln生成比对结果元数据。
BWA采用seed-and-extend策略。在seed阶段，BWA取read的碱基片段在reference上进行精确匹配，并选择满足一定匹配次数和长度要求read片段作为seed，这个阶段算法的核心是基于FM-index的精确匹配；在extend阶段，BWA利用Smith-Waterman算法将seed在read和reference上向两边延伸比对（容忍gap），进而找到整个read在reference上符合条件的全局匹配。
- BWT变换
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