医工所
Mario cai
萌新一个
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利用pytorch的载入训练npy类型数据代码
utilsimport osimport sysimport jsonimport pickleimport randomimport imageioimport numpy as npimport torchfrom tqdm import tqdmdef train_one_epoch(model, optimizer, data_loader, device, epoch): model.train() loss_function = torch.nn.C.原创 2022-03-19 16:19:20 · 5279 阅读 · 0 评论 -
深度学习中对各模块总结
关于BN层的理解【深度学习】深入理解Batch Normalization批标准化 - 郭耀华 - 博客园原创 2022-03-03 13:37:55 · 532 阅读 · 0 评论 -
医学图像的数据预处理
import numpy as npimport torchio as tiofrom torch.utils.data import DataLoaderimport torchimport nibabel as nibfrom torchio.transforms import ( RandomFlip, RandomAffine, RandomElasticDeformation, RandomNoise, RandomMotion, Ran.原创 2022-02-21 12:35:04 · 1380 阅读 · 1 评论 -
NII文件和nrrd文件的随意转换
import osfrom glob import globimport numpy as npimport vtkdef readnrrd(filename): """Read image in nrrd format.""" reader = vtk.vtkNrrdReader() reader.SetFileName(filename) reader.Update() info = reader.GetInformation() retur.原创 2022-02-20 15:28:19 · 2634 阅读 · 2 评论 -
影像组学特征提取工具
pyradiomics官方文档学习(2)--Hello Feature Class - 简书大佬的笔记,包含代码和使用说明Welcome to pyradiomics documentation! — pyradiomics v3.0.1.post11+g03d23f7 documentationpyradiomics官网原创 2022-01-10 09:20:02 · 536 阅读 · 0 评论 -
多个单张IMA转一个nii
前言在使用私有的数据集进行深度学习工作时,往往需要对dicom数据序列进行预处理。由于dicom文件格式的多样性,在原始的数据下进行诸如查看和打标签的工作变得困难。本文将介绍如何使用dcm2niix这个工具进行dicom到nii.gz格式的转换。测试环境:Windows10 + python3工具准备可以直接下载工具包,选择相应的系统版本即可:https://github.com/rordenlab/dcm2niix/releases也可以使用MRIcroGL 中集成的dcm2niix工具转载 2021-12-15 10:35:33 · 1157 阅读 · 1 评论 -
医疗图像ROI区域根据标注自动提取
import numpy as npimport torchio as tiofrom torch.utils.data import DataLoaderimport torchimport nibabel as nibz=0while z<999: z = z+1 subject = tio.Subject( chest_ct=tio.ScalarImage(fr'C:\Users\Admin\Desktop\EGFR total\EGFRzhon.原创 2021-12-09 13:19:32 · 2315 阅读 · 6 评论 -
3d医学图像数据载入()torchio库
import一堆东西先(不一定全用上)from glob import globfrom os.path import dirname, join, basename, isfileimport syssys.path.append('./')import csvimport torchfrom medpy.io import loadimport numpy as npfrom PIL import Imagefrom torch import nnimport torch.n.原创 2021-11-25 15:16:45 · 3639 阅读 · 3 评论 -
pytorch关于数据载入的代码
pytorch关于数据载入的代码原创 2021-11-22 11:08:23 · 1126 阅读 · 0 评论 -
python关于图片处理的小工具
将数组保存为TXTnp.savetxt("./result.txt", img_arr,fmt ='%d')将数组保存为图片import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltx = np.array([[1, 2, 3], [4, 5, 6]], np.int32)plt.imshow(x)plt.savefig("array")原创 2021-08-12 17:28:31 · 328 阅读 · 0 评论