安装与使用bwa和samtools的步骤

下载bwa对比软件：https://github.com/lh3/bwa

 得到bwa-master.zip，然后进入保存该文件的目录，用命令unzip bwa-master.zip对其解压

rm -rf bwa-master.zip将zip文件删除，进入到bwa-master中，输入命令make

输入./bwa  可以查看帮助信息

配置bwa的环境变量：

① nano ~/.bash_profile    #设置一些环境变量，设置完后按ctrl+x 、yes和tab

然后输入以下代码设置环境变量：

export PATH=$PATH: /where/to/install/bin

source ~/.bash_profile     #在命令行输入，意思为保存文件

如果遇到  bash: ./xx: Permission denied  解决方法，即输入以下代码：

sudo chmod 777 ~/.bash_profile 

② vim  /etc/profile    #另一种设置环境变量的方式

export PATH=/home/zach/bwa:$PATH   #输入环境变量，ctrl+x

source /etc/profile    #保存