DDPCR

2016年全球数字PCR和实时荧光定量PCR市场将达$32.8亿


目前各家仪器公司推出自己的数字PCR,目前市场主流的是三家,

1、LIFE Technologies 3D数字PCR(芯片式数字PCR):

      我个人认为是微孔数字PCR,主要是将20ul反应体系分散到20000个微孔中进行反应,变成20000个反应体系,PCR反应结束后,采用CCD拍照,数阳性反应孔。

2、Bio-Rad的微滴数字PCR(油包水原理):

     将20ul反应体系采用液滴反应器形成20000个油包水反应体系,PCR反应结束后,才有流式细胞术的原理,检测每一个液体,数阳性反应的液滴数量。

3、RainDance 的数字PCR(油包水原理)、

    原理与伯乐微滴数字PCR相同,但是其液体形成能力比伯乐强很多,理论上可以产生1000万个小油滴。


价格从高到底:Raindance、Bio-Rad、LIFE Technologies。

目前本人使用的是Bio-Rad QX200、正在做实验室。


四、液态活检技术(ctDNA、CTC、外泌体)

“活检”即活体组织检查,是指从患者体内切取、钳取或穿刺等取出病变组织,进行病理学检查的技术

普通的活检通常要经过手术或者穿刺来获得组织样本,而且有时候需要反复多次的进行取样,不仅繁琐,给患者增加痛苦,而且有时候取样不准确,例如穿刺有时取到正常组织。而液态活检是对患者血液中的游离的标志物进行检查,不仅取样更加方便,而且能够在疾病的更早期获得检测结果。


癌症液态活检的标志物主要有三种:ctDNA、CTC、外泌体。

ctDNA(circulating tumor DNA)即循环肿瘤DNA,是人体血浆中游离的DNA (cell-free DNA,cfDNA)的一种,ctDNA是癌细胞死亡时产生的DNA碎片,携带了大量癌细胞的信息,因此通过分析血液ctDNA,可以了解患者癌细胞的突变情况。

ctDNA检测的技术平台:目前在ctDNA检测领域潜力最大的技术平台是第二代测序(NGS)和数字PCR(ddPCR),这两个技术灵敏度较高,保证了检出下限,ctDNA含量很低,大多低于cfDNA总量的1%,其他技术很难从正常组织DNA中检测出异常的ctDNA。



按照基因检测公司的服务内容,主要可以分为四类:

科研服务、

纯科研基因检测市场在百亿级别。


第三方临床基因检测服务、

高通量测序在临床检测上的应用当前受到限制,只有在试点名单上的机构才能出具正式的临检报告

目前出台了第一批四个领域的试点名单,分别是遗传病诊断、产前筛查与诊断、植入前胚胎遗传学诊断、肿瘤基因测序,

试点单位名单由卫计委医政医管局和妇幼司共同制定。临床基因检测的市场空间在千亿级别。


直接面向个人的检测服务、

3 提供面向个人基因检测服务的商业公司,提供的是非诊断性基因检测,

商业化B2C基因检测的市场空间在十亿级别。


非医疗基因检测服务(例如食品、环境、刑侦等方面的应用)。

4 非医疗基因检测服务的应用包括食品、环境微生物、刑侦检测、检验检疫等方面,

整体来看非医疗基因检测服务是碎片化市场,涉及领域多,空间在百亿级别。

深度学习是机器学习的一个子领域,它基于人工神经网络的研究,特别是利用多层次的神经网络来进行学习和模式识别。深度学习模型能够学习数据的高层次特征,这些特征对于图像和语音识别、自然语言处理、医学图像分析等应用至关重要。以下是深度学习的一些关键概念和组成部分: 1. **神经网络(Neural Networks)**:深度学习的基础是人工神经网络,它是由多个层组成的网络结构,包括输入层、隐藏层和输出层。每个层由多个神经元组成,神经元之间通过权重连接。 2. **前馈神经网络(Feedforward Neural Networks)**:这是最常见的神经网络类型,信息从输入层流向隐藏层,最终到达输出层。 3. **卷积神经网络(Convolutional Neural Networks, CNNs)**:这种网络特别适合处理具有网格结构的数据,如图像。它们使用卷积层来提取图像的特征。 4. **循环神经网络(Recurrent Neural Networks, RNNs)**:这种网络能够处理序列数据,如时间序列或自然语言,因为它们具有记忆功能,能够捕捉数据中的时间依赖性。 5. **长短期记忆网络(Long Short-Term Memory, LSTM)**:LSTM 是一种特殊的 RNN,它能够学习长期依赖关系,非常适合复杂的序列预测任务。 6. **生成对抗网络(Generative Adversarial Networks, GANs)**:由两个网络组成,一个生成器和一个判别器,它们相互竞争,生成器生成数据,判别器评估数据的真实性。 7. **深度学习框架**:如 TensorFlow、Keras、PyTorch 等,这些框架提供了构建、训练和部署深度学习模型的工具和库。 8. **激活函数(Activation Functions)**:如 ReLU、Sigmoid、Tanh 等,它们在神经网络中用于添加非线性,使得网络能够学习复杂的函数。 9. **损失函数(Loss Functions)**:用于评估模型的预测与真实值之间的差异,常见的损失函数包括均方误差(MSE)、交叉熵(Cross-Entropy)等。 10. **优化算法(Optimization Algorithms)**:如梯度下降(Gradient Descent)、随机梯度下降(SGD)、Adam 等,用于更新网络权重,以最小化损失函数。 11. **正则化(Regularization)**:技术如 Dropout、L1/L2 正则化等,用于防止模型过拟合。 12. **迁移学习(Transfer Learning)**:利用在一个任务上训练好的模型来提高另一个相关任务的性能。 深度学习在许多领域都取得了显著的成就,但它也面临着一些挑战,如对大量数据的依赖、模型的解释性差、计算资源消耗大等。研究人员正在不断探索新的方法来解决这些问题。
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