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RSS订阅原创 分子动力学模拟——VMD轨迹及宏
导入psf文件操作如前 可以在file窗口加载也可以mol new name #创建新的分子向psf文件加载dcd文件——轨迹选中窗口中的psf文件，右键load data to找到文件中的dcd文件。加载后会看到轨迹的最后一个Framegraphic中选择protein，tube创建Rep，选择water，Drawing 为lines双击该Rep ，隐藏宏（macros）...
2019-12-08 01:46:16
2707
原创 分子动力学模拟——VMD多分子处理及脚本（2）
准备文件导入原始的X射线衍射晶体结构文件file>New molecule >Browse>name.pdb>load模拟分子在水溶液中的状态将工作目录指定到正确的路径cd 目录执行模拟mol new name.pdb导入无坐标信息的psf模拟文件和导入晶体结构信息一样，但是文件后缀为psf为psf导入坐标信息在main窗口选中psf 然后右键，选...
2019-12-05 17:07:55
2872
原创 分子动力学模拟学习——VMD基础操作学习（1）
基本操作1、Coloring method1、ResType——白色：非极性残基；Blue:basic residues; acidic residues:red; polar residues:green显示方式CPK为球棍模型，cartoon最常用，tube可看清整个结构；VMD——范德华力模型selected atoms:OR ——例如同时显示helix和sheet就可以输入he...
2019-12-05 12:52:22
4332
原创 分子动力学模拟学习——VMD安装
下载VMD参考的是昌南何许人的教程sudo apt-get instal csh libstdc++5wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9.3/files/final/vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gzgunzip vmd-1.9.3....
2019-12-04 15:31:36
3474
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空空如也
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